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RSS订阅原创 ubuntu:neuralplexer2安装与使用（小白向）
nvidia-smi注：neuralplexer2要求CUDA>=10.2并不一定要安装最高的适配版本，因为后续要和PyTorch适配，我这里安装的就是12.1。软件的下载和环境配置也可以参考上文的链接，需要注意我的这个路径/usr/local/cuda/就不对，应该是/usr/local/cuda-12.1/，大家需要自行检查一下，按照实际情况修改。显示以下结果表示驱动配置成功，可以看到GPU矩阵运算比CPU快很多。
2024-08-02 12:12:35
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原创 找不到链接库文件的解决办法：/usr/bin/ld: 找不到 -lgfortran: 没有那个文件或目录
【代码】找不到链接库文件的解决办法：/usr/bin/ld: 找不到 -lgfortran: 没有那个文件或目录。
2024-07-09 11:04:01
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原创 Docker安装报错：Job for docker.service failed because the control process exited with error code.
我有一些docker镜像，想转成singularity使用，结果在下载docker的第一步就倒下了...在/usr/sbin里有相关的执行文件，偏偏没有iptables这个（最上面那个是我加上去的）显示激活失败，没有具体的报错信息（一般找到缺少依赖项，依赖项编码错误等问题就有思路了）还是没有找到原因，没办法，最后在系统日志里看看。找不到iptables 可执行文件。执行以下命令查看Docker信息。环境变量找不到它，但是有。
2024-07-04 12:43:45
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原创 rstudio server 中R包下载出错：configure: error: C++ compiler cannot create executables
可能跟局部变量和全局变量有关，我在conda中安装的R版本及其依赖项，在本地直接运行R时局部变量可以找到，但rstudio server仍然是寻找全局全局变量。在github上发现也有人有同样的困惑，现在还无法解决，好吧，那我就再本地装软件算了。我的虚拟环境的bin/路径中明明也有x86_64-conda-linux-gnu-gcc*执行文件。x86_64-conda-linux-gnu-c++属于gcc编辑器的一部分，所以直接重装gcc。原来这个原因，断连了。这下不明白了，重装吧。
2024-07-01 21:39:00
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原创 Linux有关寻找的一些事~
readlink -f $(which java) 查找可执行文件的绝对路径。find / -name java 全局查找指定文件名路径。whereis java 查找所有可执行文件的命令。which java 查看默认可执行文件的命令。
2024-07-01 11:36:37
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原创 安装R包又报错：install.packages(“curl“)：Configuration failed because libcurl was not found
注：install.packages('pakage',configure.vars='LIB_DIR=/path')一般来说，这种情况发生在系统默认路径没有包含文件，或者希望使用非默认位置的依赖文件。可以帮助安装程序找到正确的文件路径，从而顺利完成包的安装过程。
2024-06-29 21:46:53
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原创 Rstudio server镜像源设置
发现设置清华镜像源后，用BiocManager::install() 还是无法下载，但是翻墙后就好了...应该是我设置了.Rprofile的原因，这似乎是永久设置，只能直接修改该配置文件。我发现用chooseBioCmirror()选择其他国家的镜像源后。使用options("repos") 查看当前设置源，仍然没有变化。# Bioconductor设置为中科大的镜像。
2024-06-29 18:18:23
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原创 生信小白入门：记录1
在r中安装不了可直接利用conda安装，-c conda-forge这是conda是一个社区驱动的 Conda 软件源，旨在提供高质量的开源软件包，其中包括很多不在默认 Conda 渠道中的软件包。make: *** [/home/majortom/anaconda3/envs/R_4.3.1/lib/R/etc/Makeconf:193：capture.o] 错误 127。我们进行不同的项目的时候，很多时候不同软件的依赖项需要特定版本或者相互冲突，建议在环境中进行,我们可以利用conda管理环境。
2024-06-29 17:59:16
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原创 rstudio server 中R包下载出错：x86_64-conda-linux-gnu-gfortran: not found
也就是说我现在运行的R虚拟环境是一个独立的环境，它可能不会直接使用我在本地系统中安装的编译器或其他依赖项，它默认使用which gfortran中的那个，但我在R环境变量中并没有添加该路径。我在rstudio中运行Sys.getenv("PATH")，发现没有which gfortran发现的那个编译器的路径，但有/user/bin，而且其中也有该编译器。我用的是rstudio server ，BiocManager::install("limma")运行时出现了该报错。用whereis，找到了三个。
2024-06-29 17:51:09
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空空如也
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