vcftools安装碰到的坑

在群体遗传学相关的系数计算这一块，vcftools是个很好的工具，操作简单，可以从变异检测的vcf出发，直接计算Pi系数，TajimaD系数以及Fst系数，还是比较方便。

安装

• 在老版本不支持vcf4.2的情况下，可以选择安装新版vcftools。
• 下载地址为：https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/

以最新版本0.1.13版本为例，首先我们需要下载源码安装包：

$ wget https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/vcftools_0.1.13.tar.gz/download -o vcftools_0.1.13.tar.gz
$ tar zxvf vcftools_0.1.13.tar.gz
$ cd vcftools_0.1.13
$ make

这个安装包里面不包含configure文件，也就意味着不需要指定安装目录，软件会自动安装在当前目录，我们按上述代码解压之后直接make就好。

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报错信息

安装过程可能会碰到错误提示，如

vcf_file.cpp:(.text+0xe72): undefined reference to `gzbuffer'
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [vcftools] Error 1
make[1]: Le