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RSS订阅原创 BEAST推断贝叶斯树时如何使用bModelTest选择最优分子替换模型
在Beautit的Site Model中选择BEAST Model Test，在下面的选项中选择transition TransversionSplit，之后正常做mcmc跑树。用Tracer和bModelTestAnalyser查看结果。使用Tracer查看结果时，所有参数ESS应大于200.其中重要的参数有如下几项：substmodel：用6位数字指代模型名称，如HYK，GTR等；...
2019-03-29 14:26:06
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原创 构建ML分子系统发育树如何分区
使用多基因构建ML树时，需要将不同基因分区，以保证各基因估算出不同的进化速率。如有5个基因，最少要分5区。 如有蛋白质基因（如CO1，H3），由于蛋白质3rd Coden 密码子的摆动性，需要将1st，2nd Coden分成一区，3rd Coden分成一区，用XX-XX\3的形式书写（相见RaxMl或IQTREE的使用说明）。那么，如何判断蛋白质基因中每一个位点属于那个密码子...
2018-09-12 09:06:20
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原创 用R语言绘制显示taxa特征值的散点图
在系统发育分析时，经常会对树上taxa的性状进行描述性统计。对于离散型的变量，R中各种包（APE，phytools，etc）自带的函数可以较好解决问题，但对于连续型变量（如体长、体重等），则没有对应的函数进行显示。 其实，可以通过Hmisc包中的dotchart3函数绘制“克利夫兰点图”，再将其拼接到系统发育树上解决此问题。效果如下图： 图中，系统发育树右侧的d...
2018-08-29 16:33:35
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原创 MergeSeq--多基因序列拼接工具
在进化生物学研究中，构建分子系统发育树一般选取低速进化(Slow-Evolving)且有种属特异性的基因片段进行分析。为提高结果的置信度，一般采取多基因组合分析的方法。 常用的技术路线是：首先，自己测序或从NCBI下载所需基因，之后使用Clustal或MAFFT等软件对序列进行对齐，最后按物种将所选基因片段拼接成用于构建分子系统发育树的全序列。 ...
2018-08-15 10:52:02
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原创 Getfasta--根据Acession Number（Ac号）批量下载GenBank分子序列数据的自动化程序
推断分子系统发育树时，很多分子序列数据都是从GenBank等公共数据库下载的。当数据很多时，每条序列都要检索、下载十分耗时，而且容易出错。作者基于NCBI官方提供的Entrez direct软件包，二次开放了能批量下载GenBank分子序列数据的程序——Getfast。此程序能解析用户提供的ACLIST文件，并自动下载生成包含所有序列的fasta文件，供构建分子系统发育树使用。一、运行环...
2018-07-30 14:30:46
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原创 Phylogenetic Inference 两个重要工具
1.在线计算网站The CIPRES Science Gateway V. 3.1http://www.phylo.org/sub_sections/portal/2.IQ-TREE 新一代PI工具http://www.iqtree.org/
2018-06-15 14:57:25
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原创 用python3写的cgi服务器脚本无法显示中文
最近在学python3，但用用python3写的cgi服务器脚本英文显示正常，但无法显示中文。不知为什么？百度了N天最终找到解决办法。在脚本前加上如下两句即可正常显示中文。import codecs, sys sys.stdout = codecs.getwriter('utf8')(sys.stdout.buffer)具体原理尚不清楚。
2017-09-15 21:40:20
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转载 R语言版本升级
使用installr包完成版本升级，这样可以不用重新再安装各种package了。> install.packages("installr")> library(installr)> updateR()http://blog.youkuaiyun.com/faith_mo_blog/article/details/52191428
2017-08-07 10:35:47
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转载 关于DNA分子替换模型的简明介绍（原来都属于GTR模型家族呀）
原文链接：http://evomics.org/resources/substitution-models/nucleotide-substitution-models/The use of maximum likelihood (ML) algorithms in developing phylogenetic hypotheses requires a model of evoluti
2017-07-25 15:18:10
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原创 LaTeX学习笔记（二）—LaTeX编辑环境搭建-MikTeX+ATOM
在多次实验之后，个人觉得在windows系统下，MikTeX+ATOM是最为优雅智能的LATEX编译环境。以下是搭建此环境的过程 1. 首先，MikTeX是Windows下LaTeX的发行版，这是必须装的。安装过程也很简单，一路next即可。 2. 其次，安装
2017-06-23 15:42:16
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原创 LaTeX学习笔记（一）—Hello World！
要不要学习LaTeX，其实自己纠结了好久。 从网上各种文章看，LaTeX和Word各有特色。而且有人认为，LaTeX的功能Word几乎都能实现，吹嘘LaTeX的人其实是Word没学好，转投LaTeX用模板找个偷懒的藉口罢了。如果是这样，我觉得有理。 那为什么还要学习LaTeX呢？到现在我也没想明白。但有几个能说服自己的理由： 1. 既
2017-06-22 16:12:28
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转载 oracle物化视图的批量更新
如果用户物化视图非常多，可以用以下代码批量更新物化视图-- Created on 2017-06-01 by ZHANY_000 declare -- mview_list varchar2; begin for mview_list in (select mview_name from user_mviews) loop dbms_m
2017-06-01 10:17:37
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原创 更改oracle账户密码
今天通过NaviCat连接数据库，提示一账户密码过期，需要更改密码。在客户端输入新密码后总是显示错误，不知何故？后来用putty远程登陆服务器，在服务器端通过sqlplus进入该账户，修改密码就显示正常了。看来，客户端改密还是有问题的。
2016-08-01 14:41:21
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转载 centos6.6 安装gnome和vnc
http://www.centoscn.com/image-text/config/2014/1120/4151.html
2016-04-12 22:08:55
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原创 MSA镜像文档
MSA（Multiple Sequience Alignment）多重序列比对是Bioinformatics领域的一项基础工作，本镜像环境下提供的工具能提供完成这项任务一系列的工具。1. OS ：CentOS72.以装好的基础应用程序： （1）Gnome桌面 Linux下的GUI界面。 （2） vncser
2016-03-06 13:32:20
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转载 linux下修改环境变量问题
按变量的生存周期来划分，Linux变量可分为两类，它们的修改方法如下：（1）永久的：需要修改配置文件，变量永久生效。常见的配置文件包括：（1-1）/etc/profile：对所有用户生效；此文件为系统的每个用户设置环境信息,当用户第一次登录时,该文件被执行；并从/etc/profile.d目录的配置文件中搜集shell的设置例如：编辑/etc/profile文件，添加CLASSPA
2016-03-02 15:10:14
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转载 centos 5 yum安装与配置vsFTPd FTP服务器
作者:朱 茂海 /分类:vsFTPd 字号：LM S 文章目录[隐藏]什么是vsftpd安装vsftpd配置防火墙配置vsftpd服务器添加ftp用户出现的错误vsftpd作为FTP服务器，在Linux系统中是非常常用的。下面我们介绍如何在centos系统上安装vsftp。什么是vsftpdvsftpd是一款在Li
2016-03-01 15:39:20
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转载 Centos 7 安装X-windows和VNC步骤
作者：匿名 hihi来源：Chinaz源码报导 浏览：9536次 2011-9-3 19:20:07 字号：大 中 小 [摘要]VNC是一款优秀的远程控制工具软件，由著名的AT&T的欧洲研究实验室开发的。VNC是在基于UNIX和Linux操作系统的免费的开放源码软件，远程控制能力强大，高效实用，其性能可以和Windows和MAC中的任何远程控制软件媲美。VNC是一款优秀的远
2016-03-01 15:38:00
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原创 安装clustalw-2.1
login as: rootroot@47.88.85.25's password:Last login: Sat Feb 27 17:10:47 2016 from 124.126.167.194Welcome to aliyun Elastic Compute Service![root@iZu17bwouquZ ~]# perldoc Bio::Seq[r
2016-02-27 20:55:48
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原创 安装Bioperl最基本模块Bio::SeqIO
Bioperl就像个大柜子，里面存放各种模块。Bio::SeqIO是Bioperl最基本的模块，本文介绍其在CentOS7-64bit下的安装方法。STEP1：prepare to installyum update #更新yum源。yum install expat-devel 包 #Bioperl官网说要用XML功能需要安装expat和expat-devel包，由于expat包C
2016-02-27 17:50:09
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原创 从源代码安装Guidance
Guidance是以色列科学家开发的一款用于评估msa对齐稳定性及去除低支持度片段的软件。目前可以通过网页提交数据获取结果。同时作者提供了源代码包可以编译安装在本地的server上。URL：http://guidance.tau.ac.il/ver2/source.php通过接近两天的努力，终于编译安装完成，记录如下：1.安装环境：需要的安装环境较为苛刻。由于是基于bioperl的，所
2016-02-25 15:16:51
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原创 Entrez Direct学习笔记
NCBI提供的Entrez Direct有着自己独特的检索语法和查询理念，和sql相似但语法上差距很大。Step by Step 一步步慢慢来：首先Edirect的检索原理:1.esearch,efetch的区别。这三个命令是edirect的核心命令。esearch从NCBI检索符合条件的记录，并将结果的summary返回client的屏幕上，并没有下载结果。efetch的参数包括-db（
2016-02-22 16:58:16
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转载 强大的oracle函数wm_concat
http://blog.sina.com.cn/s/blog_03c54d100101abqd.html
2016-02-19 22:24:02
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原创 NCBI中Entrez Direct的使用
NCBI作为一个巨大的bioinformatics数据库，除了提供B/S界面的查询外，还提供了许多工具查询和下载DB中的数据。本文介绍其中最强大的一种Entrez Direct（Edirect），这是NCBI官方提供的UNIX平台DB数据检索工具（注意，UNIX平台，不是Linux。我曾经在centos上装过，只能实现输出xml格式结果的功能，不能将结果转换成表格格式，因为perl中xtract模
2016-02-19 09:26:01
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原创 更新NCBI中taxdmp数据
NCBI中的taxonomy信息可以通过FTP进行批量下载，获取的txt文档可以导入DB中，并用sql语言的递归查询工具筛选出所有蜘蛛目的taxa，并单独存储成SIG_TAXDMP_NAMES和SIG_TAXDMP_NODES两张表。以供调用。具体做法是：1.从NCBI的FTP中下载最新的taxdmp.zip文件，其中/pub/taxonomy目录下有此文件。其中names.dmp和nodes
2016-02-14 13:10:06
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原创 实战：用BEAST构建带分子钟的皿蛛分子系统发育树
一、取样：以Wang et.al,2015中L148_r树的taxa为基础，去除重复的taxa，最终得到122个taxa。DNA序列数据L122.nex, 起始树为ML法推断出的besttree。 二、生成XML文件 A. 打开BEAUti，将DNA序列数据和起始树导入程序，按以下步骤生成跑BEAST所需的xml文件。。 （1）定义tMRCA,共4个。
2016-02-01 17:10:24
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原创 使用GENBANK数据进行分子系统发育树的构建
一、引言 GENBANK是目前最大而权威的分子序列数据库，调用其中数据可以进行分子系统发育树的构建。1、序列数据获取（以皿蛛系统发育树为例） 在GenBank中，每一个物种或阶元都有一个taxid，他是taxa的ID。而且taxa之间存在父子关系。我们的研究对象是蜘蛛目（Aranaea），其taxaid为6893，其父级阶元是蛛形纲（Arachnida），taxaid
2016-01-25 10:37:11
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原创 VSFTPD设置-允许root账户登录ftp
在centos中，vsftpd默认设置为禁止root账户登录ftp，在filezilla celient中，显示如下错误信息： 状态: 正在连接 【ip】状态: 连接建立，等待欢迎消息...状态: 不安全的服务器，不支持 FTP over TLS。命令: USER root响应: 331 Please specify the password.
2016-01-20 16:12:15
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原创 Win8下VTK的安装
一、软件准备1、vtk-5.10.1.zip和vtkdata-5.10.1.zip；2、cmake-2.8.10.2-win32-x86.exe（编译程序)3、ActiveTcl8.5.13.0.296436-win32-ix86-threaded.exe（Tcl/Tk）4、Visual Studio 2012二、安装过程网上下载的vtk的源代码，需要编译、生成才能使用
2013-03-10 09:42:52
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