Amber20 安装 串行版、并行版及GPU版

最新推荐文章于 2024-11-26 18:05:19 发布
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分类专栏： amber 超算 并行 文章标签： linux 经验分享 服务器
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centos 8 依赖安装：

yum -y install tcsh make gcc gcc-gfortran gcc-c++ which flex bison patch bc libXt-devel libXext-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker util-linux wget bzip2 bzip2-devel zlib-devel tar

centos 7 依赖安装：

yum -y install tcsh make gcc gcc-gfortran gcc-c++ which flex bison patch bc libXt-devel libXext-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker util-linux wget bzip2 bzip2-devel zlib-devel
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Ubuntu22.04安装AMBER22——串行cpu版+串行cuda版+并行版
计算之道的博客
11-06 1937
将/home/mrc/software/Amber22/amber22_src/AmberTools/src/pbsa/cusparse_LinearSolvers.cu文件中的CUSPARSE_SPMV_ALG_DEFAULT 全部换为 CUSPARSE_MV_ALG_DEFAULT（这两个是解决一个问题的不同算法），编译通过。推荐先使用后者，如果出问题了，再使用前者。②建立新链接，指向需要的CUDA版本：sudo ln -s /usr/local/cuda-11.2 /usr/local/cuda。
amber16在linux安装教程,分子动力学软件Amber16在CentOS6.6系统上GCC编译安装
weixin_34464974的博客
05-06 746
分子动力学软件Amber16在CentOS6.6系统上GCC编译安装作者：shims第一步查看电脑目前的状态cat /etc/issueCentOS release 6.6 (Final)Kernel \r on an \m虽然目前CentOS系统已经有了7以上的版本，不过由于7系列版本和6系列版本有些重大的更改，为了和很多软件的兼容性没有更新系统。lspci| grep -i vga01:07...
centos7.9安装amber20
04-23
安装所需的环境组建都有详细安装步骤 1.安装gcc 9 yum -y install centos-release-scl yum -y install devtoolset-9 切换到gcc 9窗口 scl --list 或scl -l：查看已安装的gcc版本 scl enable devtoolset-9 bash 切换到gcc-9.0 2.安装amber需要的插件
Amber20安装
qq_33953882的博客
02-23 9384
一、环境 1.Ubuntu 20.04.1 LTS 2.gcc-8.4.0 3.cmake-3.16.3 未安装python、屏蔽anaconda 二、 Amber20安装 1.下载 Amber20.tar.bz2 AmberTools20.tar.bz2 2.解压 tar jxvf Amber20.tar.bz2 tar jxvf AmberTools20.tar.bz2 3.在amber20_src文件夹外创建编译文件夹build makdir bulid 4.进入 cd build 5.安装
Amber20.0安装包
04-23
Amber20.0安装包
python2 mutiprocessing 安装_Linux软件安装|Amber20
weixin_39950764的博客
10-28 142
假设你已经有了Amber20的源代码，文件夹名叫amber20_src，并且现在在amber20_src这个目录里面。安装串行版本的Amber进入build文件夹内，执行run_cmake脚本，然后make install：cd build/./run_cmakemake install -j8cd ..之后，Amber20便已安装在../amber20内，执行以下命令激活它：sourc...
amber分子动力学软件安装方法
12-24
在安装amber软件的过程中，所遇到的各种问题，及其最终的解决方法。
amber安装过程命令记录
02-26
本文档记录了amber安装过程中的命令记录，涵盖了Open MPI安装、amber安装环境依赖更新补丁、串行并行编译、GPU版本编译等方面的内容。 一、Open MPI安装 Open MPI是高性能的消息传递接口（Message Passing ...
amber16编译安装
计算之道的博客
11-04 276
amber16编译安装
分子动力学篇：Amber软件的安装教程
最新发布
E_Magic_Cube的博客
11-26 1666
软件名称 主要功能HighScore3.0.5+XRD数据分析工具Thermo AvantageXPS数据分析工具MDI Jade 6.5XRD数据分析LabSpec拉曼光谱分析MestReNova 14‍核磁共振NMR数据处理Image J科研图像处理工具CasaXPSXPS数据分析‍RasMol 2.7.5.2观察生物分子微观结构Nano Measurer 1.2.5...
Amber18.tar
11-16
The Amber18 package builds on AmberTools18 by adding the pmemd program, which resembles the sander (molecular dynamics) code in AmberTools, but provides (much) better performance on multiple CPUs, and dramatic speed improvements on GPUs.
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19)
01-08
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19) AMBER是著名的老牌开源分子动力学模拟软件，最新版本是AMBER19（但是19版本的并行模拟模块还没公布，只有AmberTools19）如果需要并行计算可以下载编译18版本 由于AMBER国外网站下载非常不稳定，经常掉线，并且每次掉线以后又需要重头下载，非常折腾人，故分享此百度云盘链接给需要的同学们。
Amber安装并行
rogerzhanglijie的专栏
12-04 6173
花费了将近一天的时间来安装Amber12的并行，调bug调到最后都有点让人抓狂了！   现在简单介绍一下amber12中安装openmpi并行的过程。 1. 下载openmpi版本在1.5-1.9之间的 这是因为$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi 文件中的下面这句话： mpidirs=`/bin/ls -d openmpi-1.[5-9
Linux&HPC并行计算集群安装使用分子动力学软件Amber18
qq_27815483的博客
07-16 478
本文主要介绍了Linux&HPC并行计算集群如何安装使用分子动力学软件Amber
CentOS 7安装教程（图文详解）
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weixin_45449747的博客
04-30 1万+
2、电脑或者服务器，需要把安装文件用ISO工具制作成系统U盘，比如：UltraISO或者其他的ISO工具。16、图形界面安装的系统重启后需要进行授权，如图所示。3、INSTALLATION SUMMARY安装总览，这里包括CentOS 7的所有设置。8、INSTALLATION DESTINATION 安装位置-即进行系统分区。字符界面安装的出现如图所示就安装完成了，输入root用户名密码即可。1、出现CentOS安装界面，选择第一项。18、在空白处右键，选择打开终端，使用。11、分区完成确认无误后点击。
amber的安装和使用
weixin_43395957的博客
02-23 1万+
目录 一、基础环境 二、安装ambertools 本文参考： https://blog.youkuaiyun.com/qq_33953882/article/details/113995531https://drugai.blog.youkuaiyun.com/article/details/103456040 Amber18安装（非root用户）_Code Wang的博客-优快云博客_amber18安装 一、基础环境 1.初始环境情况 Ubuntu 18.04.5 LTS (GNU/Linux 5.4.0-81
Linux操作系统：常见命令
weixin_40994552的博客
05-09 515
用户与密码 passwd 修改密码。 useradd 添加新用户。useradd monroe 添加 monroe 用户，利用命令 passwd monroe 设置密码。 创建的用户，放置在文件 /etc/passwd 中，可以通过 cat /etc/passwd 打开查看，用户组的信息在 /etc/group 中。 x:表示密码，后两位数字表示 ID 和 组ID 在 root 用户中 /root 是 root 用户的主目录， /home/monroe 是 monroe 用户的主目录。/bin/bash
Amber18安装
qq_33953882的博客
02-23 2489
一、依赖安装 1.gcc-4.8.5安装 1.下载 2.解压 tar -jxvf gcc-4.8.5.tar.bz2 3.进入解压后的目录 cd gcc-4.8.5 4.下载和安装依赖库 ./contrib/download_prerequisites 7.编译安装 ../configure --prefix=/path/gcc -enable-checking=release -enable-languages=c,c++,fortran -disable-multilib make
AMBER免费申请流程
药研猿的博客
10-18 2562
因为Amber是一款收费软件，受版权保护。但一次偶然的机会让我得知：Amber官网提供给了发展中国家（包括天朝）费用豁免申请的机会(如下图所示)，抱着试一试的心态弄了一下，结果还真的获得了最新版Amber22的安装包以及授权许可。
amber20完整版安装包
06-23
### 回答1： Amber是一款分子动力学模拟软件，主要用于研究化学和生物学方面的问题。Amber20是Amber系列中最新的版本，与之前版本相比，它具有更高的性能和更多的功能，包括能够模拟更大的系统、更高的并行性以及更多的分析工具。 Amber20的安装需要先下载完整的安装包，然后按照安装指南进行安装。完整版安装包包含了Amber20的所有组件，包括主程序、测试案例、文档和样例文件等。 安装Amber20需要先安装一些依赖项，如GNU编译器、MPI库和BLAS和LAPACK等。这些依赖项在安装指南中有详细介绍，需要按照指引进行安装。如果未正确安装这些依赖项，Amber20将无法正常工作。 安装完成后，可以使用Amber20自带的AMBERHOME环境变量来配置环境。AMBERHOME是Amber20安装的主目录，其中包含Amber20的所有文件和程序。可以使用命令行工具来访问Amber20的主程序，执行特定的模拟任务或分析。 总之，Amber20完整版安装包是高性能分子动力学模拟的必备工具。正确安装和使用Amber20可以为科学研究和工业应用带来有力的支撑。 ### 回答2： Amber20是用于计算生物学和计算化学的软件，它包括了许多分子动力学和量子化学工具，可以模拟和研究分子的结构和性质。想要使用Amber20，需要安装完整版安装包。 Amber20完整版安装包是用于在计算机上安装Amber20软件的文件，包括了所有需要的程序和库文件。为了安装Amber20，需要打开安装包文件并按照屏幕上的指示安装程序。安装过程可能需要输入一些设置和选项，比如安装路径和选择哪些程序和库文件。安装完成后，就可以开始使用Amber20进行计算。 安装Amber20之前，需要确保计算机上已经安装了必要的软件和库文件，比如gcc编译器和OpenMPI Library等。此外，为了获得更好的性能，建议使用支持GPU的计算机和显卡，以便加速计算。 总之，Amber20完整版安装包是使用Amber20进行计算的必要文件，安装过程需要按照屏幕上的指示进行，同时需要在安装前准备好必要的软件和硬件环境。 ### 回答3： Amber20是一款常用的生物分子模拟软件，包括分子动力学、量子力学和分子机器学习等多个方面。对于生物化学和生物物理领域的研究者和学生来说，Amber20是一个非常重要的工具。 为了使用Amber20，我们需要下载并安装完整版的软件包。Amber20完整版安装包包括许多必要的软件和库文件，以便用户可以顺利地进行分子模拟研究。 首先，我们可以去Amber官网（ambermd.org）下载Amber20完整版安装包。在下载完成后，我们可以按照安装说明step-by-step地进行安装步骤。首先解压缩压缩包，并将解压后的文件夹移至目标路径。然后打开终端，进入解压后的文件夹，执行./configure。等待configure完成后，执行make命令编译源代码。编译完成后，执行make test进行测试，并执行sudo make install以进行安装。 需要注意的是，在安装Amber20之前，我们需要确保系统环境中已经安装好必要的编译器、库文件等。对于不同的操作系统，具体的依赖库文件和安装方法也略有不同。 总之，通过下载并安装Amber20完整版安装包，我们可以在自己的计算机上顺利地使用Amber20，进行复杂的分子模拟研究。
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