conda的安装与使用

最新推荐文章于 2025-07-11 10:41:22 发布

原创最新推荐文章于 2025-07-11 10:41:22 发布 · 323 阅读

0 ·

CC 4.0 BY-SA版权

系统专栏收录该内容

18 篇文章

订阅专栏

一、conda简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

二、安装conda

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用微笑.jpg），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。
官网：https://conda.io/miniconda.html

三、安装命令：

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行

注意：在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no

注意：
在使用anaconda装python时，有时候路径可能没有加入到系统路径中，要手动加入：
将anaconda的bin目录加入PATH，根据版本不同。确定anaconda的名字，如果是默认的，python2.7生成anaconda2

$ echo 'export PATH="~/anaconda2/bin:$PATH"'>>~/.bashrc

#然后更新bashrc，即可立即生效

$ source ~/.bashrc

四、启动conda

在上一步选择no之后，输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢？
找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate。
这里需要给activate添加一下权限才能使用

chmod 777 activate

接下来启动conda

. ./activate #这里的第一个点跟source是一样的效果，我比较懒。

当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list 命令就有反应了

退出conda环境

退出也很简单，之前我们是. ./activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)现在退出只要:

. ./deactivate
或者
conda deactivate

五、添加频道

2019-5-16 update: 这个道理跟家里的电视机是一样一样的，安装conda就相当于买了一台电视机，但是有电视了不意味着你就能看节目了，你要手动添加频道才能看你想看的电视节目。
官方channel：

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

查看已经添加的channels

conda config --get channels

已添加的channel在哪里查看

vim ~/.condarc

六、利用conda安装生物信息软件

安装命令:

 conda install gatk

搜索需要的安装包:
提供一个网址,用于事先查找想安装的软件存不存在

conda available packages

当然, 也可以用这个命令进行搜索

conda search gatk

安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：

 which gatk

如需要安装特定的版本:
conda install 软件名=版本号

conda install gatk=3.7

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
查看已安装软件:

conda list

更新指定软件:

conda update gatk

卸载指定软件:

conda remove gatk

七、创建软件的软链接

跟着命令一路敲到这里的小旁友们估计发现了，现在退出conda环境之后之前安装的软件全都GG了，敲命令没法执行了！
怎么办呢！其实只要把安装好的软件软连接到一个处在环境变量里的位置就可以使用了。三步走：

第一步，创建一个文件夹
我一般的习惯是在/home目录下创建一个.soft文件夹
第二步，将这个文件夹添加到环境变量中

export PATH="~/.soft:$PATH"

第三步，软链接

ln -s ~/miniconda3/bin/gatk ~/.soft

这样就可以运行啦~如果还是不行建议试试初始化一下bashrc：. ./bashrc

八、创建conda环境

之前创建的时候显示的是（base）这是conda的基本环境，有些软件依赖的是python2的版本，当你还是使用你的base的时候你的base里的python会被自动降级，有可能会引发别的软件的报错，所以，可以给一些特别的软件一些特别的关照，比如创建一个单独的环境。
在conda环境下，输入conda env list（或者输入conda info --envs也是一样滴）查看当前存在的环境：
目前只有一个base

conda create -n python2 python=2
#-n: 设置新的环境的名字
#python=2 指定新环境的python的版本

conda会创建一个新的python2的环境，并且会很温馨的提示你只要输入conda activate python2就可以启动这个环境了

九、切换Python2.x和Python3.x

基于 python3.6 创建一个名为test_py3 的环境

conda create --name test_py3 python=3.6

基于 python2.7 创建一个名为test_py2 的环境

conda create --name test_py2 python=2.7

激活 test 环境

activate test_py2  # windows
source activate test_py2 # linux/mac

切换到python3

source test_py3

参考链接：https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

十、jupyter notebook 添加 conda 环境

激活conda环境

source activate cym
安装ipykernel

$ conda install ipykernel

将环境写入notebook的kernel中

python -m ipykernel install --user --name 环境名 --display-name “python 环境名”

python -m ipykernel install --user --name cym --display-name “python cym”

打开notebook

jupyter notebook

PS: 有时候第1步，安装完ipykernel后，打开jupyter notebook,就自动检测到本地的conda环境的. 所以可以安装完ipykernel后，先打开jupyter notebook看看有没有自动检测到了自己的conda环境：