丰度等级曲线(Rank abundance curve)在群落分析中,可以直接反应群落中高丰度和稀有ASV/OTU的数量,该曲线将每个样品的按其丰度大小延横坐标依次排列,并以各自的丰度值为纵坐标,用折线或曲线将各asv/otu互相连接,从而反应各样本中ASV/OTU丰度的分布规律。
该曲线使用R脚本绘制起来也比较简单,调用ggplot2包即可绘,具体代码如下:
1.调用BiodiversityR、ggplot2包,读取OTU物种丰度表,做好统计排序,并将样本中的OTU丰度转化为相对丰度;
library(BiodiversityR) #BiodiversityR 包 rankabundance() 实现 OTU 排序
library(ggplot2) #作图
otu <- read.delim('feature-table_taxonomy.txt', row.names = 1, sep = '\t', stringsAsFactors = FALSE, check.names