预测模型构建利器——基于logistic的列线图(R语言)

本文介绍了列线图的概念及其在医学研究中的应用,通过R语言构建logistic回归模型,详细讲解了模型搭建、哑变量设置、列线图和校准曲线的绘制过程。列线图简化了复杂的回归模型,提高了预测结果的可读性,而校准曲线则用于评估模型的预测准确性。

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目录

模型知识准备

什么是列线图?

如何看懂列线图?

什么是校准曲线?

模型搭建

哑变量的设置

列线图的绘制

校准曲线的绘制

每文一语


模型知识准备

什么是列线图?

列线图(Alignment Diagram),又称诺莫图(Nomogram图),它是建立在多因素回归分析的基础上,将多个预测指标进行整合,然后采用带有刻度的线段,按照一定的比例绘制在同一平面上,从而用以表达预测模型中各个变量之间的相互关系

列线图的基本原理,简单的说,就是通过构建多因素回归模型(常用的回归模型,例如Cox回归、Logistic回归等),根据模型中各个影响因素对结局变量的贡献程度(回归系数的大小),给每个影响因素的每个取值水平进行赋分,然后再将各个评分相加得到总评分,最后通过总评分与结局事件发生概率之间的函数转换关系,从而计算出该个体结局事件的预测值。

列线图将复杂的回归方程,转变为了可视化的图形,使预测模

R语言是一种强大的统计分析工具,在数据可视化方面也有出色的表现。下面将为你详细介绍如何利用R语言绘制列线图(Nomogram),并结合二分类Logistic回归模型进行说明。 ### 步骤一:准备环境 首先需要安装所需的R包,如`rms`、`ggplot2`等,它们对于建模及绘图至关重要。 ```r install.packages("rms") library(rms) ``` ### 步骤二:建立二分类Logistic模型 假设我们有一个包含若干变量的数据集dataframe `df`,其中响应变量为y (取值0或1),预测因子包括x1,x2,...xn,则可以按照如下方式构建Logistic回归模型: ```r model <- lrm(y ~ x1 + x2, data = df) # 构造logistic回归模型 ``` 这里使用了`lrm()`函数来生成一个用于计算概率的对数几率(logit)模型。 ### 步骤三:创建nomogram对象 接下来通过该模型构造对应的nomogram实,并指定一些参数控制其外观效果。 ```r nomo_model <- nomogram(model, fun=predictorFunction, # 可选地自定义解释函数 lp=TRUE # 是否展示线性预测指标分量 ) ``` ### 步骤四:显示与保存图形结果 最后一步就是实际渲染图表内容啦~ ```r plot(nomo_model) # 如果想要导出到文件的话可以用以下命令替代直接打印出来的方式 png(filename="my_nomograph.png", width=800,height=600,res=96); plot(nomo_model); dev.off() ``` 如此这般你就完成了一个基于给定输入特征估计输出事件发生可能性大小的过程表示形式——即所谓的“诺莫图”。
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