GO富集分析柱状图

最新推荐文章于 2025-07-09 20:47:28 发布

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文章标签：数据库 r语言

原文链接：http://www.cnblogs.com/nnufish/p/9521703.html

本文详细介绍了如何利用R语言进行基因本体（GO）富集分析，并通过实例展示了如何绘制柱状图，展示了从数据获取到结果可视化的全过程。

 1 target_gene_id <- unique(read.delim("miRNA-gene interactions.txt")$EntrezID)
 2 # BiocInstaller::biocLite("clusterProfiler")
 3 # BiocInstaller::biocLite("org.Hs.eg.db")
 4 
 5 display_number = c(15, 10, 15)
 6 ## GO enrichment with clusterProfiler
 7 library(clusterProfiler)
 8 ego_MF <- enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db",
 9              gene = target_gene_id,
10              pvalueCutoff = 0.05,
11              ont = "MF",
12              readable=TRUE)
13 ego_result_MF <- as.data.frame(ego_MF)[1:display_number[1], ]
14 # ego_result_MF <- ego_result_MF[order(ego_result_MF$Count),]
15 
16 ego_CC <- enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db