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RSS订阅原创 Ubuntu 22.04 从入门到掌握
Anaconda是Python和R编程语言的开源包管理器、环境管理器和发行版。它通常用于数据科学、机器学习、大规模数据处理、科学计算和预测分析。国内镜像地址（国外连接下载慢，选择使用国内镜像下载）：bash Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh #安装配置Anaconda源安装Anaconda源的包。
2023-10-24 15:11:05
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原创 Ubuntu 22.04 从安装到入门
用来安装Ubuntu 22.04 LTS，您需要按照以下步骤进行操作：提前准备空U盘：请确保U盘具有足够的容量（至少8GB），全盘清空；下载Ubuntu 22.04 LTS镜像文件，网址https://ubuntu.com/download或者从国内清华源（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu-releases/22.04.2/ubuntu-22.04.2-desktop-amd64.iso），ISO后缀；
2023-10-18 22:36:41
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原创 V.PhyloMaker：维管束植物系统发育树构建实践
V.PhyloMaker，R软件包，用于生成维管束植物的系统发育树。V.PhyloMaker中实现的巨型树（即GBOTB.extended.tre），包括现存维管植物的74 533个物种和所有科，拥有较为完整的维管植物系统发育框架。V.PhyloMaker可以为非常大的物种列表生成系统发育（测试的最大物种列表包括314 686个物种）。
2022-04-13 11:37:51
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原创 常用地理数据平台及环境数据资源 （GIS）
一、标准地图服务系统 （yyds）标准地图服务系统自然资源部标准地图服务（http://bzdt.ch.mnr.gov.cn）的页面上，提供了各省、自治区、直辖市的标准地图服务网站的链接。1 国家地球系统科学数据中心国家地球系统科学数据中心依托中国科学院地理科学与资源研究所共享共建20余年，率先开 展国家科技计划项目数据汇交，形成国内规模最大的地球系统科学综合数据库群2 北京大学地理数据平台北京大学地理数据平台由北京大学城市与环境学院于2017年建立。平台建立的宗旨是为本院和地理专业的学生、
2021-11-06 10:33:25
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原创 TaxonKit工具：获取物种NCBI数据库的Taxonomy ID
网址： https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/TaxonKit工具，采用命令行模式，可以便于使用loop循环进行流水作业。###想要实现的功能：输入一个科名列表文件，批量查询其taxonomy ID；| 子命令 | 功能 |[list]——列出指定TaxId下所有子单元的的TaxID[lineage] ——根据TaxID获取完整谱系（lineage）[reformat]——将完整谱系转化为“界门纲目科属种株"的自定义格式 |[name2taxid]——将分类单元
2021-10-19 08:49:55
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原创 ggtree实现系统发育树可视化
ggtree只映射节点到坐标系统中，而线条在geom_tree图层中计算并画出来。这是与其它软件最根本的不同，也是ggtree能够简单地用图层加注释信息的基础。
2021-07-19 21:00:32
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原创 R—计算系统发育多样性PD (Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity)
R计算 PD Calculate Faith’s Phylogenetic Diversity网址： https://cran.r-project.org/web/packages/picante/index.htmlDescription： Calculate the sum of the total phylogenetic branch length for one or multiple samples.Usage： pd(samp, tree, include.root=TRUE)Argu
2021-07-09 10:37:24
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原创 R计算功能多样性— functional diversity (FD)
一般植物功能特征被划分为3类：一是植物形态特征, 包括生长型、生活型、植株高度等；二是植物生殖特征,包括传粉方式、扩散方式、种子重量等；三是植物生理特征, 如植物固氮能力等[30].为研究中包括的每个物种创建一个定性和/或定量性状的矩阵；使用R中的FD包来计算你选择的性状的种间Gower距离。Gower距离矩阵可用于绘制树状图，描述物种间的相似性/不相似性，然后你可以使用R中的FD或BAT或其他软件包，以类似于计算系统发育多样性（PD）的方式，总结连接每个物种库中的物种的分支长度。 参考：https://
2021-07-03 17:20:06
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原创 在线和本地两种方法构建 RAxML 进化树方法和解读
1：在线构建RAxML树CIPRES Science Gateway V3.3：https://www.phylo.org/portal2/home.action#1. CIPRES网站2. 上传数据，选择RAXML tools2： 本地RAxML法安装Linux版本RAxML$ raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s example.phy -n...
2021-03-17 11:01:52
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转载 Win10打不开jar程序的解决方法 [转载]
方案一：打开注册表，开始->运行（或者用快捷键WIN+R），输入regedit，确定编辑注册表：HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\javaw.exe\shell\open\command，修改数据数值为 ["D:\Program Files\Java\jdk1.6.0_21\jre\bin\javaw.exe"-jar"%1"]（只要在原来的数值的"%1" 前添加-jar即可）。选择默认程序：.jar文件右击，打开方式->选择默认程序->浏览，选..
2021-03-16 09:37:13
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原创 如何计算序列间的种内和种间遗传距离
How to Calculate the Max-intra and Min-inter Distance distribution?step 1.Prepare the distance matrix.Tool：DistanceMatrixIn DECIPHER(R package)library(DECIPHER) DNAStringSet=readDNAStringSet("S:/xxx.txt") a=DistanceMatrix(DNAStringSet, ...
2021-03-16 09:33:52
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原创 批量替换文本中字符代码-python3
Excel的批量替换的痛点在于只能每次单次替换一个，利用脚本可以批量同时替换多个字符。首先需要建立replace_new.txt写入你所需要替换的文本，如：“originnewA1 B1B2 B2C1 C2” #使用Table空格，换行使用Enter。脚本如下：nameE = {}for line in open("replace_new.txt", "r", encoding="utf-8"): lineL = line.stri...
2021-03-05 17:05:21
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原创 使用MrBayes构建贝叶斯系统发育树【实践】
建树是分子系统发育与进化研究中绕不过去的一道坎，本文就本人实际经验介绍贝叶斯树的实际操作：基于不同原理的系统发育树构建方法的比较Bayesian Inference (BI）建树需要使用的软件包括: PAUP、SequenceMatrix、MrModeltest、Mrbayes软件数据准备1.1 数据格式转换将fasta数据格式转为nex文件格式，可使用MEGA等软件。1.2 为nex格式文件添加MrModelblock命令文本2. 使用Paup计算Sco..
2021-03-05 17:04:32
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原创 使用PaupGUI软件合并一致性树consensus tree
PAUP是一款用于构建进化树（系统发育树）及进行相关检验的软件。本文解决的问题是How to create consensus phylogenetic tree by PaupGUI.适用情形：使用CIPRES等软件计算没有得到一致性树；其他软件合成一致性树导致的软件崩溃的情况；Paup GUIprogram is developed to provide a user-friendly interface to the phylogenetic program PAUP* on Window.
2021-03-05 17:03:24
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原创 Windows下Python安装及pycharm，pip下载和安装第三方库
Python是方便的编程语言，基于其的文本处理工具非常方便。1. python安装不详细赘述，非常方便，但是安装好后需要在系统中设置环境变量，具体进入步骤为“我的电脑——属性——高级系统属性——环境变量”，新建“Path”的变量，add你的python路径，在后续中也需要add你的pip的路径，就能在系统powershell中调用这两个软件了。C:\Users\HUAWEI\AppData\Local\Programs\Python\Python39\ # python路径参考，找你下载后的p..
2021-03-05 17:01:33
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原创 防止Excel导入超大带格式文本乱码的方法
1. 新建一个Excel文件，从数据——导入文本/CSV，设置导入的文件原始格式为UTF-8，分隔符看自己的文本内容，最后选择转换数据。2. 加载并上传。3. 设置表格样式为浅色，成功。
2021-03-05 17:00:31
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原创 从R 4.0.0开始，需要为R安装Rtools工具至PATH
从R 4.0.0（2020年4月发布）开始，R for Windows使用了一个全新的工具链捆绑包rtools40。Starting with R 4.0.0 (released April 2020), R for Windows uses a brand new toolchain bundle calledrtools40.这个版本的Rtools将mingw-w64 gcc工具链升级到了8.3.0版本，并引入了基于msys2的新构建系统，使得R本身以及Windows上R包所需的系统库的构建和.
2021-03-05 16:59:04
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转载 Arcgis10.2安装与解决 [转载自麻辣GIS]
安装步骤下载安装文件需要下载2个安装文件：ArcGIS Desktop 10.2原版安装光盘ArcGIS Desktop 10.2补丁文件关闭Windows防火墙如果想安装起来少麻烦，请关闭Windows防火墙及各类杀毒软件。已经有很多朋友遇到因为Window防火墙引起的问题，保险起见，建议关闭。解压ISO文件下载下来的安装包是一个.iso的镜像文件，不要使用系统自带的记录软件打开，使用winrar 或者 7-zip 或者 360解压 或者 好压等解压软件将文件解压到某个目.
2021-03-05 16:57:53
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原创 从R中安装phylotaR包
1. 在RStudio中设置镜像为国内清华大学镜像；2. 安装Rtools工具至PATH从R 4.0.0（2020年4月发布）开始，R for Windows使用了一个全新的工具链捆绑包rtools40。3. 安装phylotaR包，参考链接如下https://github.com/ropensci/phylotaRFrom CRAN:install.packages('phylotaR')Or, download the development package from Gi
2021-03-05 16:55:45
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原创 群体结构分析软件Structure使用步骤
1. 打开新建项目project2. 加载数据文件，设置格式3. 设置4. 新建参数5. 运行项目，设置K值和重复次数
2021-03-05 16:54:21
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原创 群体结构分析软件admixture安装及使用经验
1. 软件下载及安装admixture：使用conda进行软件安装conda installadmixture2. VCF文件格式转换为bed格式文件（似乎admixture 可以直接识别ped/map文件格式的输入文件）vcf文件转为ped文件：方法1：使用vcftools支持将vcf文件转换成plink对应的ped/map格式，如下vcftools --vcf input.vcf --plink --out output方法2：plink支持直接读取vcf文件..
2021-03-05 16:52:49
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心理系app官方作业和答案标记（JC01-JC10）
2024-11-10
Science Research Writing for Non-Native Speakers of English 第一版
2023-10-04
中国国家重点保护野生植物名录2021(Excel整理版)
2021-10-19
中国高等植物受威胁物种名录2017_(Excel版本).zip
2021-06-17
中国生物多样性红色名录-高等植物卷（2013）（Excel格式）
2021-06-17
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