生物信息学软件_基因测序,生物信息学分析计算特点及工作站配置探讨202007

本文探讨了生物信息学的计算特点,强调在序列比对和从头组装过程中,CPU核心数量和内存容量的重要性。对于重测序,32核CPU+64GB RAM已足够,而大型基因组装则需要150G以上的内存。硬件配置的关键因素包括CPU核数、内存容量和I/O带宽。此外,文章还提到了针对不同分析任务的硬件配置建议,并推荐了相关供应商。

(一)了解生物信息学

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生物信息学(Bioinformatics)利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据,其研究工具是计算机,研究方法包括对生物学数据的搜索(收集和筛选)、处理(编辑、整理、管理和显示)及利用(计算、模拟)。

生物信息学典型工作流程

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这个过程是由一系列链接的步骤组成,这些步骤将原始输入(测序原始数据RAW)转换为有意义或可解释的输出,例如,高通量测序NGS数据而生成的fastq文件。然后用于基因组序列分析的特定功能方面的特定工具执行。根据执行的分析类型,工作流可以具有可变数量的步骤,因此可以是简单的或复杂的。
生物信息学主要研究方向:DNA/RNA/蛋白质测序,序列比对,基因发现,基因组组装,药物设计,药物发现,蛋白质结构比对和预测,通过使用计算密集型技术(用于模式识别,数据挖掘,机器学习算法和可视化)来加深对生物过程的理解。因此需要配备先进的计算设备和丰富专业的分析软件
(二)生物信息学分析的计算特点

如何选购一个理想的图形工作站硬件配置,可能很多人思考过:
什么是用于生物信息学和计算生物学研究的最佳PC/工作站?
用于生物信息学分析的服务器配置
全基因组序列分析实验室的硬件配置
高通量序列分析服务器有什么要求

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