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原创《Python入门经典以解决计算问题为导向的Python编程实践》练习答案

弃坑很久，因为有人在后台问我要资源，我就想起其实后来的练习题基本都写了代码，所以我打包成zip文件上传到网盘，有需要的童鞋可以下载。（名称为中文的zip文件）【注意：代码都是基于python2编写】因为年代太久远了，有问题或者错误请留言，欢迎讨论！~https://pan.baidu.com/s/1C_u-5Guxw-qAeYgwoWao3g提取码：u1s1谢谢支持！...

2020-08-21 09:15:50 509 1

原创 [文献解读#4] 肿瘤抗原与肠道噬菌体之间的免疫交叉反应

微生物文献解读：问题串联文章思路，快速看懂正文主图。Cross-reactivity between tumor MHC class I–restricted antigens and an enterococcal bacteriophage杂志：Science [41.845]发表时间：21 August 2020第一单位：Gustave Roussy Cancer Campus (GRCC), Villejuif, France第一作者：Aurélie Fluckiger通讯作者：Gui

2020-10-30 16:31:14 2119 1

原创 [文献解读#3] 一种反向生态学方法：用基因流定义微生物种群

微生物文献解读：问题串联文章思路，快速看懂正文主图。A Reverse Ecology Approach Based on a Biological Definition of Microbial Populations杂志：Cell [38.637]发表时间：8 August 2019第一单位：Department of Civil and Environmental Engineering, Massachusetts Institute of Technology第一作者：Philip A

2020-10-03 15:30:30 1458

原创 [文献解读#2] MetaCHIP检测菌群中的横向转移基因

微生物文献解读：用问题形式串联文章主要思路及其结论，快速看懂正文主图。MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through the combination of best-match and phylogenetic approaches杂志：Microbiome [11.607]发表时间：4 March 2019第一单位：Centre for Marine Bio-Innovation, Univers

2020-09-15 16:21:31 2463

转载 Mantel test: 两个矩阵相关关系的检验

转载 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b678be40100o464.htmlMantel test 是对两个矩阵相关关系的检验，由Nathan Mantel在1976年提出。之所以抛开相关系数发展这样一种方法，是因为相关系数只能处理两列数据之间的相关性，而在面对两个矩阵之间的相关性时就束手无策。Mantel检验专治这种不服。这种方法多用于生态学上，不同的样本case对应不同的变量，而不同的变量可以分属不同的类别，对case有不同角度的刻画。如基于不同植物种类数量可以建立

2020-09-05 17:25:03 11446 3

原创 [文献解读#1] 可移动遗传元件助力细菌适应性进化

微生物文献解读：用问题形式串联文章主要思路及其结论，快速看懂正文主图。A Bioinformatic Analysis of Integrative Mobile Genetic Elements Highlights Their Role in Bacterial Adaptation杂志：Cell Host & Microbe [15.923]发表时间：8 January 2020第一单位：Department of Genetics, Stanford University第一作

2020-08-27 16:16:43 4238

转载 MACS软件中peak-calling算法简介

转载：https://www.plob.org/article/7227.html本文将以MACS为例，介绍ChIP-seq数据的处理流程。为节省篇幅，本文略去测序数据预处理、mapping reads等步骤，直接从peak-calling开始讲起。一、首先粗略地介绍一下MACS的基本原理。TF在基因组上的结合其实是一个随机过程，基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF，只是概率不一样，说白了，peak出现的位置，是TF结合的热点，而peak-calling就是为了找到这些热点。如何定义热点

2020-08-26 17:04:11 3866

原创 Windows 安装Torch7，三步就搞定了。。。

参考这个 https://github.com/hiili/WindowsTorch这是个神人啊，把相关包和路径都打包好了，保证你windows命令行可以用git就行：1. 打开windows cmd窗口输入> git clone https://github.com/hiili/WindowsTorch.gits C:\torch如果你不想安装在C盘，下面有更改的地方2...

2020-02-14 17:22:34 3047 16

原创 Windows10下anaconda成功运行Cython

前提：已安装了anaconda1. 下载mingw2. 安装gcc-mingw-4.3.3-setup.exe，https://github.com/develersrl/gccwinbinaries/releases【上面两步我都做了，其实也不知道有没有用因为我极度怀疑4步骤才是精华，但是mingw对其他语言lua等也作用很大还是安装了。做了步骤2就貌似不用做1，因为2也会安装1】并且将...

2020-02-13 22:33:20 1680

原创能够根据word里的文献列表把Endnote中对应文章重新插入的方法

这个博客荒废了很久，从当时刚进课题组到现在博都毕业了，读这几年书老以自己忙为借口，今天才又提笔。最近新型冠状肺炎很严重，在家没事就干活，最近遇到一个问题，写程序解决了。就在这里记录一下。最近在投文章，但是你懂的，插入了Endnote格式以后，等到最终定稿，你把带有Endnote链接的格式转换成plain text格式（也就是不会链接到Endnote的格式，即无法用Endnote修改了成为纯w...

2020-02-09 21:16:33 7326

原创写一个教训

程序稍微长了，就有一些小错误

2014-10-17 21:44:54 711

原创安装Cython及测试

为了提高代码的速度，在已有算法

2014-04-29 19:31:00 8533

原创《Python入门经典以解决计算问题为导向的Python编程实践》Lesson2

5+3>9-2就是8>7,python是先计算后比较其他算术运算先于布尔运算符执行Python支持这样的比较：aInt = 50while booleanExpression: #suite 1#else: #suite2当while循环布尔表达式为假时，进入else语句。注意：while内部的break跳出循环也会跳过else语句。

2014-03-15 00:41:13 2807

转载 Python——maketrans和translate方法

maketrans和translate是密切相关的两个方法，先看translate的说明 S.translate(table [,deletechars]) -> string Return a copy of the string S, where all characters occurring in the optional argumen

2014-03-09 17:05:19 891

转载 python学习之pyquery学习安装教程

setuptools绝对是个好东西，它可以自动的安装模块，只需要你提供给它一个模块名字就可以了，并且自动帮你解决模块的依赖问题。一般情况下用setuptools给安装的模块会自动放到一个后缀是.egg的目录里，下面看看怎么用setuptools。首先，需要安装setuptools这个东西，安装它很简单，先去下载一个脚本：　http://peak.telecommunity.com/di

2014-02-23 00:32:45 2711

原创《Python入门经典以解决计算问题为导向的Python编程实践》Lesson1

math.hypot()的参数为两个数字(x,y)，返回x与y的欧氏距离。习题 11.什么是程序？程序应该是具有可读性的短文，它将在计算机上执行，从而解决某些问题。2.Python是一种解释型语言。“解释”在上下文中是什么意思？百度百科：计算机不能直接理解高级语言，只能直接理解机器语言，所以必须要把高级语言翻译成机器语言，计算机才能执行高级语言编写的程序

2014-02-22 22:44:30 4186

转载 urllib2.urlopen超时未设置导致程序卡死

没有设置timeout参数，结果在网络环境不好的情况下，时常出现read()方法没有任何反应的问题，程序卡死在read()方法里，搞了大半天，才找到问题，给urlopen加上timeout就ok了，设置了timeout之后超时之后read超时的时候会抛出socket.timeout异常，想要程序稳定，还需要给urlopen加上异常处理，再加上出现异常重试，程序就完美了。import urlli

2014-02-12 15:59:14 1511

转载 python的条件（三元）运算符——实现b? x: y

三元运算符是C/C++/C#一系语言所特有的一类运算符，例如：[python] view plaincopyb? x: y 对表达式b? x: y，先计算条件b，然后进行判断，如果b的值为true，则计算并返回x的值，否则计算并返回y的值。在Python中，提供了专门的逻辑分支表达式来模拟C系中的三元运算，我们也可以在一行语句中完成三元运算。

2014-02-12 15:55:59 1216

转载 Python 判断变量的数据类型

原网址：http://blog.youkuaiyun.com/gukesdo/article/details/7064868import typesaaa = 0print type(aaa)if type(aaa) is types.IntType: print "the type of aaa is int"if isinstance(aaa,int):

2014-02-11 13:46:25 1128