Bio3D的教程

最新推荐文章于 2025-08-10 23:55:17 发布

原创

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#3d

Bio3D是一款基于R语言的工具包，用于分析生物分子结构、序列和轨迹数据。它提供了多种功能，如原子选择、聚类、正常模式分析等。动态相关性矩阵（DCCM）是其应用之一，展示蛋白质原子间的大规模相关运动。通过RMSD、RMSF和PCA等计算，可以分析蛋白质的结构变化和柔度。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

参考：
【1】http://www.bioengx.com/bio3d%e7%9a%84%e5%ae%89%e8%a3%85%e4%b8%8e%e5%ba%94%e7%94%a8%e5%ae%9e%e4%be%8b%ef%bc%88dccm%ef%bc%89/
【2】http://thegrantlab.org/bio3d_v2/user-guide
【3】http://thegrantlab.org/bio3d_v2/tutorials/protein-structure-networks

1.Bio3D的介绍

Bio3D 是一款依托于 R 语言的工具包，包含用于分析生物分子结构、序列和轨迹数据的实用程序。功能包括读取和写入生物分子结构、序列和动态轨迹数据的能力，执行原子选择、重新定向、叠加、刚性核识别、聚类、距离矩阵分析、守恒分析、正常模式分析和主成分分析。

Bio3D应用实例

以Bio3D计算DCCM作为应用实例。
动态相关性矩阵（Dynamic cross-correlation matrices, DCCM），表示蛋白质中每个氨基酸的特定原子，比如Cα原子和其它氨基酸的Cα原子之间的相关性，提供蛋白质在大尺度范围内相关运动的一些信息。DCCM计算数值的取值范围从完全负相关的-1.0到完全正相关的+1.0。越接近数值1表示相关性越强，正负表示两个原子运动方向相同（反）。

首先需要准备两个文件.dcd和.pdb（以taq DNA聚合酶为例）
在这里插入图片描述


library(bio3d)
require(bio3d); require(graphics);
pause <- function()
cat(“Press ENTER/RETURN/NEWLINE to c

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