2019/2/20_.bam 与 .sam文件中的flag的含义和统计结果

最新推荐文章于 2024-10-13 11:47:10 发布

super_qun

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分类专栏：生信笔记文章标签： sam flag samtools

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_44452187/article/details/87854926

本文详细解析了SAM文件中的FLAG信息，包括比对结果的各个字段及其含义，如匹配、缺失和剪切等。同时，介绍了如何使用samtools进行flagstat统计，解释了各标志位的二进制表示及其对应的意义，如正链、负链、成对读取状态等。此外，还提到了samtools sort的功能，用于对SAM文件进行排序并生成BAM文件。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

*.sam文件的含义和统计结果

*.sam文件的flag信息

在sam的信息中，有着重要的信息。包括注释信息部分（header section）和比对结果部分（aligment section）。其中注释信息部分以@开头。如图。
在这里插入图片描述

比对结果：

比对结果每行对应一个片段。每列是一个字段。如有片段是如下格式：

D80KHJN1:237:C5HMKACXX:5:1101:1634:1982 147     chr11   2151866 60      100M    =       2151723 -244    ATAGATCAATTGACATGAAATTTGGGGGTTCCTAATTTCTCTATGTAATTCTGCAAGTCTGCTGTCAATCCTCCTGACTTTTCCATCCAAAATCTCCCGG    C@AAA:CD@>ACDDC<DDDDBBDDDFFDFHHGHGHGHGIGIG@88=AIHEGIFCIIHCEF<IGACGGHDGHFIGIGHIJHGFJJHFJHHHFF@DDFFCCC    AS:i:0  XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:100        YS:i:-1 YT:Z:CP NH:i:1