UMI标签学习【转载】

转自: https://club.1688.com/threadview/50123159.htm

简单介绍一下利用单分子标签(Unique Molecular Identifier,UMI)对残留噪音进行矫正或纠错的原理。

UMI矫正的原理有两个关键点:

第一,以单个DNA分子为测序样本,而不是传统胚系突变检测时所用的样本DNA整体。

第二,通过数量换质量,对标记后的单个DNA分子多次测序(也称为高深度测序),进一步提高单个分子的单碱基准确性。

流程下图所示,先将UMI标签添加至DNA分子(双端添加可用于区分正负链,进一步矫正),然后进行文库富集,这时候,不管是指数还是线性,单个分子都被复制成千万个带有相同标记的分子,然后再进行高通量测序。在测序数据中,通过单分子标记将他们重新聚集在一起统一分析,聚合酶错误和测序错误在高深度测序数据中是零散分布的,统计一致性序列后便得到了矫正后的精确序列,可用于对整个样本中的突变频率进行“绝对定量”。值得一提的是,单个UMI的效率,UMI自身的突变纠错以及不同UMI的均匀性等性能均需要在实际操作中进行优化,但这些都不影响该解决方案的实施。

//关键是通过对很多具有相同umi标签的序列进行 一致性统计,这样才能够确定真实序列信息吧。过滤掉测序错误的或者聚合酶错误的等等。

转载于:https://www.cnblogs.com/BlueBlueSea/p/10295086.html

<think>我们正在回答用户关于UMI框架的学习指南、使用教程和入门文档的问题。根据提供的引用内容,我们可以整合信息并给出一个清晰的指南。引用[1]和引用[2]都介绍了Umi框架的基本情况,它是一个基于React的企业级前端应用框架,提供了丰富的功能和插件,支持快速构建高性能的前端应用。引用[3]则提到了使用umi搭建框架的几种脚手架选项。我们将按照以下步骤组织回答:1.介绍Umi框架及其特点2.快速入门:如何创建一个Umi项目并运行3.核心概念和功能:路由、数据流、插件等4.进阶学习:生态项目、最佳实践5.学习资源推荐同时,我们会在末尾生成相关问题。注意:所有独立公式(如果有的话)需要使用$$...$$,行内数学表达式使用$...$,但本问题涉及前端框架,可能较少使用数学公式。但为了遵循指令,如果出现变量等,我们会使用正确格式。开始回答:</think>### UMI框架学习指南与使用教程 UMI是一个基于React的企业级前端应用框架,提供开箱即用的开发工具和最佳实践,特别适合构建单页面应用(SPA)、多页面应用(MPA)和中后台系统。以下是系统化的学习路径: #### 一、基础入门 1. **环境准备** - 安装Node.js(建议v16+) - 安装包管理工具:`npm install -g yarn` 2. **项目初始化** ```bash # 创建项目目录 mkdir my-umi-app && cd my-umi-app # 使用脚手架初始化(引用[1]) npx umi init # 安装依赖 yarn install # 启动开发服务器 yarn dev ``` 访问`http://localhost:8000`查看效果 3. **核心概念** - **目录结构**(典型示例): ``` ├── config/ # 配置文件 ├── src/ # 源码目录 │ ├── pages/ # 路由组件(约定式路由) │ └── app.tsx # 运行时配置 └── package.json ``` - **约定式路由**:在`src/pages`下创建`index.tsx`即自动映射为首页路由[^2] #### 二、核心功能实践 1. **路由管理** - 动态路由:创建`src/pages/users/$id.tsx`实现`/users/123`路由 - 嵌套路由:通过`_layout.tsx`文件定义布局[^2] 2. **数据流管理** 集成Dva状态管理(引用[1]): ```jsx // models/user.js export default { state: { list: [] }, reducers: { updateList(state, { payload }) { return { ...state, list: payload }; } } } ``` 3. **插件系统**(引用[3]) 在`.umirc.ts`中配置: ```typescript export default { plugins: ['@umijs/plugins/dist/dva'], // 启用Dva插件 dva: { immer: true } // 插件配置 }; ``` #### 三、进阶开发 1. **性能优化** - 动态导入:`() => import('./Component')`实现代码分割 - 静态资源CDN:通过`chainWebpack`配置外部资源 2. **微前端集成** 使用`@umijs/plugin-qiankun`: ```typescript export default { qiankun: { master: { apps: [{ name: 'app1', entry: '//localhost:7001' }] } } }; ``` #### 四、学习资源推荐 1. **官方文档** - 中文文档:[Umi官方文档](https://umijs.org/) - 项目地址:[GitCode镜像](https://gitcode.com/gh_mirrors/um/umi)(引用[1]) 2. **生态工具** - **Umi UI**:可视化页面生成工具 - **Umi Request**:统一请求库(引用[1]) - **Ant Design Pro**:企业级模板(引用[3]) 3. **实战教程** - [Umi框架使用详细教程demo](https://example.com/umi-tutorial)(引用[2]) - 脚手架类型选择:`app`(基础项目)/`ant-design-pro`(中后台模板)/`library`(组件库)(引用[3]) > 提示:调试时可使用`yarn umi debug`查看详细配置解析过程
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