R语言绘制三元相图

使用R语言创建三元相图指南
本文介绍如何利用R语言的vcd包来绘制三元相图。通过示例文件和Arthritis数据集,详细展示了绘图的步骤,帮助读者理解并实践这种数据可视化方法。

vcd包绘制三元相图

【示例文件】
在这里插入图片描述

#install.packages("vcd")
library(vcd)

data = read.table("new_otu_table.txt",head=T,sep="\t",comment.char = "")
data1=head(data,n=20)
c=data1[c("A5","A7","B1")]
d<-as.matrix(c
您可以使用R语言中的`plotrix`绘制三元相图和95%置信椭圆。首先,您需要安装并加载`plotrix`: ```R # 安装 plotrix install.packages("plotrix") # 加载 plotrix library(plotrix) ``` 接下来,您可以使用`tern.plot`函数绘制三元相图。该函数需要提供三个变量的值,以及每个变量的标签。例如,假设您有三个变量分别为x、y和z,并且它们的值存储在一个数据框中: ```R # 创建一个含x、y和z变量的数据框 data <- data.frame(x = c(0.3, 0.5, 0.2), y = c(0.4, 0.2, 0.4), z = c(0.3, 0.3, 0.4)) # 绘制三元相图 tern.plot(data$x, data$y, data$z, xlab = "x", ylab = "y", zlab = "z") ``` 为了添加95%置信椭圆,您可以使用`draw.ellipse`函数。该函数需要提供椭圆的中心坐标和两个半轴的长度。例如,假设您要添加一个中心坐标为(0.5, 0.5)和半轴长度为0.2、0.1的置信椭圆: ```R # 添加95%置信椭圆 draw.ellipse(x = 0.5, y = 0.5, a = 0.2, b = 0.1, col = "red") ``` 完整的代码如下: ```R # 安装 plotrix install.packages("plotrix") # 加载 plotrix library(plotrix) # 创建一个含x、y和z变量的数据框 data <- data.frame(x = c(0.3, 0.5, 0.2), y = c(0.4, 0.2, 0.4), z = c(0.3, 0.3, 0.4)) # 绘制三元相图 tern.plot(data$x, data$y, data$z, xlab = "x", ylab = "y", zlab = "z") # 添加95%置信椭圆 draw.ellipse(x = 0.5, y = 0.5, a = 0.2, b = 0.1, col = "red") ``` 这样,您就可以使用R语言绘制三元相图和95%置信椭圆了。请根据您的实际数据进行相应的调整。
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