表达谱(DGE)测序与转录组测序的差别

DGE-seq和普通的transcriptomic profiling相比较有什么不同，有什么特点？
DGE就是用酶将mRNA切断，只使用靠近poly A的一小段RNA去测序。
#1 由于不是测定mRNA的全长，DGE的数据量比转录组要小一些；
#2 DGE比转录组价格低一些；
#3 DGE和转录组都可以分析所有基因的表达丰度，并且比较组间基因表达差异；
#4 转录组还可以分析SNP、RNA editing、splicing、gene fusion等；而DGE不适宜做这些分析。

转录组测序和数字表达谱测序相比，主要有如下不同：

第一，测序目标不同。

转录组测序可以测定特定组织中全部 mRNA，而表达谱测序只是测定 mRNA的 36bp标签序列；

第二，代表性不同。

数字表达谱测序只测定 36bp  标签序列，而转录组测序测定转录本全长，因而可以更准确地代表样品转录表达情况；

第三，应用范围不同。

转录组测序应用范围广泛，不仅可以检测表达量差异，而且可以发现新的转录本和可变剪切等。而表达谱测序只能粗略检测表达量差异，不能反映基因转录表达的特点和规律；

第四，参考序列要求不同。

转录组测序不仅可以适用于基因组序列已知的物种，而且也适用于基因组序列未知的物种。而表达谱测序只适用于基因组序列已知的物种。

 

主要是看了一篇文章：

Identification and expression analysis of genes related to calyx persistence in Korla fragrant pear

转录组测序和表达谱测序的区别是什么？

转录组测序和表达谱测序的区别是什么?

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