基因的功能

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基因的提出


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基因概念的发展


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G．Beadle和E．Tatum的链孢霉培养实验


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变形虫放射性标记实验


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断裂基因示意图


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染色体外基因

基因功能分析——哈佛大学
weixin_46585008的博客
04-26 3498
文章目录描述学习目标一、安装数据集读取数据文件加载R包二、基因组注释数据库通用数据库注释用数据库基因组构建访问数据库的工具AnnotationHubAnnotationDbiorg.Hs.eg.db为什么有如此多重复？为什么会出现基因有gene symbol但没有与之相关的ID？EnsDb.Hsapiens.v75三、功能分析Over-representation analysis超几何检验Gene Ontology projectGO OntologiesGO术语层级clusterProfiler下载注释
DNA提取过程中各种试剂的作用
热门推荐
weixin_43764779的博客
11-26 2万+
EDTA 螯合Mg2＋、Ca2＋等金属离子； 抑制脱氧核糖核酸酶（DNase）对DNA的降解作用（DNase作用时需要一定的金属离子作辅基）； EDTA的存在，有利于溶菌酶的作用，因为溶菌酶的反应要求有较低的离子强度的环境。 SDS SDS是离子型表面活性剂; 溶解细胞膜上的脂质与蛋白，因而溶解膜蛋白,从而破坏细胞膜； 解聚细胞中的核蛋白； SDS能与蛋白质结合成为R-O-SO3-…R＋-蛋...
基因功能
weixin_30785593的博客
08-23 4573
Apoptosis Panel for Monitoring Cell Programmed Death and Survival: TNF Ligand Family: LTA, LTB, TNF, TNFSF4, TNFSF5, TNFSF6, TNFSF7, TNFSF8, TNFSF9, TNFSF10, TNFSF11, TNFSF12, TNFSF13, TNFSF1...
融合基因功能预测数据库
leroylee7的博客
12-07 581
FusionGDB(地址见文末) 1 数据库分析流程 由于要分析融合基因的功能，所以第一步就是要选择分析哪些融合基因的功能。这里作者纳入了三个数据库当中和肿瘤相关的融合基因。这三个数据库分别是ChiTaRS 3.1、TumorFusions以及一篇基于TCGA分析融合基因文章(pmid: 29617662)。最终收集到了48000个融合基因，进一步作者对这这些融合基因进行肿瘤相关的功能注释。 2 主要注释内容 对于这些的融合基因，作者进行了多种功能的注释。 ...
数据挖掘在生物信息学：基因表达谱分析与功能预测
AI天才研究院
12-27 2307
1.背景介绍 生物信息学是一门研究生物科学领域数据的科学，它涉及到生物信息、基因组学、基因表达谱、保护生物多样性等多个领域。随着科学技术的不断发展，生物信息学在解决生物科学领域的问题上发挥了越来越重要的作用。数据挖掘在生物信息学中具有重要的应用价值，可以帮助我们从大量生物信息中发现新的生物标签、挖掘基因功能、预测基因功能等。 本文将从数据挖掘的角度，介绍生物信息学中的基因表达谱分析与功能预测。...
组装好基因组后之预测基因
qq_36608036的博客
09-21 3695
预测基因 给定一段fasta格式序列，如何预测其中的基因呢？首先需要判断该片段来自原核生物，真核生物还是病毒序列。如果是原核生物，基因结构比较简单，可以直接使用prodigal或者glimmer3工具进行预测。直接将fasta格式序列输入给软件即可。 prodigal -a ref.pep -d ref.cds -f gff -g 11 -o ref.gff -s ref.stat -i re...
（基因功能 & 基因表达调控）研究方案
weixin_30815427的博客
06-12 1400
做了好久的RNA-seq分析，基因表达也在口头溜了几年了，但似乎老是浮在表面。 对一件事的了解程度决定了你的思维深度，只想做技工就不用想太多，想做大师就一定要刨根问底。 老是说基因表达，那么什么是基因表达？我们测序得到的基因表达其实只是一种表型，是样本的一个快照，和普通的身高体重之类的连续型表型类似。 常规的转录组分析本质上都是表型分析，clustering、pseudotime、DEG、m...
基于标签库数据挖掘的基因功能研究演示课件.ppt
最新发布
07-07
随着生物学与计算机科学的交叉融合，生物信息学作为一个新兴的研究领域，已经成为研究基因功能的重要工具。在基因功能研究中，标签库数据挖掘技术显得尤为关键。该技术能够处理和分析大量的生物学数据，从中发现潜在...
CRISPR-Cas9基因编辑技术在基因功能和作物育种中的研究进展1.pdf
11-24
CRISPR-Cas9基因编辑技术在基因功能和作物育种中的研究进展 CRISPR-Cas9基因编辑技术是目前最广泛应用的基因编辑技术之一，它主要由Cas9蛋白和单链RNA组成，在RNA的引导下对目标基因进行编辑。该技术依靠工程内切酶...
基因芯片在环境微生物检测及基因功能活性分析中的应用
01-01
在环境微生物检测及基因功能活性分析中，基因芯片技术通过特异性的杂交反应，能够检测微生物的种类、群落结构以及基因表达等信息，提供了微生物生态研究的新方法和新视角。 基因芯片的应用可以分为三大类：功能基因...
用Python实现生信分析——功能预测详解
qq_41698317的博客
08-25 1496
功能预测是生物信息学中的一个重要任务，它通过多种方法帮助科学家推测未知基因或蛋白质的生物学功能。在本次讲解中，我们展示了如何使用BLAST进行同源性比对和功能预测，以及如何使用GO注释进行更详细的功能分析。
功能基因预测/注释通用工具
Asa12138的博客
09-09 3184
一些常用的功能基因预测/注释通用工具介绍。
基因预测软件
weifanbio的博客
11-15 3092
基因预测软件–Prokka Prokka是一款快速对原核生物基因组进行注释的工具，可以在10分钟内完成对一个细菌基因草图的注释工作。适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家Torsten Seemann 开发。Prokka协调了一套现有的软件工具，可以对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释。 1）软件安装 使用conda进行安装 conda install Prokka 2）软件使用 Prokka要求以FASTA格式的预组装基因组DNA序列为输入文件。本文中以最近发现的纤维素降解
基因数据分析主流软件与基因预测方法步骤-搬运工
weixin_34275734的博客
03-03 3343
源自：http://www.bbioo.com/lifesciences/40-114214-1.html 1. 基因数目预测的主流软件 　　GENSCAN就是一个经典的基因预测软件。1996年由MIT的Chris Burge开始编写这个软件程序。当时，Burge的许多同事主张采用比较的方法，他们随机选取一个最新测序基因组中基因的DNA序列，与数据库中已存在的基因进行联配。但是Chris Bu...
生物信息预测毒力因子
weixin_43364556的博客
06-12 1万+
毒力因子（Virulence Factors） 毒力因子也就是病原微生物产生的对于导致宿主疾病发生的一类分子（可以是蛋白，碳水化合物，脂质分子等）。毒力因子在疾病的发生过程中发挥着多种功能，包括向宿主迁移和集群，攻击宿主的防御机制，免疫抑制，从宿主细胞中获得养分，介导从宿主细胞中的进入和外出以及感知环境的变化。找出这种分子十分重要，并且这些分子可以用来进行疫苗的研发。表面定位的毒力因子比如粘附蛋白是一类出色的免疫靶点。文献中主要是叙述对于预测粘附蛋白的一些预测生物信息学方法。 发现毒力因子以及其免疫圆形然后
基因功能预测工具-HMMER的安装
weixin_56827666的博客
04-29 4304
    最近几天需要集中安装软件，尤其是不需要conda安装的，存在依赖的软件，尽量的自己去配置环境变量，针对个别在安装时报错的软件，简单记录一下，等过段时间有了数据后，会再具体的写一些这些软件的具体使用方法，结果解读。先简单说一下HMMER安装过程吧。    从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度以及更高的搜索速度，但其应用远没有bla
真核生物基因组的基因分析和预测
生物医学信息学博客
06-05 1万+
真核生物基因组的基因分析和预测 # 一、摘要 加深基因预测基本原理的理解（如 密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等）； 了解同源基因预测的意义所在； 熟悉已有的基因预测的使用（如GenScan、GeneWise等）； 二、材料和方法 1、硬件平台 处理器:Intel（R） Core（TM）i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM)：16.0...
基因功能注释
03-15
### 基因功能注释的方法与工具 基因功能注释是生物信息学中的重要环节，旨在识别基因序列及其编码蛋白的功能特性。这一过程通常依赖于多种计算工具和数据库的支持。 #### 工具介绍 一些常用的基因组注释工具有助于...
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