lefse分析本地实现方法带全部安装文件和所有细节，保证成功。

最新推荐文章于 2025-01-09 14:18:28 发布

深度礁石

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分类专栏： R语言文章标签： lefse分析 LDA分析微生物分析 PCA分析物种分析

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_43585681/article/details/99360997

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本文提供了一种在Windows环境下安装和使用lefse分析的详细步骤，包括安装Python 2.7、R 3.6.1及特定R包，配置系统环境变量，以及数据转换和分析过程。所需软件和安装文件链接已提供。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

本人在win7-64和win10-64均完整安装使用，其他系统本人能力所限没安装成功。
lefse本地分析包。（https://download.youkuaiyun.com/download/weixin_43585681/11530367）
安装python2.7。（https://download.youkuaiyun.com/download/weixin_43585681/11530532）
R语言3.6.1（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-3.6.1-win.exe）
这个是我总结的安装需求

R 语言: splines, stats4, survival, mvtnorm, modeltools, coin, MASS
python libraries: rpy2 , numpy（1.11）, matplotlib (1.5), argparse
其中R语言应该只需要安装mvtnorm, modeltools, coin就可以了

R的安装脚本如下：
install.packages(“mvtnorm”)
install.packages(“modeltools”)
install.packages(“coin”)

那么R的就需求包已经安装完成接下来python的四个包需要注意了，我们倒着说。
其中argparse应该是自带的不需要安装的
可以如下图所示验证一下就可以了在这里插入图片描述
matplotlib 可以在线安装的，安装脚本如下
pip install matplotlib==1.