haoweixl的博客

分组，用于将多个选项合并（如 (Step|Temp) 表示匹配 Step 或 Temp）。：前一个字符 / 组出现至少一次（即 [[:space:]]+ 表示一个或多个空白）。：-A 是 --after-context 的缩写，表示匹配后显示后续 100 行。-A 100：匹配标题行后，附带接下来的 100 行数据（根据实际数据量调整）。：匹配任意空白字符（空格、制表符 \t 等），等价于 [ \t\r\n\f]。：匹配任意数字（等价于 \d，但更通用）。：行首锚点（匹配行的开头）。

在上面模块中选择Input property选项，从中选择particle identifier选项，并将自动调节选项勾上（Automatically adjust range）,就成功获得渲染后的多晶体结构。注：如果想构建高熵合金结构，可以手动修改 final.cfg 文件，其中必须修改的有 atom types，例如。编写in文件，在lammps中使用替换原子法，将部分Fe原子按照比例替换为Ni、Cr，得到合金多晶结构。100Am，盒子内随机生成20个晶粒。步骤一：导入高熵合金多晶体结构文件。

测试：回到刚才Al_supercell.sh所在路径，再执行source Al_supercell.sh命令。我们看到有examples文件夹，里面有很多atomsk自带的例子，我们直接进去运行看看，能不能成功？这是由于环境变量没有设置，所有atomsk命令没有生效，接下来添加atomsk到当前用户的环境变量。可以用echo $PATH命令查看，atomsk所在路径已经添加进来了。注意：file.tar.gz 替换为自己下载的安装包名称。先cd到我们最开始安装的位置，然后使用。3. 编辑 bashrc。

针对lammps的拉伸模拟，只需要 更换步骤（2）建模，（3）力场设置，其它模拟环境的参数设置可以根据上述解释自己替换。总的来说，建模部分最难，如果需要通过读取 cif 格式的晶体文件。可以首先对cif文件的结构进行扩胞，在转换为lammps可以读取的data文件。具体的lammps建模操作，后面将有空时更新。

本文中，采用对 Ar 原子体系运动的模拟。

早期的Zhou势用Fortran编写，在使用之前需要进行对源代码进行编译，操作较为麻烦，后期lammps提供了一个python版本的Zhou势拟合程序。下面是官方对Zhou势函数拟合的说明文档。Zhou合金势主要用于金属的分子动力学模拟 ，下面将主要对lammps自带程序生成相关合金势函数。文件夹中存在下述程序，其中 create_eam.py 就是我们需要的。拟合好的势函数在eam_database文件夹中，打开如下图所示。

比如Al-Co-Cr-Fe-Ni就是高熵合金AlCoCrFeNi的势函数，后面的数字表示该合金的势函数数量，点击打开改势函数文件，点击另存保存到自己电脑即可。lammps模拟中，势函数的设置非常重要，直接影响计算结果，同时也是一大难点，特别是对于原子类型比较多的情况，设置起来有一定的困难。lammps官网的GitHub是时常更新的,比我们安装目录下的势文件要多,在这里可能会找到我们需要的势文件。假设在FeCMnSi中加入Ti，组成一种新的合金FeCMnSiTi合金，但是并不能找到这种合金的势函数。