本文介绍了如何使用ImageJ软件为扫描电镜和透射电镜图像上色，详细步骤包括病毒的精确框选、病毒和背景的分离以及最后的合并。虽然ImageJ的操作相对简单，但色彩选择和灵活性不如Photoshop。
扫描电镜和透射电镜图像上色，通常是用Photoshop来完成的。其实只要懂得原理，ImageJ也能完成这一操作，不需要额外下载和学习PS。
这篇文章也是对ROI Manager，Image Calculator功能的补充。
以2019-nCoV的透射电镜图像为例，介绍怎样用ImageJ进行电镜图像上色：
图片来源：http://nmdc.cn/#/nCoV
利用ImageJ进行电镜上色的可以分为三步：
1、利用框选工具，例如Wand Tool或Selection Brush Tool，选中需要上色的区域；
2、单独提取出上色区域和背景，分别添加颜色；
3、将两者相加合并
一、框选出病毒
2019-nCoV的透射电镜图像比较模糊，无法通过Wand Tool进行半自动框选。
需要利用Selection Brush Tool，参考下面这篇文章：
Treasure琛：ImageJ实用技巧——脑片分层灰度值统计(定量分析篇)zhuanlan.zhihu.com
（1）利用Selection Brush Tool精确框选出病毒
将图片中的两个病毒框选出来，添加到ROI Manager当中，分别重命名为First、Second：
这里需要注意框选的好坏直接关系到上色，所以框选的时候要放大图像，利用Selection Brush Tool精修。
（2）将两个ROI合并为一个ROI
在ROI Manager中，利用Shift同时选中两个ROI，在More中选中OR(Combine)。
然后点击Add，得到两个病毒的ROI：
二、分离出病毒和背景
1、分离出病毒
（1）去掉除病毒外的背景（Edit -> Clear Outside）
（2）白色背景利用Flood Fill Tool，填充为黑色：
（3）添加伪彩：
这里选择Fire样式，效果如下：
2、分离背景
同理，Edit -> Fill去除病毒部分，然后添加伪彩，这里的样式选择Cyan。
三、合并
1、将病毒和背景都转成RGB Color模式（Image -> Type -> RGB Color）
2、利用Image Calculator，将两张图相加（Process -> Image Calculator）
Operation这里选择Add，结果如下：
注意：只有RGB Color的图片，相加之后才是带有原本颜色的。
当然，因为透射电镜（TEM）图片只是显示的三维投影，所以整体没有立体感。
如果对扫描电镜（SEM）图片进行上色，就会显得十分自然：
但ImageJ上色还是有很多缺点的，利用Photoshop会更加灵活，色彩选择也更加丰富。
如果对于ImageJ使用有什么问题可以私信我，或者给我发邮件：zhaoyc9@163.com
更多教程可以关注我的专栏：
希望对大家有帮助~
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