如何查询一个基因和某一个通路的相关性

最新推荐文章于 2025-08-04 23:14:52 发布
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#数据库

该博客探讨了如何利用GeneCards和PathCards来研究基因信号通路，并介绍了如何进行蛋白质相互作用分析，包括STRING工具的使用和网络分析。此外，还提到了共表达分析，建议通过GEO或TCGA数据来寻找相关基因的表达模式。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

https://www.163.com/dy/article/G8OKP6M50532ROLT.html

#基因_信号通路
https://www.genecards.org/

在这里插入图片描述

#由目标通路中查找通路中的基因？
https://pathcards.genecards.org/

在这里插入图片描述

#蛋白相互作用分析

  • 蛋白相互所有分析(PPI)
  • STRING的使用以及网络分析

#共表达分析

  • GEO中查看是否有相关基因敲除或者过表达的表达数据
  • 如果是肿瘤研究的话，那直接就使用TCGA的数据就可以来进行研究。https://www.cbioportal.org/
基因相关性Java_一小时搞定基因集富集分析
weixin_36032446的博客
02-27 539
原标题：一小时搞定基因集富集分析基因集富集分析(Gene Set EnrichmentAnalysis, GSEA)，根据名称我们就可以知道这是一种对基因进行富集的工具和方法。其基本思想是使用预设定的基因集(通常是基因组注释信息或者来自前人、牛人的实验结果)，即将基因富集，把功能相似或者相同的基因进行组合，并最终以基因集的形式进行封装；然后将 case 和 control 组中差异表达的基因进行排...
差异基因p为0_RNAseq数据分析文献22差异基因与临床数据相关性分析
weixin_39700063的博客
11-22 1608
点击"上海生命基因" 关注阅读更多文献信息Whole transcriptome analysis of smoker palatal mucosa identifies multiple downregulated innate immunity genes吸烟者pa上黏膜的全转录组分析确定了多个下调的先天免疫基因期刊：J. Periodontol 影响因子：2.768发表单位：俄亥俄...
如何查询一个基因和某一个通路的相关性？
leroylee7的博客
11-21 6698
前几天一个小伙伴问：怎么查看一个基因和某一个通路之间的相关性。这里就简单的提供一个可能的解决办法，供有相同需求的小伙伴参考。 这里我们就假设我们想要查看ACE2和Cell Cycle信号通路之间有没有关系。对于这样的目的，我们第一步肯定是要查询两者在之前的研究当中是否有关系。 1. 确定之前的研究结果 对于之前研究结果的确定的话，我们可以通过genecards来查询。genecards当中总结了这个基因应该参与哪些经典的通路。在genecards里面汇总了KEGG等多个通路数据库当中的...
如何查询基因和通路的相关性，确定研究思路
SAM_biotech的博客
03-13 7061
那如果我们后续要做一些富集分析，可以把相关系数阈值灵活调整，如设置为0.4，筛出8000多个基因，我们可以选取前100个基因进行后续的富集分析。通过这些方法，大家会发现要了解基因和通路的关系也并不复杂，除了看文献，花点时间在数据库查询，也能获得不少有价值的数据，更为后续的分析、实验设计做了基础。很多小伙伴私信喵学姐，说设计课题、设计实验的时候，找不到思路，有目标基因但是又无法确定相关的通路。在我们获得基因之后，就可以看一下他们之间的互作关系，我们可以把获得的所有基因以及目标基因，统一
KOBAS数据库使用指南
leroylee7的博客
01-27 8227
KOBAS（KEGG Orthology Based Annotation System），，是由北京大学魏文丽课题组开发的数据库，主要功能是用于基因/蛋白质功能注释和功能富集。随着数据量不断增加，KOBAS至今为止共经历了3次升级，除了1.0版本的KEGG代谢通路之外，2.0版本增加了PID Curated，PID BioCarta，PID Reactome，BioCyc，Reactome和Panther等数据库，除此之外还增加了疾病的查询，使得KOBAS的功能更加强大。而3.0版本更是增加了lncRNA
工作中的好帮手
大尾猫的博客
04-02 925
工作中的好帮手 1、流程化软件 （1）ProcessOn https://www.processon.com/ 2、笔记软件 （1）有道云笔记 3、存储软件 （1）百度云 （2）微云 4、蛋白结构分析网站 http://services.mbi.ucla.edu/SAVES/ 5、前沿科学网站 http://science.bio1000.com/ http://cell.bio1000.com/...
有基因ID或者基因名，如何拿到对应的KEGG通路图？
weixin_30332241的博客
06-18 5656
1、https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2、如下图，筛选出基因所在的通路，并标上不同的颜色。 3、结果页面如下，有些基因会找不到对应的通路，如下图红字，找到通路的会列在下方，点击可以查看对应通路。 转载于:https://www.cnblogs.com/afeiyuanda/p/11044414.html...
通路相关性
03-19
通路相关性是指通过对生物分子（如基因、蛋白质等）的功能和相互作用关系进行分析，评估其参与的不同生物学通路之间是否存在统计上的依赖性或协同效应。这种分析可以帮助揭示复杂疾病的发生机制以及药物靶点的选择...
基因表达芯片技术筛选转移性卵巢癌相关性基因.pdf
07-26
文章中提到的GO分析是一种将基因或者蛋白质的分子功能、生物学过程和细胞组分进行分类和注释的工具，目的是为了理解基因或者蛋白质在生物体中的作用。GO分析有助于研究人员对差异表达基因的功能进行深入解析，找出...
写一串基因通路评价的打分函数
05-30
以下是一个简单的基因通路评价打分函数的示例，其中使用了基因表达数据和KEGG通路数据库： ```python import numpy as np import pandas as pd from bioservices import KEGG # 定义基因通路评价打分函数 def ...
学习网站总结
weixin_48601624的博客
09-09 690
资料/学习网站 B站 网址：www.bilibili.com 中国大学MOOC 网址：www.icourse163.org IMOOC 网址：www.imooc.com 极客时间 网址：https://time.geekbang.org 极客学院 网址：www.jikexueyuan.com 网易云课堂 网址：https://study.163.com 百度/谷歌 网址：www.baidu.com www.google.com 知乎 网址：www.zhihu.com GitHub 网址：https://gi
MySQL进阶：（第二篇）索引的结构、分类、语法
m0_73073987的博客
08-01 1202
本文系统介绍了MySQL索引的核心概念与实现原理。首先阐述了索引作为高效数据检索的有序数据结构，对比了有无索引的查询差异，并分析了索引在提升查询效率（降低IO和CPU消耗）与占用空间、影响更新操作之间的优缺点。重点剖析了多种索引数据结构：二叉树、红黑树在数据量大时的深度问题，B-Tree的多路平衡特性，以及MySQL优化后的B+Tree（增加相邻节点指针提升区间查询）。同时介绍了哈希索引的局限性和存储引擎支持情况，解释了InnoDB选择B+Tree的原因。最后详细说明了聚集索引的选取规则、索引分类及创建语法
菜鸟集团招Java研发啦
jobleap.cn求职助手首页
08-04 248
菜鸟集团招聘JAVA研发工程师，工作地点杭州。岗位职责包括分布式系统开发、高性能服务端程序设计、搜索引擎模块实现及海量数据处理。要求精通JAVA等编程语言，熟悉网络编程、Linux环境和数据库技术，具备扎实的算法基础。优先考虑有互联网实习经历、ACM竞赛获奖或学术成果的候选人。该职位面向具备良好学习能力和团队协作精神的技术人才。
mysql 实现列转行和行转列
质量不太好的博客
08-04 432
mysql 实现列转行和行转列
Ubuntu 下 MySQL 离线部署教学（含手动步骤与一键脚本）
最新发布
The God Of BigData 的博客
08-04 291
本文介绍了在Ubuntu 20.04/22.04无网络环境下部署MySQL的方法。首先需要准备虚拟机环境和下载依赖包，建议初学者先手动部署以理解原理。主要步骤包括：挂载ISO文件、安装MySQL、启动服务、设置root密码和远程访问配置。文中提供了详细的命令操作，并推荐使用自动部署脚本mysql_offline_deploy.sh完成批量部署。脚本包含挂载ISO、安装MySQL、安全设置和开放端口等功能。最后提供了补充建议，如扩展依赖包和使用tar.gz格式替代ISO等方案。
人大金仓数据库Kingbase主备集群搭建和部署
求知若渴，虚心若愚。
08-01 1117
本文介绍了人大金仓数据库主备集群的安装部署流程。主要内容包括：1）从官网下载数据库软件和授权文件；2）配置主备服务器207和209的免密互信；3）修改install.conf配置文件，设置集群路径、IP地址、数据库参数等；4）执行集群安装脚本并验证状态；5）测试主备数据同步，通过创建测试表和插入数据验证主备一致性。部署过程中需注意服务器免密配置和集群文件夹清理问题，最后通过repmgr命令检查集群运行状态。
ORACLE复杂查询
ZZH1120KQ的博客
08-04 1306
在Oracle数据库中，逻辑判断和条件判断是两个密切相关但又不完全相同的概念。逻辑判断主要关注的是根据逻辑运算符（如AND、OR、NOT）对条件表达式的结果进行逻辑运算，从而得出最终的布尔值（true或false）。条件判断则更侧重于根据给定的条件或表达式来判断某个操作是否应该执行，或者应该执行哪个分支的操作。
【Redis】安装Redis，通用命令，常用数据结构，单线程模型
2301_80224556的博客
08-04 805
客户端-服务器模型与 MySQL 等主流数据库系统类似，Redis 也严格遵循客户端-服务器 (Client-Server, C/S) 架构模型。服务端 (这是 Redis 的核心，一个常驻运行的后台进程。它负责数据存储、管理、执行命令、处理持久化、维护数据结构等核心功能。服务端通常运行在指定的服务器或主机上，监听配置的 TCP 端口（默认是著名的6379端口），等待客户端的连接请求。值得注意的是，Redis 服务端在处理命令时是单线程。
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