python&生物信息学 | kmer碱基序列生成

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分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物 | 医疗 文章标签： python 算法
于 2021-09-16 16:54:57 首次发布
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在生物信息学中，k-mer是生物序列的长度为k的子序列。给定一个生物序列，例如'AACTGGGAG'，可以从中提取出多个k-mers，例如'AACT'、'ACTG'等。本文探讨如何使用Python来生成和分析这些k-mers。

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k-mer：在生物信息学中，k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。长度为L的序列对于一个给定的K可以得到L-k+1个k-mers。

def stream_kmers(seq, k):
    if k >= len(seq):
        return [seq]
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