tsubasayyy的专栏

微生物文献解读：问题串联文章思路，快速看懂正文主图。Cross-reactivity between tumor MHC class I–restricted antigens and an enterococcal bacteriophage杂志：Science [41.845]发表时间：21 August 2020第一单位：Gustave Roussy Cancer Campus (GRCC), Villejuif, France第一作者：Aurélie Fluckiger通讯作者：Gui

微生物文献解读：问题串联文章思路，快速看懂正文主图。A Reverse Ecology Approach Based on a Biological Definition of Microbial Populations杂志：Cell [38.637]发表时间：8 August 2019第一单位：Department of Civil and Environmental Engineering, Massachusetts Institute of Technology第一作者：Philip A

微生物文献解读：用问题形式串联文章主要思路及其结论，快速看懂正文主图。MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through the combination of best-match and phylogenetic approaches杂志：Microbiome [11.607]发表时间：4 March 2019第一单位：Centre for Marine Bio-Innovation, Univers

转载 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b678be40100o464.htmlMantel test 是对两个矩阵相关关系的检验，由Nathan Mantel在1976年提出。之所以抛开相关系数发展这样一种方法，是因为相关系数只能处理两列数据之间的相关性，而在面对两个矩阵之间的相关性时就束手无策。Mantel检验专治这种不服。这种方法多用于生态学上，不同的样本case对应不同的变量，而不同的变量可以分属不同的类别，对case有不同角度的刻画。如基于不同植物种类数量可以建立

微生物文献解读：用问题形式串联文章主要思路及其结论，快速看懂正文主图。A Bioinformatic Analysis of Integrative Mobile Genetic Elements Highlights Their Role in Bacterial Adaptation杂志：Cell Host & Microbe [15.923]发表时间：8 January 2020第一单位：Department of Genetics, Stanford University第一作

转载：https://www.plob.org/article/7227.html本文将以MACS为例，介绍ChIP-seq数据的处理流程。为节省篇幅，本文略去测序数据预处理、mapping reads等步骤，直接从peak-calling开始讲起。一、首先粗略地介绍一下MACS的基本原理。TF在基因组上的结合其实是一个随机过程，基因组的每个位置其实都有机会结合某个TF，只是概率不一样，说白了，peak出现的位置，是TF结合的热点，而peak-calling就是为了找到这些热点。如何定义热点