Prokka原核生物基因组注释centos安装

最新推荐文章于 2024-04-25 09:09:23 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： linux
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Curry_chenhu/article/details/111407967
版权

  • 安装
    https://github.com/tseemann/prokka

  • 问题
    Prokka不会生成所有文件，但是在直接从命令行运行时可以正常工作
    错误日志显示 Bio::SearchIO: hmmer3 cannot be found

  • 解决
    cpanm Bio::SearchIO::hmmer

prokka-原核及病毒基因组高效便捷注释
Neptuneyut的博客
11-09 2460
文章目录简介安装使用参考 简介 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation 全基因组注释是在一组基因组DNA序列中识别感兴趣的特征，并用有用的信息标记它们的过程。Prokka是一款软件工具，可以快速注释细菌、古生菌和病毒基因组，并生成符合标准的输出文件。 安装 conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka Test Type prokka and it should output its
linux下pfam使用方法,无root权限安装Pfam的笔记
weixin_39608748的博客
05-13 1428
本文主要解决问题：you may need to install the Bio::Pfam::Scan::PfamScanmodule1，需要先安装HMMER3软件：下载地址：http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz然后解压，进入软件hmmer3所在目录，开始安装软件：./configure --prefix=你想把软件安装的目录的绝对路径...
prokka:快速原核基因组注释
05-10
Prokka：快速原核基因组注释 介绍 全基因组注释是识别一组基因组DNA序列中感兴趣的特征，并用有用的信息标记它们的过程。 Prokka是一种软件工具，可快速注释细菌，古细菌和病毒基因组，并生成符合标准的输出文件。 安装 Bioconda 如果您使用 ，则可以使用： conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka 酿造 如果您使用的是或打包系统： brew install brewsci/bio/prokka 码头工人 由维护 docker pull staphb/prokka:latest docker run staphb/prokka:latest prokka -h 奇点 singularity build prokka.sif docker://staphb/prokka:latest singula
生信步骤|原核生物基因组注释--Prokka
学术程稻属
05-14 2194
全基因组注释是鉴定生物基因组特征的过程。Prokka是一个适用于原核生物基因组注释工具，可以注释细菌，古菌和病毒基因组。Prokka在预测基因组CDS区域时采用了多种数据库，内置的三个核心数据库包括ISfinder数据库，NCBI细菌抗性数据库和UniprotKB数据库。此外，prokka内置基因CDS预测工具prodigal引用量较高，是目前十分可靠的原核生物基因组快速注释工具。
Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-25 1万+
文章目录Prokka：快速原核基因组注释热心肠日报摘要1 简介2 描述2.1 输入2.2 注释表1 Prokka使用的功能预测工具2.3 输出表2. 输出结果介绍3 结果表3. 比较大肠杆菌的注释结果扩展阅读猜你喜欢写在后面 Prokka：快速原核基因组注释 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation Bioinformatics, [4.531] 2...
宏基因组实战4. 基因注释Prokka
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
01-21 9312
前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实...
Prokka的安装与使用
m0_70166478的博客
06-04 3134
快速核基因组注释2、ProKKa的安装在本人的使用中，有两种安装方法好用1、用conda安装2、用docker进行安装docker需要linux系统中安装，然后使用，比conda好用3、软件的使用参数General:Setup:Outputs:输出文件Extension描述.gff.gbk.fna.faa.ffn.sqn.fsa.tbl.err.log.txt.tsv。
(base) lkk@LAPTOP-EK3PSA37:~$ prokka 1_3.fna --outdir annotation --prefix test --kingdom Bacteria Can't locate XML/Simple.pm in @INC (you may need to install the XML::Simple module) (@INC contains: /home/lkk/miniconda3/lib/perl5/site_perl/5.22.2/x86_64-linux-thread-multi /home/lkk/miniconda3/lib/perl5/site_perl/5.22.2 /home/lkk/miniconda3/lib/perl5/5.22.2/x86_64-linux-thread-multi /home/lkk/miniconda3/lib/perl5/5.22.2 .) at /home/lkk/miniconda3/bin/prokka line 25. BEGIN failed--compilation aborted at /home/lkk/miniconda3/bin/prokka line 25. ，我在搞基因组注释，这是啥情况呀？
最新发布
03-28
总结一下，回答应该分步骤给出不同安装方法，包括系统包管理器和CPAN，然后验证安装是否成功，最后建议用户重新运行Prokka。同时，考虑到用户可能的环境差异，要提供多种选项，并提醒可能的权限问题。如果有引用相关...
探秘Prokka：快速高效的微生物基因组注释工具
gitblog_00093的博客
04-13 940
探秘Prokka：快速高效的微生物基因组注释工具 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 项目简介 是一个强大且用户友好的开源工具，用于快速自动化地对微生物基因组进行注释。由澳大利亚的科学家Thomas E. Mannemann开发，它集成了多种生物信息学工具，旨在提供一种简洁的方式来处理和解析高通量测序数据，帮助研究者更深入地理解微生物基因组的结构和功能。 技术分析 P...
基因组注释3.基因的功能注释Prokka
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-20 1万+
基因组注释的前两篇为大家讲解了关于基因组组成成分分析（包括重复序列的识别、非编码基因和编码基因预测等）的内容，今天，将重点介绍如何进行基因的功能注释。基因的功能注释获得基因结构信息后，...
【无标题】Prokka安装时候的问题
zhangdaoshun666的博客
04-25 437
出现错误。
bioruby-hmmer3_report:HMMER 3软件包中用于hmmsearch和hmmscan的解析器
05-17
bio-hmmer3_report HMMER 3软件包中用于hmmsearch和hmmscan的解析器类。 例子 描述 # Input from string: data = String.new data << '# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord' data << "\n" << '# target name accession tlen query name accession qlen E-value
prokka怎么安装？软件使用方法？具体怎么使用？
萧潇的技术博客
11-24 1299
Prokka 是一种软件工具，可快速注释细菌和病毒基因组并生成符合标准的输出文件。
Prokka: ubuntu安装的时候出现错误
weixin_44750594的博客
01-08 1114
【代码】Prokka: ubuntu安装的时候出现错误。
解决Failed to load module canberra-gtk-module错误
热门推荐
footrip的博客
12-20 5万+
更多内容，请查看博客原文：解决Failed to load module canberra-gtk-module错误 在Ubuntu环境里，运行程序时，报错： {% asset_image 1576805206947.png %} Gtk-Message: 09:10:26.571: Failed to load module "canberra-gtk-module" 查看一下模块位置 loc...
基因预测软件
weifanbio的博客
11-15 2982
基因预测软件–Prokka Prokka是一款快速对原核生物基因组进行注释的工具，可以在10分钟内完成对一个细菌基因草图的注释工作。适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家Torsten Seemann 开发。Prokka协调了一套现有的软件工具，可以对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释。 1）软件安装 使用conda进行安装 conda install Prokka 2）软件使用 Prokka要求以FASTA格式的预组装基因组DNA序列为输入文件。本文中以最近发现的纤维素降解
pcap的安装与配置
anvt77205的博客
10-06 844
　　pcap，即packet capture library 抓包库，这个抓包库给抓包系统提供了一个高层次的接口。所有网络上的数据包，甚至是那些发送给其他主机的，通过这种机制，都是可以捕获的。它也支持把捕获的数据包保存为本地文件和从本地文件读取信息。 　　还有一些详细介绍可以参考：http://baike.baidu.com/view/6584893.htm 　　libpcap ...
微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
10-17 9644
写在前面作为纯wet遗传学博士，转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大，让我痛下决心苦学dry技能。目前感觉对宏基因组领域的基础分析技术已经略懂，每天按自己的想法搞事情还是很开心的事，今承本公众号主编刘博士再三邀请分享学习经验，在下不才将之前学习经历和笔记共享之，新人请上船，老司机请拍砖，以求共进。简要説一下我的转型经历，为基础差上不了车的同学有个借鉴，哪里不会点哪里。即有生
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