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原创 【Anaconda】 anaconda常用命令总结
中国科学技术大学 http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/清华大学 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/注意：将下面的可以将 env_name 替换为自己想命名的虚拟环境名。env_name为自己对应的环境名。还有一种格式是yml文件。
2024-06-10 00:08:02
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原创 【工具】VScode中Markdown PDF无法正确输出包含数学公式的pdf解决方案
然后在VScode中打开你的Markdown文件，使用Markdown PDF插件重新生成PDF文件，此时应该能够正确输出包含公式的PDF了。在使用VScode的Markdown PDF插件时，可能会遇到无法正确输出包含公式的PDF文件的问题。下面为你提供一种有效的解决方案。通过以上步骤，你就可以解决VScode中Markdown PDF无法正确输出包含公式的PDF文件的问题。这两行代码的作用是引入MathJax库，并对其进行配置，使得Markdown中的数学公式能够正确渲染。替换为你自己的用户名。
2025-08-28 18:04:32
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原创 【VSCode】使用VSCode打开md文件以及转化为PDF
Vscode有着丰富的插件支持，但不同应用需要进行install相应插件，在pdf转换功能中需要用到markdown pdf 插件和markdown Preview enhanced插件。通过窗口菜单点击view >> Extension >>，搜索这两个插件，并进行install，直到安装完成后，关闭Vscode 后重启。右键 Markdown PDF: Export (pdf)， 会在文件中出现pdf格式文件。我们发现转换为PDF文件之后，使用VSCode打开存咋乱码，这里就需要我们进行处理了。
2025-08-28 11:30:07
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原创 【数学建模】数学建模应掌握的十类算法
数学建模的核心是 “用算法解决实际问题”，以下十类算法覆盖了竞赛中 90% 以上的场景。下面将从 “算法本质 + 适用场景 + 核心优势 + 简单案例” 四个维度展开，帮你快速理解并落地使用。。
2025-08-28 00:56:55
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转载 【VESTA】基础操作（三）—— 扩胞方法
打开之后点击transform,再输入需要扩展的备注，ok即可。可以看见现在实现了真正的扩胞。用记事本打开，也可以看见文件发生了改变，原子数增加了。直接点“是”即可，下一个对话框默认第一个。style-boundary-输入要拓展的倍数。可以看见胞的边界内还是单胞。
2025-08-28 00:38:54
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原创 数学建模——马尔科夫链（Markov Chain Model）
马尔科夫链是一种具有无后效性的随机过程模型，其未来状态仅取决于当前状态。该模型包含三个核心概念：状态空间（所有可能状态的集合）、无后效性（未来与过去无关）和转移概率矩阵（描述状态间转换概率）。通过分析转移概率矩阵和平稳分布，可预测系统长期行为。建模步骤包括：确定状态空间、收集数据估计转移概率、计算平稳分布。示例展示了如何利用30天天气数据构建3状态（晴、阴、雨）的转移矩阵，并验证了概率性质。该模型适用于人口迁移、用户行为等具有统计规律的离散状态预测问题。
2025-08-27 23:58:47
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原创 【VASP】Linux系统下的VASP安装
本文记录了在Linux服务器上安装VASP的详细步骤。首先检查系统内核版本为Ubuntu 24.04.1 LTS，并确认x86_64架构兼容性。接着安装必要的编译器（gcc/g++/gfortran/make）。然后重点介绍了Intel OneAPI的安装过程：下载Base Toolkit和HPC Toolkit，执行安装脚本并验证安装结果。特别说明oneAPI 2024版本改用icx/icpx替代icc/icpc，并详细描述了编译libintel64生成libfftw3xf_intel.a文件的关键步骤。
2025-08-26 11:19:29
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原创 【VASP】vaspkit的安装与使用
其中LDA_PATH、PBE_PATH和GGA_PATH后面跟着是LDA、PBE和PW91的赝势路径。如果要修改赝势，对应的路径必须存在相应的赝势。但是在改为PW91赝势的时候，并不是把POTCAR_TYPE后面的参数改为PW91,而是改为GGA。在改为PBE或LDA赝势的时候，也是把POTCAR_TYPE后面的参数改为PBE或LDA。POSCAR：优化前体系的结构信息，包括晶轴矢量、原子坐标——初始结构的位置。KPOINTS：布里渊区积分的K点网格（取的点越密，计算精度越高，耗时越长）
2025-08-26 11:16:27
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转载 【VSCode】选择远程服务器的虚拟环境
选择Terminal，点击+， 通过命令行切换即可。选择服务器虚拟环境conda。选择需要使用的虚拟环境即可。
2025-05-21 23:15:05
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转载 【VSCode】VSCode连接远程服务器显示The remote host may not meet VS Code Server‘s prerequisites
再加上报错内容，猜测是vscode会自动更新，所以vscode刚刚安装后是正常的，重启过一次后，因为自动更新了，就会发生问题。怀疑是服务器环境被更改了，但是尝试了几台服务器，都无法连接（这里巧合的是，尝试的几台服务器都是centos7系统）。怀疑本地vscode 出现了未知问题，卸载重装，果然可以用了，然而仅仅是重启了一遍vscode就不行了。（2） 本人在安装时，没有让选择安装目录，点了几个下一步自动就覆盖安装了。安装完成后，VSCode的自动更新是禁用状态，覆盖安装会继承设置。
2025-05-21 21:30:40
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原创 【VSCode】在远程服务器Linux 系统 实现 Anaconda 安装与下载
出现Do you accept User lincense terms？[yes|no]: yes（选择yes即可）如下图，输入 conda 之后显示没有找到命令，原因在于环境变量还没配置。anaconda 的具体用法可以参考下述内容，包括虚拟环境的创建与使用。（这步可能不需要，可以在终端输入 conda，看下会不会正常输出）下载完成后，可以在对应的文件路径中可以看到相关的安装包。修改完，保存之后，需要在 终端中输入。安装过程一直enter即可。使得修改的配置生效。
2025-05-21 19:04:06
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原创 【lammps】后处理 log.lammps
分组，用于将多个选项合并（如 (Step|Temp) 表示匹配 Step 或 Temp）。：前一个字符 / 组出现至少一次（即 [[:space:]]+ 表示一个或多个空白）。：-A 是 --after-context 的缩写，表示匹配后显示后续 100 行。-A 100：匹配标题行后，附带接下来的 100 行数据（根据实际数据量调整）。：匹配任意空白字符（空格、制表符 \t 等），等价于 [ \t\r\n\f]。：匹配任意数字（等价于 \d，但更通用）。：行首锚点（匹配行的开头）。
2025-04-28 12:55:38
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转载 【LLM】关于transformers模型‘init_empty_weights‘报错
在新版本的transformers中（例如我的版本是4.51.0），init_empty_weights已被移动到accelerate库中，而不是直接通过transformers提供，这是hugging face生态重构模块路径的结果。1.安装accelerate库。
2025-04-08 16:57:34
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原创 【VASP】VASP结合Phonopy计算自由能、热容和熵
前面使用Phonopy，通过和**密度泛函微扰法(DFPT)**计算得到声子谱以及对声子谱进行非解析项校正。那么如何得到声子相关的其他性质，比如自由能、热容、熵等热学性质呢？本文将简单介绍在DFPT计算声子谱的基础上，如何通过Phonopy后处理得到自由能、热容和熵等热学性质相关数据并绘图。首先激活python环境。
2025-02-12 22:26:57
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转载 【VESTA】基础操作（二）
晶体结构可视化软件VESTA入门教程图1 采用Vesta绘制出的材料结构示意图VESTA（Visualization for Electronic and STructural Analysis）是由日本国立科学博物馆的Koichi MOMMA和京都大学的Fujio IZUMI开发出的一款用于晶体结构和电子结构可视化的专业软件。VESTA功能十分强大，它可以非常简单地实现晶体结构建模、查看结构信息、调整晶体结构参数和显示外观，输出图片或转换数据格式等一系列功能。
2025-02-06 19:49:16
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转载 【VESTA】基础操作（一）
关于VESTA可视化软件的应用和功能还有很多，要想最大化利用该软件，就应该充分掌握其功能。废话不多说，接下来我们在本文详细为大家介绍使用VESTA软件来调整晶体结构以及美化晶体结构等方面的内容。
2025-02-06 11:03:35
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转载 【MS】 Materials Studio中移动原子
materials sudio中经常会有移动原子的操作，具体操作步骤为: 框选晶胞中待移动原子后点击工具栏中的相应的箭头来实现移动。distance即为每次点击移动的距离。注意，当未选中任何原子时该组图标为灰色。快捷键：shift+ALT+右键。从而调出相应的工具栏。
2025-02-01 22:43:08
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转载 【MS】 Materials studio查看原子之间的距离和角度
点选任意2个原子 会显示二者距离(单位为埃)点击图中下三角打开下拉框后 选择。
2025-02-01 22:33:35
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原创 【VASP】AIMD计算总结
VASP做AIMD计算时，可以通过讲体系原子的初始速度都追加到POSCAR后面，具体参考CONTCAR的格式。在静力学计算过程输出的CONTCAR文件中，原子坐标后面追加的一行行的数字0.000…其实就是每个原子所对应的速度。系综设置主要通过MDALGO和ISIFSMASS只要是大于0就是NVT系综此外对于原子间的键长键角还可以通过输入文件ICONST来控制，具体参考官网说明：https://www.vasp.at/wiki/index.php/ICONST。
2025-01-30 21:04:36
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转载 【Python】pycharm 运行后，查看变量值以及继续输入语句并运行（非Debug , debug太慢）
在pycharm中找到Edit Configurations并点击：在下面位置处打上勾并保存这样就能在控制台输入语句并运行，也可以查看变量。
2025-01-09 17:57:09
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转载 【Python】解决pip安装报错“error:microsoft visual c++ 14.0 or greater is required”问题
这篇文章主要介绍了解决pip安装报错“error:microsoft visual c++ 14.0 or greater is required”问题,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教。
2025-01-04 19:28:57
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原创 【Linux】nohup 命令
nohup 命令，在默认情况下（非重定向时），会输出一个名叫 nohup.out 的文件到当前目录下，如果当前目录的 nohup.out 文件不可写，输出重定向到 $HOME/nohup.out 文件中。nohup 英文全称 no hang up（不挂起），用于在系统后台不挂断地运行命令，退出终端不会影响程序的运行。将标准错误 2 重定向到标准输出 &1 ，标准输出 &1 再被重定向输入到 runoob.log 文件中。&：让命令在后台执行，终端退出后命令仍旧执行。Arg：一些参数，可以指定输出文件。
2024-10-29 14:03:51
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原创 【Lammps】使用atomsk建立多晶结构模型
在上面模块中选择Input property选项，从中选择particle identifier选项，并将自动调节选项勾上（Automatically adjust range）,就成功获得渲染后的多晶体结构。注：如果想构建高熵合金结构，可以手动修改 final.cfg 文件，其中必须修改的有 atom types，例如。编写in文件，在lammps中使用替换原子法，将部分Fe原子按照比例替换为Ni、Cr，得到合金多晶结构。100Am，盒子内随机生成20个晶粒。步骤一：导入高熵合金多晶体结构文件。
2024-10-27 22:12:10
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原创 【Lammps】atomsk安装与环境变量设置（Linux环境）
测试：回到刚才Al_supercell.sh所在路径，再执行source Al_supercell.sh命令。我们看到有examples文件夹，里面有很多atomsk自带的例子，我们直接进去运行看看，能不能成功？这是由于环境变量没有设置，所有atomsk命令没有生效，接下来添加atomsk到当前用户的环境变量。可以用echo $PATH命令查看，atomsk所在路径已经添加进来了。注意：file.tar.gz 替换为自己下载的安装包名称。先cd到我们最开始安装的位置，然后使用。3. 编辑 bashrc。
2024-10-27 21:51:48
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原创 【Lammps】拉伸模拟实验
针对lammps的拉伸模拟，只需要 更换步骤（2）建模，（3）力场设置，其它模拟环境的参数设置可以根据上述解释自己替换。总的来说，建模部分最难，如果需要通过读取 cif 格式的晶体文件。可以首先对cif文件的结构进行扩胞，在转换为lammps可以读取的data文件。具体的lammps建模操作，后面将有空时更新。
2024-10-22 12:27:54
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原创 【Python】pip导入requirements.txt报错 CondaValueError: could not parse ‘alabaster @ file:///home/ktietz/
最近，在使用多台电脑进行数据运算时，各电脑的环境部署不同，有的直接使用pip方式，有的使用anaconda的虚拟环境出现如下报错：打开 requirements.txt 文件发现如下，出现许多的 @ file:形式。查阅知：一些包后面跟着 @ file:///… 这样的路径，这表示这些包是以“editable”模式安装的，也就是说它们是从本地文件系统中的某个位置直接安装的，而不是从 PyPI 或其他远程源安装的。
2024-09-05 15:14:46
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原创 【Anaconda】 Anaconda 配置虚拟环境和包缓存路径
随着时间和使用频率的增加，pkgs文件夹可能会变得相当大，因为它不仅存储当前环境使用的包，还包括历史安装过程中积累的、可能不再被任何环境引用的包版本。package cach 用于指定pkgs文件夹（Anaconda下的pkgs文件夹是“Packages”的缩写）的路径，Anaconda的 pkgs 文件夹是Anaconda环境中用于存储已安装软件包及其依赖项的目录。当创建新的conda环境或者在现有环境中安装软件包时，Conda会优先从pkgs文件夹中复用已有的包，而不是重新下载，从而节省带宽和时间。
2024-06-18 12:55:48
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转载 【Python】 pycharm+conda配置虚拟环境
本文主要内容：（1）使用pycharm创建新的项目环境并使用conda进行配置（2）使用pycharm引用已有的conda虚拟环境。
2024-06-18 12:19:31
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原创 【ASE】笔记总结
ASE 介绍ASE 的安装文件格式的转化命令行操作图形界面操作Python代码操作[2]支持的文件转化格式ASE（三）：图形界面查看/建立/修改结构图形界面召唤查看结构python代码查看/建立结构读写、查看结构建立结构分子周期性体系utm_id=0read(),write()函数，作用分别是：将结构信息读取为atom object，将atom object写入文件；atom_object.get_positions()函数，可以获取atom object中所有的原子坐标信息，数据形式为列表；
2024-06-14 13:19:14
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原创 【深度学习】CUDA —— nvcc 和 nvidia-smi 显示的版本不一致？
其实，只要上去Pytorch官网瞄瞄，细心的你应该能够发现在命令中指定CUDA版本时，用的是 cudatoolkit，而 nvcc --version 显示的版本就是通过CUDA Toolkit Installer在安装时决定的，因此，我们应该选择与 nvcc --version 对应的CUDA版本匹配的Pytorch。那么 nvcc --version 与 nvidia-smi 的版本不一致的情况下，有些朋友可能就会懵了：我该如何选择与CUDA版本匹配的Pytorch呢？
2024-06-14 13:17:10
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原创 【Python】pycharm报错——Error loading package list:Unexpected end of file from server
pycharm报错——Error loading package list:Unexpected end of file from server。镜像地址不要添加太多，但凡有一个不能用，就会报错。
2024-06-08 17:57:04
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原创 【Java】IDEA自动生成类图和时序图
idea 的强大之处在于此，它包含了很多小插件，我们不需要再次下载相关插件，只需要在idea中小小的设置一下就可以了,下面是设置方法，我用的是idea2020版本。选项分别对应：调用的层次深度、是否跳过私有方法、是否只生成当前项目的类、是否跳过getters/setters方法、是否跳过构造方法。2.生成时序图 在需要生成流程时序图的方法 右键 > 选择 “SequenceDiagram…4.对时序图进行调整在生成时序图后，我们可以删除我们不想要的类，点击右键即可。3.生成时序图时的设置。
2024-05-14 11:14:43
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原创 【Lammps】lammps 势函数的获取
比如Al-Co-Cr-Fe-Ni就是高熵合金AlCoCrFeNi的势函数，后面的数字表示该合金的势函数数量，点击打开改势函数文件，点击另存保存到自己电脑即可。lammps模拟中，势函数的设置非常重要，直接影响计算结果，同时也是一大难点，特别是对于原子类型比较多的情况，设置起来有一定的困难。lammps官网的GitHub是时常更新的,比我们安装目录下的势文件要多,在这里可能会找到我们需要的势文件。假设在FeCMnSi中加入Ti，组成一种新的合金FeCMnSiTi合金，但是并不能找到这种合金的势函数。
2024-05-08 10:57:36
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转载 【Jupyter】Jupyter notebook 打开创建好的虚拟环境
其中，myenv是你创建的虚拟环境名称。这个命令将在jupyter中注册一个新内核，使得jupyter能够使用你的虚拟环境。如果你已经注册了内核，您会看到一个包含你的虚拟环境名称的选项卡在jupyter的右上角。其中，myenv是你创建的虚拟环境名称。如果虚拟环境已激活，你会看到虚拟环境名称出现在命令提示符的开头。2、确认你已在虚拟环境中安装了jupyter。3、确认你已经在jupyter中注册了虚拟环境。1、确认你已经激活了虚拟环境。
2024-05-08 10:49:05
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原创 【深度学习】pytorch 与 PyG 安装（pip安装）
这里写目录标题基于PyTorch的深度学习入门教程（一）——PyTorch安装和配置深度神经网络是一种目前被广泛使用的工具，可以用于图像识别、分类，物体检测，机器翻译等等。深度学习（DeepLearning）是一种学习神经网络各种参数的方法。因此，我们将要介绍的深度学习，指的是构建神经网络结构，并且运用各种深度学习算法训练网络参数，进而解决各种任务。本文从PyTorch环境配置开始。PyTorch是一种Python接口的深度学习框架，使用灵活，学习方便。还有其他主流的深度学习框架，例如Caffe，Ten
2024-02-08 20:01:28
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原创 【Python】使用 requirements.txt 与 pytorch 相关配置
进行深度学习时，学习github上面的项目，经常需要配置不同的虚拟环境。最简便的方式是使用 requirements.txt 导入所需的项目，但是涉及到 pytorch 时，需要特别注意。如果你的 requirements.txt 文件中的 PyTorch 版本与你的环境不兼容，你可能会在安装时遇到错误。在这种情况下，你需要手动指定一个与你的环境兼容的 PyTorch 版本。
2024-02-08 14:14:42
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原创 【Lammps】Zhou势函数拟合（python程序）
早期的Zhou势用Fortran编写，在使用之前需要进行对源代码进行编译，操作较为麻烦，后期lammps提供了一个python版本的Zhou势拟合程序。下面是官方对Zhou势函数拟合的说明文档。Zhou合金势主要用于金属的分子动力学模拟 ，下面将主要对lammps自带程序生成相关合金势函数。文件夹中存在下述程序，其中 create_eam.py 就是我们需要的。拟合好的势函数在eam_database文件夹中，打开如下图所示。
2024-02-05 23:50:10
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2020HiMCM真题
2020-11-12
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2020-05-31
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