linux的gromacs模拟分子运动,GROMACS分子动力学模拟技术与应用

最新推荐文章于 2024-06-25 17:02:03 发布

转载

最新推荐文章于 2024-06-25 17:02:03 发布 · 734 阅读

文章标签：

#linux的gromacs模拟分子运动

该课程介绍了GROMACS分子动力学模拟的基础理论与操作，包括统计力学原理、GROMACS软件的Linux环境使用、并行计算、力场选择与建模方法，以及分析工具的运用。内容涵盖从基本概念到复杂体系建模分析，如界面模拟、物理场下模拟和药物分子开发等，旨在帮助学员掌握完整的GROMACS计算流程。

该楼层疑似违规已被系统折叠隐藏此楼查看此楼

“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”

课程内容

分子动力学模拟基础 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理介绍1.1统计力学基本假设1.2统计概率1.3配分函数的定义1.4系综简介和选择1.5分子动力学的概念1.6主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法1.7积分步长的选取1.8温度和压力控制1.9周期性边界条件1.10分子动力学模拟流程

GROMACS入门操作 2 GROMACS入门操作基础2.1 Linux环境介绍2.2 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令2.3 Linux并行操作方法2.4 OpenMP内存贡献并行介绍2.5 MPI分布式并行介绍和环境搭建2.6 GROMACS的win版linux版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件2.7 GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍2.8 GROMACS基本算法介绍2.8 GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备OPLS为例，力场的各种参数说明

GROMACS建模方法 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模软件的使用3.2 建立各种体系模型混合模型、界面模型、球体模型等3.3 小分子各种力场TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATBitp, top的结构以及参数说明3.4 建立均相、多相体系3.5 如何修改力场参数

GROMACS初级分析工具讲解 3 GROMACS分析工具——掌握基本数据分析——使学员具备问题解决能力3.6 LJ流体，甲烷，水纯物质模拟3.7 模拟轨迹分析(trajectory，sasa，rdf，freevolume等)3.8 生成拓扑结构和坐标文件(editconf，genconf，pdb2gmx等)3.9 模拟能量分析(energy，enemat等)3.10 系统动态结构分析(cluster，confrms，midist等)3.11 空间分布性质(gyrate，msd，rdf，tra

最低0.47元/天解锁文章