R语言:数量生态学学习笔记——doubs数据探索(1)

本文介绍了使用R语言对数量生态学数据集doubs进行分析的过程,包括数据提取、初步探索和深入分析。通过查看物种多度分布、绘制样方位置地图和鱼类分布地图,以及计算生物多样性指数,揭示了数据中物种丰富度的分布特征和多样性变化。

数据提取

1、安装doubs数据所在的包并载入

install.packages(“ade4”)
library(ade4)

2、找到ade4中的数据集“doubs”,并对之后要用到的变量进行提取

data(doubs,package=“ade4”)
env<-doubs$env
spe<-doubsSspecies #美元符号打不出来用大写的S代替了
spa<-doubsSxy #美元符号打不出来用大写的S代替了

env是doubs数据中11个环境变量
spe是27种鱼类在每个样方的多度
spa是每个样方的位置(笛卡尔坐标系)

数据初探

spe[1:5,1:10] #spe的一到五行和一到十列
head(spe) #spe的前六行
nrow(spe);ncol(spe);dim(spe) #spe的行数,列数,维度
colnames(spe);rownames(spe)#提取列名,行名
summary(spe)#对列变量进行描述性统计
在这里插入图片描述

查看物种多度分布是否对称

range(spe)
range(spe) #多度范围
ab<-table(unlist(spe));ab
barplot(ab,las=1,xlab = “Abundance class”,ylab = “Frequency”,col = gra

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