gtdb注释+建树

原创于 2020-09-21 15:16:16 发布

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conda create -n gtdbtk -c bioconda gtdbtk
conda activate gtdbtk

gtdbtk classify_wf --genome_dir /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/drep/dereplicated_genomes/ --out_dir /mnt/mzy/dairycow/24samples/mag/gtdb --cpus 20 --extension fa

建树
gtdbtk infer --msa_file gtdbtk.bac120.msa.fasta --out_dir infer --cpu 8