Mamba OuttttttStanding

Mamba是什么

Mamba，Black Mamba，NBA legend，Kobe Bryant

（图源 https://wallpaperaccess.com/full/1651783.jpg 侵删）

哦哦，走错片场~~~

Mamba，一个比conda好用的conda环境和包管理器。官网：Mamba User Guide — documentation

• 包和环境：conda有的，mamba有。命令两者基本一样，只需将conda改为mamba。
• 下载速度：conda没有的，mamba也有。conda就算是使用本地镜像，速度也没有mamba快。

Mambaforge安装

Mamba 可以使用 Mambaforge 方法和已有 Mini/conda 的方式安装，官方推荐的是前面一种，即使用 Mambaforge 进行全新安装。

• 从GitHub - conda-forge/miniforge: A conda-forge distribution.下载Miniforge3-Linux-x86_64.sh文件，运行sh Miniforge3-Linux-x86_64.sh，安装过程中指定安装路径即可。

## curl下载
curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-$(uname)-$(uname -m).sh"
bash Miniforge3-$(uname)-$(uname -m).sh

## wget下载
wget "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-$(uname)-$(uname -m).sh"
bash Miniforge3-$(uname)-$(uname -m).sh

Manba常规操作

之前用过conda的，应该就很熟悉，命令基本一样。只需要将conda换成mamba即可。

## 创建虚拟环境，指定python版本（不指定也行，会自动默认安装miniforge里的python版本）
mamba create --name=scworkflow python=3.8

## 激活虚拟环境
mamba activate scworkflow

## 安装包
mamba install pytorch==1.12.1 -c pytorch

## 卸载包
mamba uninstall pytorch

## 退出虚拟环境
mamba deactivate

## 删除虚拟环境
mamba remove --name scworkflow --all

与Conda和谐共处

安装完成后，默认修改~/.bashrc文件里的启动设定。如果之前没有安装过conda的话，不影响。如果之前有安装过conda的，那么会替换掉原本的conda启动设置。使用which查看路径

$ which conda
/mnt/osf1/software/miniforge3/bin/conda

$ which mamba
/mnt/osf1/software/miniforge3/bin/mamba

• 那之前的conda还能用吗？答案是肯定的。使用绝对路径就好。

## 查看虚拟环境路径
$ conda info --env
base                  *  /mnt/osf1/software/miniforge3
Porkka                   /mnt/osf1/software/anaconda3/envs/Porkka
R                        /mnt/osf1/software/anaconda3/envs/R
biobakery                /mnt/osf1/software/anaconda3/envs/biobakery
genome_denova            /mnt/osf1/software/anaconda3/envs/genome_denova

conda activate biobakery ## 相对路径会报错
conda activate /mnt/osf1/software/anaconda3/envs/biobakery ## 绝对路径可以正常激活虚拟环境

• 为了跟conda和谐共处，最好的方式是使用软连接，把之前conda安装的虚拟环境，软连接到miniforge里的envs目录下。完成后，直接使用conda/mamba+虚拟环境名称即可激活虚拟环境。

## 创建软连接
ln -s /mnt/osf1/software/anaconda3/envs/biobakery /mnt/osf1/software/miniforge3/envs/biobakery

## 激活虚拟环境
conda activate biobakery
mamba activate biobakery

Conda out！
去享受飞一般的感觉吧

参考资料

• Mamba User Guide — documentation