推荐一个SAM文件或者bam文件中flag含义解释工具

最新推荐文章于 2024-10-13 21:12:05 发布

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原文链接：http://www.cnblogs.com/Formulate0303/p/7844541.html

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#javascript #ViewUI

本文提供了一个实用的HTML脚本工具，用于解析SAM文件中的FLAG字段。通过输入FLAG值即可获得其具体含义，并且支持双向操作，即通过勾选项生成对应的FLAG值。

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf

很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。根据文档介绍我们可以计算，但是为了方便大家，下面给大家提供一个脚本工具，大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了。

该脚本的使用方法如下截图所示：

脚本工具的使用方法：

将下面的代码保存在记事本里面，另存为一个html文件，如文件名：FlagExplain.html（拓展名一定要为.html）。双击既可以在浏览器里面打开了。

 
    01<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=GBK">

    02   <title>Explain SAM Flags</title>

    03   <script type="text/javascript">

    04      lstFlags = [["read paired", 0x1],

    05             ["read mapped in proper pair", 0x2],

    06             ["read unmapped", 0x4],

    07             ["mate unmapped", 0x8],

    08             ["read reverse strand", 0x10],

    09             ["mate reverse strand", 0x20],

    10             ["first in pair", 0x40],

    11             ["second in pair", 0x80],

    12             ["not primary alignment", 0x100],

    13             ["read fails platform/vendor quality checks", 0x200],

    14             ["read is PCR or optical duplicate", 0x400]];

    15 

    16      function explainFlags() {

    17         var flagValue = parseInt(document.getElementById('tb').value); //returns 0 or NaN if can't parse

    18         var summary = "";

    19         for(var i = 0; i < lstFlags.length; i++) {

    20            var checkbox = document.getElementById('cb' + i)

    21            if(lstFlags[i][1] & flagValue) {

    22               summary  += " &nbsp; &nbsp; " + lstFlags[i][0] + "<br>";

    23               checkbox.checked = true;

    24            } else {

    25               checkbox.checked = false;

    26            }

    27         }

    28 

    29         document.getElementById('summary').innerHTML = summary;

    30      }

    31 

    32      function checkboxClicked() {

    33         //compute the new flag value

    34         var newFlagValue = 0;

    35         for(var i = 0; i < lstFlags.length; i++) {

    36            var checkBox = document.getElementById('cb' + i);

    37            if(checkBox.checked) {

    38               newFlagValue |= lstFlags[i][1];

    39            }

    40         }

    41         var textbox = document.getElementById('tb');

    42         textbox.value = newFlagValue;

    43         explainFlags();

    44      }

    45   </script>

    46 

    47   <noscript>This page requires JavaScript. Please enable it in your browser settings.</noscript>

    48</head>

    49<body>

    50 

    51This utility explains SAM flags in plain English. <br>

    52<br>

    53 

    54<form onsubmit="explainFlags(); return false;">

    55Flag: &nbsp;

    56<input id="tb" type="text" size="10"> &nbsp; &nbsp; &nbsp;

    57<input type="submit" value="Explain"><br>

    58<br>

    59Explanation:<br>

    60<script type="text/javascript">

    61for(var i = 0; i < lstFlags.length; i++) {

    62   document.write("<input type=checkbox name=cb" + i + " id='cb" + i + "' onclick='checkboxClicked();'> &nbsp; " +lstFlags[i][0] + "</input><br>");

    63}

    64</script><input type="checkbox" name="cb0" id="cb0" onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; read paired<br><input type="checkbox" name="cb1" id="cb1"onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; read mapped in proper pair<br><inputtype="checkbox" name="cb2" id="cb2" onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; read unmapped<br><input type="checkbox" name="cb3" id="cb3" onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; mate unmapped<br><input type="checkbox" name="cb4" id="cb4" onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; read reverse strand<br><input type="checkbox" name="cb5" id="cb5" onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; mate reverse strand<br><input type="checkbox" name="cb6" id="cb6" onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; first in pair<br><input type="checkbox" name="cb7" id="cb7" onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; second in pair<br><input type="checkbox" name="cb8" id="cb8"onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; not primary alignment<br><input type="checkbox" name="cb9" id="cb9" onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; read fails platform/vendor quality checks<br><input type="checkbox" name="cb10" id="cb10" onclick="checkboxClicked();"> &nbsp; read is PCR or optical duplicate<br>

    65<br>

    66Summary:<br>

    67<div id="summary">

68</div></form></body></html>
 
参考：https://www.plob.org/article/1697.html