在线作图|如何实现染色体标记

本文介绍了TUTUCLOUD网站提供的在线染色体标记工具,用于基因定位分析。用户可以通过简单的步骤上传.txt或.csv文件,设置图片尺寸,并下载PDF格式的矢量图进行后期编辑。该平台适用于遗传学研究中的染色体标记。

​染色体标记

基因定位是遗传学研究中的重要环节,染色体的标记是基因定位分析中重要的组成部分。TUTUCLOUD网站提供在线标记染色体的工具,可直观地表达某个或多个染色体中所含的基因名称以及基因所在的位置。
在这里插入图片描述

TUTU云工具使用

小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图(www.cloudtutu.com,免费的哦~),操作步骤如下:
①登录网址:www.cloudtutu.com(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录;
③登录后在工具一栏里找到染色体标记,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。

Step 1 上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据);
b)表格需要带表头和列名,每一行为染色体名称,每一列为各项指标名,如基因ID、SNV、长度、位置等等;
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
在这里插入图片描述

Step 2 设置参数

2.1 图片宽度:按需求自行设置
2.2 图片高度:按需求自行设置

在 R 语言中进行染色体定位分析可以有多种应用场景,以下结合引用内容介绍相关方法和工具: ### 从染色体位置注释基因名称和 TSS 位置 对于 GEO 中的甲基化数据,若只有染色体位置信息(染色体编号、起始位置、终止位置),需要注释出基因名称和相对 TSS 转录起始位点的上游和下游位置信息。以 GSE134052 甲基化数据集为例,可使用 GEO 的自动化下载处理模块进行数据下载,之后对数据进行整理清洗,进而完成注释工作 [^1]。不过引用中未给出具体代码,在实际操作中可能会使用到 `biomaRt` 等工具包,示例代码如下: ```R # 安装并加载 biomaRt 包 if (!requireNamespace("biomaRt", quietly = TRUE)) { install.packages("biomaRt") } library(biomaRt) # 选择数据集 ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") # 假设 data 是包含染色体位置信息的数据框,有 chr、start、end 列 genes <- getBM(attributes = c("external_gene_name", "transcription_start_site"), filters = c("chromosome_name", "start", "end"), values = list(data$chr, data$start, data$end), mart = ensembl) ``` ### 搜索哨兵 SNPs 范围内的性状基因 使用 `xQTLanalyze_getTraits` 函数可以搜索哨兵 SNPs 1Mb 范围内(默认值,可通过参数 `detectRange` 更改)的每个基因。示例代码如下 [^2]: ```R # 假设 sentinelSnpDF 是包含哨兵 SNPs 信息的数据框,tissueSiteDetail 是组织位点详细信息 traitsAll <- xQTLanalyze_getTraits(sentinelSnpDF, detectRange = 1e6, tissueSiteDetail = tissueSiteDetail) ``` ### 单倍型分析相关 单倍型分析在染色体定位分析中也有重要作用,其可以进行单倍型推断、连锁不平衡分析、单倍型多样性评估以及可视化等。虽然引用中未提及 R 语言相关代码,但在 R 中可以使用 `haplo.stats` 等工具包进行单倍型分析,示例代码如下 [^3]: ```R # 安装并加载 haplo.stats 包 if (!requireNamespace("haplo.stats", quietly = TRUE)) { install.packages("haplo.stats") } library(haplo.stats) # 假设 data 是基因型数据 haps <- haplo.em(data) ``` ### 在线作图实现染色体标记 虽然引用中关于在线作图的内容未涉及 R 语言代码,但在 R 中可以使用 `ggplot2` 等工具包进行染色体标记的可视化。示例代码如下 [^4]: ```R # 安装并加载 ggplot2 包 if (!requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)) { install.packages("ggplot2") } library(ggplot2) # 假设 data 是包含染色体信息的数据框,有 chr、position、value 列 ggplot(data, aes(x = position, y = value, color = chr)) + geom_point() + labs(x = "Position", y = "Value", title = "Chromosome Marking") ```
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值