41、蛋白质与DNA搜索的BLAST技术详解

tech5

于 2025-11-19 11:11:23 发布

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分类专栏：数学与生命的交响文章标签： BLAST PAM250矩阵评分矩阵

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蛋白质与DNA搜索的BLAST技术详解

1. 评分矩阵与PAM250矩阵

在生物信息学中，评估残基差异时，每个差异都可以用相同的方式评分。若将这些差异视为相互独立的概率，可通过相乘来组合它们，但相加单个得分会更方便。从数学角度看，数字相乘等同于其对数相加（再对结果取指数）。最终，评分矩阵是几率矩阵的逐元素对数（每个元素可能会乘以一个常数因子，使值保持在1左右，由于得分用于比较，该因子并非关键，之后也无需取指数），这种对数几率矩阵就是最终结果。

以下是PAM 250评分矩阵：
| | A | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | P | Q | R | S | T | V | W | Y |
| — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — | — |
| A | 13 | 5 | 9 | 9 | 4 | 12 | 6 | 8 | 7 | 6 | 7 | 9 | 11 | 8 | 6 | 11 | 11 | 9 | 2 | 4 |
| C | 2 | 52 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 3 | 2 | 2 | 1 | 4 |
| D | 5 | 1 | 11 | 10 | 1 | 5 | 6 | 3 | 5 | 2 | 3 | 8 | 4 | 7 | 4 | 5 | 5 | 3 | 1 | 2 |
| E | 5 | 1 | 11 | 12 | 1 | 5 | 6 | 3 | 5 | 2 | 3 | 7 |