Bio::SearchIO分析ncbi-blast+生成的xml的一个问题

最新推荐文章于 2024-01-08 21:29:06 发布

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大概是因为今天教研室网络超烂（似乎并不是这个原因），在自己搭建的简陋web版blast（基于ncbi-blast+）上比对个序列，失败了，查了下/var/log/apache2/error.log，竟然这种错误：

--------------------- WARNING ---------------------
MSG: error in parsing a report:
 http error : Operation timed out
---------------------------------------------------

简直震惊，这居然需要网络？我真是想不通-_-||

看了下对应的 blast 结果文件是存在的，没有问题。

几番尝试，折腾，发现 wwwblast 生成的 xml 格式文件处理起来就没问题，可迅速得出结果。

……

然后，把两种 xml 文件打开做个对比，发现：

wwwblast 生成的 xml 里第二行是这样的

<!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "NCBI_BlastOutput.dtd">

而

blast+ 生成的 xml 里第二行是这样的

<!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dtd/NCBI_BlastOutput.dtd">

换成 wwwblast 格式的话，就不蹦错误了。

似乎这并不是根本原因……看起来不太合适。

解决问题

查了下Bio::SearchIO::blastxml，觉得有可能什么模块没装，然后发现XML::SAX::ExpatXS没装，安装了下试试看

sudo aptitude install libxml-sax-expatxs-perl

然后现在运行起来没问题了，希望就此解决。

糊里糊涂的。

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