为window配置相关的生信环境

最新推荐文章于 2025-06-01 21:21:01 发布
最新推荐文章于 2025-06-01 21:21:01 发布
阅读量466 收藏 8
点赞数 7
文章标签： 服务器
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_44879403/article/details/135303176
版权
许我少年
关注
配置window下python3环境
Python学习Q群696455390
01-10 358
功能介绍 整理生信小知识库，一些技巧一些知识。 昨天 以下配置环境基于window操作系统，安装python3版本为例，推荐基础版配置。 ！ METHOD 1 （基础版） 官网下载对应电脑版本的python3：https://www.python.org/downloads/windows/ 下载程序文件完成后双击执行，注意：勾选Add Python 3.X to...
eclipse生信编程环境搭建
ruby912的博客
05-31 321
eclipse环境搭建 Eclipse IDE for Eclipse Committers 用于代码测试编辑 优点：开源，集成 参考：组学大课题 java配置 eclipse需要java环境 windows的java配置方法 java查看 java -version where java eclipse配置perl 安装perl插件EPIC：help-eclipse marketplace-...
生信——R语言：1.windows软件安装与配置
Gamelack的专栏
08-06 2106
windows下R与RStuidio安装与配置
一览生信分析的各种工作环境—Linux子系统、双系统、虚拟机和Docker
悟道西方
05-24 3172
“本文围绕计算机操作系统，概述了当下各种生信分析的工作环境。”一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移01—Linux子系统 Windows下的Linux子系统，即WSL(Windows Subsystem for Linux)。基于Win10的WSL技术目前可使用的是Ubuntu子系统，后者是一个完整的Ubuntu终端环境，可...
生信技能树linux虚拟机,科学网—Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机 - 刘永鑫的博文...
weixin_39640395的博客
04-29 389
很多优秀的生物信息学软件，如QIIME、QIIME 2、LEfSe等没有Windows版，而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低，而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题，配置和使用详见 - 扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录。好在Windows 10自16年9月起支持内置Linux系统，经过几年发展后使用也比较稳定，目前有最新Linux发行版Ubuntu 20.04...
「学转录组入门生信」第一周从环境配置开始
xuzhougeng blog
07-07 705
image 我们第一周目标有三个: 熟悉Linux环境 登录服务器 Linux基本命令 PATH的意义 学习conda管理环境 如何在conda中添加channel 如何用conda安装和卸载软件 如何创建新的环境和切换环境 数据准备 首先，你需要有一个Linux环境，Windows10用户可以安装WSL，MacOS请在应用程序中搜索终端 Window...
生信小白入门：记录1
qq_51224381的博客
06-29 872
在r中安装不了可直接利用conda安装，-c conda-forge这是conda是一个社区驱动的 Conda 软件源，旨在提供高质量的开源软件包，其中包括很多不在默认 Conda 渠道中的软件包。make: *** [/home/majortom/anaconda3/envs/R_4.3.1/lib/R/etc/Makeconf:193：capture.o] 错误 127。我们进行不同的项目的时候，很多时候不同软件的依赖项需要特定版本或者相互冲突，建议在环境中进行,我们可以利用conda管理环境。
生信工作流框架搭建 | 从零开始入门指南 - 00工作流之华山论剑
duoluka的博客
11-01 2574
从零开始入门生信工作流系列
2024.11.27【流程搭建L2】3句话搭建工业级生信流程（以RNA-seq为例）
11-28 1099
Cursor是基于VSCode技术构建的AI代码编辑器，由Kite公司开发，旨在通过集成人工智能技术来提高开发者的编程效率和体验。Cursor是基于VSCode技术构建的高级代码编辑器。它从VSCode的代码库派生而来，继承了VSCode的所有基础功能和用户界面，布局和操作基本一致，使得VSCode用户可以无缝迁移到Cursor，无需重新学习新的操作习惯。最大的不同在于它内置了AI进行代码协作的功能，这是对VSCode的扩展和增强。
构建生物信息学环境-1（Win10 Linux子系统的安装）
wt141643的博客
03-31 1071
生信的入门，如果实验室之前没有人从事生物信息学的师兄师姐的话，其实入门还是挺麻烦的，如果再不懂电脑，缺少各种东西，就会特别麻烦。想要做生信分析自然少不掉的就是自己搭建一个生信分析环境。因为我自己的个人电脑是 windows10 系统，所以只能以我自己的电脑来说明了，至于 ios 系统，我是一个还没用过苹果电脑的穷逼。 1、window10 自带子系统配置 Linux 子系统（ubu...
2020.11.9【WGS/GWAS】丨全基因组分析（关联分析）全流程(下)
热门推荐
11-09 1万+
经过为期半个月的~~东拼西凑~~ 研发测试，作者终于整理出了一个从VCF开始的GWAS后期分析流程。当然要感谢很多大佬提供的~~代码~~ 帮助，在文章中也附上参考链接。对GWAS还不够熟悉的朋友，可以看一下我之前整理的一份PPT学习笔记[《遗传进化与GWAS研究》](https://blog.youkuaiyun.com/yangl7/article/details/108486232)。
python集成inotify-rsync实现跨服务器文件同步
最新发布
alex1801
06-01 220
摘要：本文介绍了一个基于Python watchdog库与rsync命令的文件同步监控工具。该系统通过watchdog监控源目录的文件变更（创建/修改/删除/移动），将变更收集到待处理队列，并设置1秒延迟合并多次操作。采用rsync实现增量同步，支持--delete保持目录一致性和--exclude排除特定文件。环境准备包括安装rsync/watchdog及配置SSH免密登录。核心代码展示了事件处理、命令构建和同步执行逻辑，提供初始同步选项，实现了高效可靠的自动化文件同步方案。（149字）
压测服务器和线上环境的区别
m0_46322965的博客
05-29 406
在进行服务器压测时，测试环境与线上环境的差异会直接影响测试结果的可靠性。
服务器数据恢复—EMC存储raid5阵列故障导致上层应用崩了的数据恢复案例
beiya123的博客
05-29 336
4、使用北亚企安自主开发的文件解释程序对导出的lun进行文件系统解释。1、将存储中的所有硬盘编号后取出，以只读方式进行全盘镜像，在镜像过程中观察掉线硬盘是否存在物理故障和坏道。2、在镜像文件上分析所有硬盘的底层数据，获取到原存储中raid5阵列的硬盘盘序，raid条带大小、raid阵列信息等重组raid所需要的相关信息，根据这些信息重组raid。3、重组完成后分析LUN在RAID中的分配信息和LUN分配的数据块MAP。根据上述信息，使用北亚企安自主开发的程序解释LUN的数据MAP并导出LUN的所有数据。
Linux中的权限概念
f040731_007的博客
05-28 913
Linux系统的介绍及操作系统的基本概念Linux基本指令(保姆级教学)
压测的服务器和用户环境的区别
m0_46322965的博客
05-28 1053
在性能压测中，测试服务器与真实用户环境的差异会直接影响测试结果的准确性。
小白畅通Linux之旅-----Linux进程管理
m0_74617719的博客
05-28 588
进程的所有者#进程id#进程占用的cpu百分比#进程占用的内存百分比#进程使用的虚拟内存大小#进程使用的物理内存大小#进程所在终端#进程状态#启动时间#运行时间#启动进程的命令。查看进程的信息，包括进程是否已经消亡，通过pgrep来获得正在被调度的进程的相关信息。-a 显示现行终端机下的所有进程，包括其他用户的进程。用于查看进程树之间的关系，谁是父进程，谁是子进程，可以清楚的看出来是谁创建了谁。-o 当匹配多个进程时，显示进程号最小的那个。
【仿muduo库实现并发服务器】实现时间轮定时器
Extreme_wei的博客
05-30 1030
【仿muduo库实现并发服务器】实现时间轮定时器
网站服务器出现异常的原因是什么？
wanhengidc的博客
05-28 587
网站时企业和个人用户进行提供信息和服务的重要平台，随着时间的推移，网站服务器出现异常情况也是常见的问题之一，这可能会导致网站无法正常访问或者是运行缓慢，会严重影响到用户的体验感，本文就来介绍一下网站服务器出现异常的原因都有什么吧！网站服务器出现异常可能时因为硬件设施损坏，硬盘作为网站服务器用于存储数据信息的主要设备，一旦出现损坏，可能会导致网站中的数据信息丢失或者是无法进行读取，而服务器中的CPU出现过载情况，则会严重影响网站的整体性能，导致处理能力下降。
在双系统Ubuntu22.04中配置生信环境
05-26
配置生信环境需要安装一些必要的工具和软件，以下是在双系统Ubuntu 22.04中配置生信环境的步骤： 1. 更新系统 在终端中输入以下命令： ``` sudo apt update sudo apt upgrade ``` 这将更新系统中已安装的所有软件包。 2. 安装常用工具 在终端中输入以下命令： ``` sudo apt install build-essential wget curl git unzip ``` 这将安装一些常用工具，如编译器、下载工具、版本控制工具等。 3. 安装Anaconda 在终端中输入以下命令： ``` wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh bash Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh ``` 这将下载并安装Anaconda。安装过程中需要按照提示进行配置。 4. 创建conda环境 在终端中输入以下命令： ``` conda create -n bioinfo python=3.9 conda activate bioinfo ``` 这将创建一个名为bioinfo的conda环境，并激活该环境。 5. 安装常用Python包 在bioinfo环境中，输入以下命令安装常用的Python包： ``` conda install numpy pandas matplotlib seaborn scipy jupyter notebook ``` 这将安装一些常用的Python包，如数据处理、数据可视化、科学计算等。 6. 安装生物信息学软件 在bioinfo环境中，输入以下命令安装一些常用的生物信息学软件： ``` conda install -c bioconda samtools bowtie2 hisat2 bedtools blast bioawk fastqc ``` 这将安装一些常用的生物信息学软件，如序列比对、序列处理、序列分析等。 7. 配置环境变量 在bioinfo环境中，输入以下命令配置环境变量： ``` echo 'export PATH="$PATH:/path/to/anaconda3/envs/bioinfo/bin"' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ``` 将/path/to/anaconda3替换为你的Anaconda安装路径。 至此，在双系统Ubuntu 22.04中配置生信环境的步骤就完成了。你可以在bioinfo环境中运行生物信息学软件和Python脚本了。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值