vcf-tools 笔记

最新推荐文章于 2024-09-25 07:58:16 发布

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原文链接：http://www.cnblogs.com/jluzhsai/p/6041373.html

vcf-query:

通过 vcf-query 提取DP (reads depth).

~/zengs/Tools/vcftools/perl/vcf-query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT\t%INFO/DP\n' my.vcf | awk '{if($1==1) print  $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$5 }'  > my.vcf.DP

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2024.08.26【读书笔记】|使用GATK进行等位基因特异性表达分析

08-26

564

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09-19

1万+

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VCFtools学习

闲敲棋子落灯花

06-18

9840

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vcftools用法详解

sunchengquan的博客

01-28

2万+

vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具参考：vcftools使用手册输入参数 –vcf &lt; input_filename &gt; 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf &lt; input_filename &gt; 通过gzipped压缩过的VCF文件 –bcf &lt; input_filename &gt; B

linux anaconda + bcftools使用

m0_69569041的博客

08-29

598

不指定虚拟机里conda的安装路径到其他盘了而是直接安装在win11 WSL默认目录下并安装conda而不是miniconda。2.生成含有包括GT（基因型）、AD（等位基因深度）和DP（读取深度）信息的vcf文件。3.计算每个位点的MAF、遗传多样性和PIC值，然后计算每条染色体和基因组的平均值。主要就是装好了创建不了带python的虚拟环境。各种方法都试了现在也没找到原因。结果miniconda一直出问题。才知道原来vcf的表头是有用的。修改了一下添加了这几行。bcftools使用。

VCF变异结果文件详解

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看懂变异记录结果文件（VCF） VCF 做过DNA重测序，群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了全基因组的变异信息，如果不懂VCF文件就无法进行后续分析。 VCF文件介绍: 做过DNA重测序，群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异（主要包括SNP和InDel）信息。后续几乎所有的分析内容都是基于此文...

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903

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02-01

1917

1.测序数据大小计算公式：人类基因组（30亿个碱基）X 30（测序深度）=900亿个碱基（1800亿个字母） 900亿个碱基/150(测序策略PE150)=6亿条reads 6亿条reads X 45(每条reads的名字长度)=2070亿个字母（每个字母一个字节） 2070亿个字母 / 每个G所包含的字节数 (1024*1024*1024)=192.7838G注释：测序仪器下机数据的 f

Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-11-2

weixin_42953727的博客

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Ubuntu文件操作（压缩与解压缩、用户组管理、权限）

qq_65582400的博客

08-06

1453

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