Mapchart 绘制基因在染色体上的分布图

最新推荐文章于 2025-09-10 11:20:04 发布
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#生物信息

本文介绍如何使用文本编辑器创建特定格式的文本文件，该文件用于记录基因组信息，之后利用MapChart软件将其转换为可视化的图谱，并通过Adobe Illustrator进行最终编辑。

编辑一个txt文本文件，如实如下

group Chr01
start 0
Glyma.01G014700 1.427800
c 47.200000
Glyma.01G219800 54.913356
end 56.831624

group Chr02
start 0
Glyma.02G144300 14.884017
c 38.100000
end 48.577505

保存为.txt文件，然后用mapchart打开，保存为.emf文件

然后用AI打开file.emf ，得图，完毕！

使用MG2C绘制基因染色体位置图
沉香best的博客
03-28 2375
MG2C（MapGene2Chrom）是由中国农业科学院烟草研究所烟草功能基因组创新团队开发的一款遗传图谱在线画图工具。这个工具旨在简化遗传图谱的绘制过程，使得科研人员无需编程基础也能轻松创建展示分子标记在染色体或基因组上相对位置的图谱。MG2C提供了一个用户友好的界面，用户只需根据提供的EXCEL数据模板准备相关信息，如基因位置、染色体长度等，然后将这些数据复制到MG2C的文本框中，点击“DRAW”按钮即可生成结果。此外，MG2C支持多种文件格式下载，包括JPG、PNG、TIFF和SVG等。
基因在染色体上位置的表示
格物穷理
11-29 1万+
先指定该基因在哪条染色体上（1-22，X，Y），二十三条染色体形态找到图如下： 然后指定在哪条臂上（每条染色体根据着丝点被分成长臂(q)和短臂（P）） 如上图，每条染色体都有长臂和短臂（尽管有些看起来长的和短的眼看上去很接近），我们就拿1号染色体来具体看下吧。 基因在长臂或短臂上的位置。 用各种染色体显带技术，使染色体沿其长轴显示出明暗或深浅相间的带纹，而每一号染色体都有其独特的带纹，这就构成了每条染色体的带型（band）。 每条显带染色体根据ISCN规定的界标（landma..
R语言ggplot2画图——将目标区间/位点/基因画到染色体上
sheepyulu的博客
04-09 1826
qtl_2.txt——目标区间文件，包含（染色体，起始位置，结束位置，以及与chr_length_2.txt相同的横坐标位置--chr_length_2.txt的横坐标位置在chr$x
Mendeley文献管理工具快速上手指南
weixin_42311427的博客
09-10 1221
Mendeley是一款集文献管理、阅读、标注与共享于一体的科研工具，广泛应用于学术研究、论文撰写和知识整理领域。其核心功能涵盖文献导入、信息提取、分类整理等多个维度，支持从PDF文件中自动识别标题、作者、期刊等元数据，并提供强大的标签与文件夹管理系统，帮助用户高效组织文献资源。此外，Mendeley支持云端同步与跨平台使用，确保科研资料在不同设备间无缝流转，为研究人员提供一站式的知识管理解决方案。
绘制遗传图谱工具——MapChart
Emotion_drunk的博客
03-02 8355
计算遗传距离可以使用Joinmap，但是该软件绘制的连锁图不太个性化，因此我们使用joinmap计算出遗传距离后可以使用MapChart绘制连锁图。
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将群体的遗传图谱构建完成之后，我们得到的是一个excel文件，一堆数据，那么在做工作汇报或者发表文章的时候，我们必须要将数据进行可视化，最传统的方法当然是使用mapchart，我一直也是使用mapchart，其将遗传图谱可视化的效果图如下： 作为一个极度老牌的可视化软件，mapchart的弊端现在已经很明显了。在十几年前，一个群体的分子标记还很少，往往很普遍的情况是只有几百个SSR标记，而现...
World map chart
weixin_34123613的博客
09-26 202
首先必须声明此图的数据是我虚构的，毫无参考意义，重点在于呈现的效果。这种图在很多大公司都会频频使用，主要是反映世界各地的销售情况、销售门店位置分布以及市场覆盖率的情况。这些图一般都会用特别的软件来制作，制作过程也会相对简单，而现在用Excel去制作的话，在Excel2003版本中拉出每个bubble的位置，然后复制根据拉出bubble的x轴和y轴的数据或者是整个图到Excel...
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04-28 3529
今天需要画一个图，把筛选到的SNP画到染色体上，可惜在网上逛了一圈一直找不到心仪的r包，只好自己动手了。首先需要一个关于染色体总长的文件，类似下图，具体怎么获得大家可以各显神通，这边推荐用tbtools。这里用到了ggchicklet这个包，主要是想要让染色体边缘变成圆角的，具体看参考。我非常满意，大功告成！
Mapchart2.2
04-05
生物，连锁群，QTL作图，很好，2.2版本，
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03-01
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用R画出染色体修饰图谱--超详细版本
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用R画出染色体修饰图谱—染色体之间的物理长度之比不变 准备数据 1.染色体长度信息文件 全基因组文件建立index时可获取 2.将染色体以1Mb 滑动划分区间 bedtools makewindows -g genome.txt -w 1000000 > genome_windows_1Mb.bed 计算深度 1.准备mapping之后的bam文件 2.按照染色体位置进行排序 samtools sort wheat.bam > wheat.sorted.bam 3.排序后的bam文件建立In
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02-16
gmap 用于可视化遗传图谱的R包。 安装 开发版 到目前为止，gmap仅在GitHub上可用，因为它仍处于开发阶段。 # use devtools to install the development version devtools :: install_github( " mschemmel/gmap " ) 用法 # load package library( gmap ) # import genetic map linmap <- read.map( " inst/extdata/map.txt " ) # plot genetic map with requested linkage groups # store IDs of linkage groups linkagegroup <- c( " lg0 " , " lg1 " , " lg2 " , " lg3 " ,
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芸薹种SSR和UGMS标记遗传连锁图谱的构建，王哲，韩新丽，本研究以芸薹种大白菜亚种多国芸薹属AA基因组测序计划(The Multinational B rassica Genome Project, MBGP)模式植物'Chiifu'为父本，以小白菜亚种高代
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在线画图工具_画最美染色体，就要用这个新工具 | 今天被CRAN接收
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