GetOrganelle是由金建军和郁文彬开发的质体组装软件，专注于细胞器基因组组装。它涉及种子序列获取、reads延伸、组装图形构建、过滤及细胞器组分识别等步骤。用户可通过conda安装，下载参考序列库，并使用不同命令组装不同细胞器的基因组。完成组装的文件标记为'complete'表示成功成环。
GetOrganelle
https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle
GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，论文发表在Genome Biology。
GetOrganelle的核心流程包括：
1）通过“种子”序列获得部分目标相关reads；
2）延伸reads获得所有目标相关reads；
3）对reads进行从头组装得到组装图形；
4）过滤组装图形；
5）识别细胞器组分并自动导出所有可能的细胞器基因组结构。
安装
1.使用conda安装，先创建一个环境。
conda create -n getorganelle
2.激活环境，并安装软件。
conda activate getorganelle
conda install getorganelle
3.安装完成后，需要下载参考序列库。
get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt
可以通过查看帮助文档来查询软件具体参数的用法。
-1 双端测序的R1
-2 双端测序的R2
-o 结果文件
-F 数据库
-s 参考序列
-t 线程数
-R 最大的一个扩充循环的数，一般默认15
-k kmer的一个参数
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