群体结构分析

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#r语言 #人工智能 #java

本文详细介绍了群体结构分析工具Structure的用途、图形解读、计算原理及软件应用，强调了其在确定群体亚群数、基因交流和个体混血程度分析中的优势。通过模拟和贝叶斯算法，Structure能揭示群体分类和血统比例，是研究群体遗传结构的重要工具。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

群体结构图形——structure堆叠图

2016/05/17
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之前基迪奥已经为大家介绍过群体结构两种图形——PCA图和系统发生树，今天我们来介绍最后一种图形——structure堆叠图。

1、structure图的由来


图1 假设群体亚群数等于3（k=3）的情况下的structure分析结果

“Structure图”名词本身来自这种图形的分析软件——STRUCTURE。这个软件是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件，最早在2000年发表在《Genetics》上[1]。


图2 structure惊人的引用次数

Structure软件分析达到的目的其实也很简单——分析群体的结

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2020.10.26【GWAS】丨Admixture群体结构分析detected that all genotypes are missing for a SNP locus解决办法
10-26 3439
群体遗传结构(Structure)指遗传变异在物种或群体中的一种非随机分布。按照地理分布或其他标准可将一个群体分为若干亚群，处于同一亚群内的不同个体亲缘关系较高，而亚群与亚群之间则亲缘关系稍远。群体结构分析有助于理解进化过程，并且可以通过基因型和表型的关联研究确定个体所属的亚群。 一般进行群体分析所使用的软件为STRUCTURE，但是STRUCTURE的运行速度较慢，如今Admixture凭借其高速的运算速度逐渐成为群体遗传结构分析的主流软件。目前市面上看到的官方下载网站已经停止维护，我这里有个低版...
【群体结构】structure结构图绘制
weixin_43840576的博客
06-11 5886
R语言绘制structure图输入文件准备R语言代码 上一篇文章：【群体结构】CLUMPP软件使用 前面讲到利用CLUMPP合并多个K值的结果，这边主要叙述R语言绘制structure图。 代码相对简单，我主要利用R语言的低级函数rect()完成。 输入文件准备 包含四列，第1列名字（也可以去掉），第2-4列为K的成分比例。 R语言代码 导入文件名为plot.clumpp.txt，格式如上。通过循环每一行，将不同的列的值进行绘制方块，达到效果。 plotData<-read.table("plo
admixture软件_使用ADMIXTURE进行群体结构分析
weixin_39888268的博客
11-27 6292
大家好，今天给大家推荐一款群体结构分析软件——AMIXTURE，以前大家经常用STRUCTURE软件进行群体结构分析，但因STRUCTURE运行速度极慢，而被不少研究者所诟病。ADMIXTURE使用与STRUCTURE相同的统计模型，但使用快速数值优化算法计算估计值,因此大大提升其运行速度，逐渐成为群体结构分析的主流软件。接下来，给大家分享一下如何使用这款软件进行分析。第一步：必须是下载...
【群体结构ADMIXTURE之二】监督分群
最新发布
jxm的博客
06-10 910
Admixture通过EM算法一般用于指定亚群分类；或者在不知材料群体结构背景下，通过迭代交叉验证获得error值，取最小error对应的K值为推荐亚群数目。如果我们（百分百确信），那么可以考虑方法，设置标签，提高分群的准确性。基于明确已知亚群的样本集，如已知纯种AA,BB,CC。鉴定未知样本中血统AA,BB,CC占比情况，则需要利用监督分群，提高准确性（参考个体视为训练样本，问题转化为监督学习问题。相反如果所有样本均未知，则依然采用无监督模型。
群体分层软件STRUCTURE使用
njtong的博客
12-10 1555
STRUCTURE软件使用马尔科夫链蒙特卡罗(MCMC)方法进行群体结构分析，在群体遗传学上得到了广泛应用。特别是在全基因组关联研究（GWAS）中，有时需要使用STRUCTURE软件计算获得群体结构数据。由于算法较为复杂，并且伴随几款其它软件使用，使得分析过程有些困难。这里以一个实例介绍软件安装、使用和分析计算过程，最后给出最优分群的Q矩阵。
pythonnet plink_群体遗传结构构建软件--Plink, admixture, phylip, MEGA总结
weixin_39880623的博客
12-11 1081
开始正文之前先了解一下为什么构建群体遗传结构是重要的，并且可以通过哪些方式构建此结构：对于方法1，我们需要使用Plink构建PCA图(1) 首先使用plink将vcf格式文件转换成.bed , .bim , .fam文件, 操作如下：plink --allow-extra-chr -vcf XXX.vcf --make-bed --out filtered_XXX && echo ...
利用SSR分析黄麻基因源的群体结构与亲缘关系
02-21
群体结构分析将这些种质划分为Co和Cc两个主要类群，分别对应长果种和圆果种黄麻。通过进一步细化分析，Co类群又分为Co1和Co2，Cc类群分为Cc1和Cc2，形成了四个亚群。这些亚群的划分有助于更加细致地了解不同黄麻品种...
【全基因组关联分析GWAS专题1】——群体结构
muhamuha2020的博客
10-25 1418
一. GWAS与群体结构 （1）群体遗传结构：群体水平大尺度遗传差异，亚群水平等位基因频率差异，不同祖先来源，个体间亲缘关系，家系等不同的群体结构。 图1 群体结构类型 （2）群体结构对GWAS的影响：GWAS的研究对象包括自然群体、种质资源，半同胞家系，混合家系，MAGIC/NAM家系等。自然群体内性状变异和遗传变异丰富，群体内积累许多重组和突变信息，使用GWAS定位的分辨率大大提高；使用人工设计群体进行GWAS一方面降低群体内分化情况，另一方面避免稀有等位变异的丢失。但是，GWAS分析时也存在困难，每
spss选择主要特征_SPSS统计作图教程：堆积面积图
weixin_42531779的博客
12-30 887
作者：豆沙包；审稿：张耀文1、问题与数据某研究者想探索受教育程度、性别与幸福指数之间的关系，招募了58位研究对象，包括28位男性和30位女性。受教育程度分为3类(高中及以下、大学本科和硕士研究生及以上)。幸福指数采用问卷测量，得分在0-100之间分布，分数越高，幸福指数越强。最终收集了研究对象的幸福指数(Index)、性别(gender)和受教育程度(education)等变量信息，部分...
数据可视化之堆叠柱状图带你了解宠物数据
迪赛智慧数的博客
07-19 1678
90后、95后已成为萌宠内容的观看者，实际宠物主的主要构成，他们的强消费力也使他们成为宠物经济的主力军。年龄上，有八成为80后和90后；不同颜色的色块过多，在堆叠的情况下，色块构成的柱子各部分不处于同一水平线上，相互错落，很难比较大小（尤其是在数值大小比较接近的时候）。它可以形象得展示一个大分类包含的每个小分类的数据，以及各个小分类的占比，显示的是单个项目与整体之间的关系。如下图，堆叠数据不多，简单的数据堆叠不会让堆叠柱状图变得复杂，还增强了它的可读性，普通人群和高消费人群的不同看法，一目了然。...
使用admixture进行群体结构分析
weixin_50494137的博客
06-09 3233
使用admixture进行群体结构分析
群体进化，群体结构分析之STRUCTURE分析三款软件比较
点滴生信的博客
05-16 6177
STRUCTURE分析三款软件比较 三篇高引用文章 2005-STRUCTURE【1】 把选k值写的很清楚 2020/5/16 引用13119 这篇文章发表的时候二代测序还没兴起，ssr等的标记数量有限，计算机的性能也有限，是一个即有windows版又有linux版的软件 因为其开发时的应用场景，这个软件在几千以内的标记时运行还是可以接受的，但是现在动辄几百万标记的全基因组重测序的动植物数据来说，时间消耗是非常巨大的 这篇文章的正文详细讨论了最优k值的选择的问题，感觉这个还是很有用的 最优
群体结构分析软件Structure使用步骤
rainforestist的博客
03-05 4950
1. 打开新建项目project 2. 加载数据文件，设置格式 3. 设置 4. 新建参数 5. 运行项目，设置K值和重复次数
群体结构分析软件admixture安装及使用经验
rainforestist的博客
03-05 1万+
1. 软件下载及安装admixture： 使用conda进行软件安装 conda installadmixture 2. VCF文件格式转换为bed格式文件（似乎admixture 可以直接识别ped/map文件格式的输入文件） vcf文件转为ped文件： 方法1： 使用vcftools支持将vcf文件转换成plink对应的ped/map格式，如下 vcftools --vcf input.vcf --plink --out output 方法2： plink支持直接读取vcf文件..
DNA 19. SCI 文章用于群体结构分析(admixture）
weixin_41368414的博客
12-06 1207
简 介群体分层长期以来被认为是遗传关联研究中的一个混淆因素。根据多基因座基因型数据估算的祖先可用于对种群分层进行统计校正。一种流行的估算祖先的技术是基于模型的方法，它体现在广泛应用的程序结构中。在程序 EIGENSTRAT 中实现的另一种方法依赖于主成分分析，而不是基于模型的估计，并且不直接提供混合物分数。EIGENSTRAT 已获得的普及，部分原因是由于其显著的速度相比结构。我们提出了一种...
群体遗传学---admixture软件快速群体分群
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zhu_si_tao的博客
08-22 1万+
群体遗传学中测的很多个个体，得到了最终的SNP vcf文件，需要将其分成群体，看那几个物种聚在一起，一般使用的软件就是STRUCTURE，但是STREUTURE运行速度极慢，后面frappe软件提升了速度，但是也不是很快；admixture凭借其运算速度，成为了主流的分析软件。 admixture 软件一共分为5步： # step 1 /USER/zhusitao/Software/vcft
群体遗传结构的分析并绘图
2301_78630677的博客
07-28 6605
之前得到了经过SNP过滤后的vcf文件，本文就使用该文件进行后续的群体遗传结构分析之前的博文：SNP过滤本文记录了一下群体遗传结构的分析并绘图过程中所做的笔记。主要使用了admixture软件进行了群体遗传结构分析；使用了pophelper包和TBtools软件进行了遗传结构堆积柱状图的绘制；使用了mapmixture包进行了遗传结构的地图分布，同时其也可用于前面的堆积柱状图的绘制。差不多就这些（遇到的主要难题还是前面pophelper包的安装，因为版本兼容等问题，花费了些许时间）。。。
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