如何利用数据库下载参考基因组

最新推荐文章于 2025-03-05 14:20:05 发布
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#数据库

本文汇总了多个生物信息学相关的资源网站，包括UCSC基因组浏览器的数据下载、Illumina测序软件及基因组信息等，为生物信息领域的研究者提供便捷的数据获取途径。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

参考网址：

http://www.bio-info-trainee.com/1469.html

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html

http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html

 

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ncbi-genome-download批量下载基因组数据
hgz2020的博客
10-11 9014
ncbi-genome-download
参考基因组序列下载和转录组数据过滤
BioinfoDu
03-17 1448
这个教程也是前面《转录组上游分析》系列教程的中内容，我们今天单独的给作为一个章节来推送出来，因为，并不是所有人都是有这个系列教程有需求，可能你只是对某一个章节的内容感兴趣呢？
基因组数据库
07-03
基因组数据库，1.3G，包括图像，数据太大，放在百度网盘，资源内附链接和密码
【教程】如何在ncbi下载基因组序列
weixin_45026226的博客
03-05 1381
③下载genome sequences和annotation features这两个文件（其中fasta文件是此物种全基因组序列，gff是全基因组序列的注释文件）①进入ncbi官网，搜索植物的拉丁名或者英文名。在搜索结果里，点击assembly对应的records number数字。②点击GFF右边的三个小点，在里面选择download refseq。
人类参考基因组
12-21
人类参考基因组 一、人类参考基因组的来源 1、人类基因组计划 1）2001年草图，绘制人类基因组图谱 2、数据库的名称 1）UCSC：hg19，hg38 2）NCBI：GRCH19，GRCH38 二、如何下载参考基因组 在 linux 中下载参考序列数据库： 1. hg38：wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz 2. hg19：wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz # 下载时间会比
日本晴参考基因组
12-11
《日本晴参考基因组：揭示水稻基因奥秘的科学宝典》 日本晴，作为全球最知名的粳稻品种之一，其基因组的研究对于理解水稻生物学特性、遗传育种及作物改良具有重大意义。水稻，这一世界上最重要的粮食作物，其基因组...
科普篇 | 如何查找参考基因组信息
Igenebook的博客
08-22 3015
通常这类文件我们都是需要老师提供对应的下载链接，以便于生信直接利用这个链接去下载数据进而做分析，这样做的目的主要是为了避免公司分析使用的基因组信息不是老师研究的物种（同一物种不同属有不同的基因组）或者研究的版本（基因组版本经常会更新，但是不同版本的注释文件略有差异，尽量不要用来进行联合分析）。由于生信分析需要参考基因组信息，而正确的参考基因组链接对生信进行数据的下载以及后续的分析极为重要，因此，老师提供正确的参考基因组下载链接是很有必要的。网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
入门泛基因组，从发展史到测序和分析（内附泛基因组数据库）
Igenebook的博客
12-25 2309
泛基因组的提出弥补了这一不足，它通过整合多个个体的基因组信息，构建出包含核心基因组（所有个体共有的基因）和可变基因组（部分个体特有的基因）的综合基因组框架，从而揭示种群内的遗传多样性和进化规律。基于泛基因组的优势，可以想见未来泛基因组会成为参考基因组的新标准。基因组包含生物体的全套遗传信息，研究中通常会将一个物种中重要的品系或者最先测出的基因组作为参考基因组，并以此为基础进行个体或群体水平的遗传变异分析。将新增个体（如B）的基因组与参考基因组比对，整合新发现的序列，生成更新后的泛基因组（AB）。
从 NCBI 上下载基因组、cds、pep以及注释文件以大黄鱼为例
Vicbear的博客
10-17 3702
选择genome 后面搜索栏输入该物种拉丁学名。选择download下载基因组。选择下载的基因组及其注释文件。
在NCBI的Genome数据库中下载的全基因组
XIUXIU179的博客
10-17 4799
在筛选后的结果中，浏览你感兴趣的诺卡菌物种或菌株，点击对应的“Assembly”链接，进入详细信息页面。通过这些步骤，你可以成功从NCBI的Genome数据库中下载诺卡菌的全基因组数据并进行分析或其他研究。找到页面上显示的“Download”部分，通常位于页面右上方或者靠近数据表格的地方。你可以根据需要选择下载FASTA格式的全基因组序列或GenBank格式的注释文件。如果你需要下载多个XX的全基因组，可以利用NCBI的批量下载工具（例如。在详细页面中，你可以查看该基因组的组装信息、注释数据等内容。
Ensembl数据库下载参考基因组（植物拟南芥）
wangprince2017
11-20 2万+
Ensembl数据库下载参考基因组 下面以植物拟南芥为例： 1.进入网站：http://plants.ensembl.org/index.html 一些常用的物种列在首页 拟南芥，水稻，玉米等 如果想要得物种不在首页可以点击：View full list of all Ensembl Plants species ；可以得到所有物种的列表； 2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面； 可以看到拟南芥基因组的介绍信息： 3.下载参考基因组：点击Download D
拟南芥数据库
wangprince2017
03-05 781
拟南芥数据库
一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法
热门推荐
Baimoc
06-02 6万+
文章目录一、什么是参考基因组和基因组注释？二、参考基因组版本命名1、常用人参考基因组对应表2、常用小鼠参考基因组对应表三、下载1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes四、其他参考基因组信息 一、什么是参考基因组和基因组注释？ 先来理一理参考基因组，基因组注释文件，测试数据间的关系。 自从 1990 启动的家喻户晓的人类基因组计划开始，全世界的科学家竭尽全力破译了第一个完整的人类基因组，从那时开始人类拿到了一本只有 ATCG 四个碱基书写的天书。后续人们逐步完善了基因
基因ID
liufeichendi的专栏
12-16 2万+
各类基因ID转换基因ID分类 Ensembl的目标是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己的物种和其他脊椎动物和模式生物的基因组而提供集中的资源。Ensembl是几个知名的基因组浏览器之一，用于检索基因组学信息。 相似的数据库和浏览器还被发现在美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）(Entrez
如何从NCBI下载基因组数据
dej0257的博客
11-24 5660
本文关于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据。 已知信息 例如：我从文献里看到作者测了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因组，想从NCBI下载。 原文提供的信息是： This Whole Genome Shotgun project has been deposited at DDBJ/EMBL/ GenBank under the ...
参考基因组下载
Baimoc
11-21 6464
NCBI 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome 选择Genome数据库，输入hg19，点击Search，进入Genome Resources 这里有常用的资源下载，如果是参考基因组下载第一行 Ensemble 网址：http://asia.ensembl.org 有两种进入人参考基因组的方法 下拉菜单中，选择Human 点击右边的Human 点Do...
人类基因组参考基因组
Keep Learning
01-08 6793
人类基因组参考基因组： GRCh38下载地址： ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_genome/ 使用以上数据的有： https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux/blob/master/ggd-recipe
参考基因组和注释文件下载
song_1104的博客
09-29 8724
首先下载猪的参考基因组和注释文件 我是在ensembl上下载的，链接地址ftp://ftp.ensembl.org/pub/ 选择最先版本 参考基因组下载：wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-90/fasta/sus_scrofa/dna/Sus_scrofa.Sscrofa11.1.dna.toplevel.fa.gz 注释文件下载：wget
如何下载生物数据（二）：利用ftp下载参考基因组
xxxie_的博客
08-28 3978
欢迎订阅WX众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑Q群：32798724 前面我们介绍了如何进行生物数据的检索，当得到了数据的下载地址之后，接下来就可以开始下载了，那么下载数据的方式有很多种，最常用的就是使用浏览器进行下载，不过浏览器使用的是http（s）协议，下载速度慢，而且如果突然中断，断点续传也比较麻烦，这次我们介绍更好用的ftp协议下载方式。 FTP下载 FTP 是File Tr...
如何下载猪的参考基因组
最新发布
03-12
### 下载猪的参考基因组 为了获取猪的参考基因组，可以访问多个公共数据库。常用的三大数据库包括NCBI、Ensembl和UCSC[^1]。 #### 使用 NCBI 获取猪的参考基因组 在 NCBI 中查找并下载猪（Sus scrofa）的参考基因...
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