ubuntu blast

装过很多次的wwwblast,每次都会花些时间,这次给BCAM配置的时候也不例外。


sudo apt-get install libapache2-mod-perl2


1.配置好服务器

2.我的 /etc/apache2/sites-available/default

<VirtualHost *:80>
    ServerAdmin webmaster@localhost

    DocumentRoot /var/www
    <Directory />
        Options FollowSymLinks
        AllowOverride None
    </Directory>
    <Directory /var/www/>
        Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
        AllowOverride None
        Order allow,deny
        allow from all
    </Directory>

    ScriptAlias /cgi-bin/ /var/www/cgi-bin/
    <Directory "/var/www/cgi-bin">
        Options ExecCGI
                AddHandler cgi-script .cgi .pl .py .REAL
    </Directory>

    ErrorLog /var/log/apache2/error.log

    # Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
    # alert, emerg.
    LogLevel warn

    CustomLog /var/log/apache2/access.log combined

    Alias /doc/ "/usr/share/doc/"
    <Directory "/usr/share/doc/">
        Options Indexes MultiViews FollowSymLinks
        AllowOverride None
        Order deny,allow
        Deny from all
        Allow from 127.0.0.0/255.0.0.0 ::1/128
    </Directory>

</VirtualHost>

3.报错Premature end of script headers: blast_results.gif, referer: http://localhost/cgi-bin/blast/blast.cgi

4. 安装csh(apt-get install csh)后,问题解决。

<think>好的,用户想在Linux环境下学习如何建立BLAST数据库。首先,我需要回忆一下BLAST工具的基本使用流程。记得BLAST需要将输入的FASTA文件转换成特定的数据库格式,通常使用makeblastdb命令。 接下来,我得确认用户是否已经安装BLAST+工具包,因为这是必要的。如果没有安装,可能需要指导他们如何通过包管理器或者从NCBI官网下载安装。不过用户的问题主要集中在建立数据库,所以可能假设他们已经安装好了。 然后,步骤应该是先准备FASTA文件,确保格式正确。然后使用makeblastdb命令,指定输入文件、数据库类型(如nucl代表核酸,prot代表蛋白质),以及输出名称。可能还需要提到一些常用参数,比如-parser段选项或者-logfile日志文件。 用户可能会遇到的问题包括路径错误、文件权限问题或者FASTA格式不正确,需要提醒他们检查这些。另外,生成的文件有哪些,比如.nhr、.nin等,可能需要解释一下。 还要考虑是否需要验证数据库,比如用blastdbcmd查看信息,确保数据库正确建立。这可能是一个后续的步骤,但值得在回答中提到。 最后,生成相关问题的时候,可以包括如何安装BLAST工具、数据库类型的选择、验证方法、更新数据库以及常见错误处理等。这样用户如果有进一步的问题,可以自行参考。 需要确保所有的命令和路径符合Linux环境,使用正确的语法,比如使用反斜杠处理路径中的空格,引用用户提供的例子中的情况。同时,注意使用中文解释清楚每个步骤,避免术语混淆。</think>### 如何在Linux环境下建立BLAST数据库? #### 步骤说明 1. **安装BLAST+工具包** 通过NCBI官网下载或使用包管理器安装。例如在Ubuntu/Debian系统中: ```bash sudo apt-get install ncbi-blast+ ``` 2. **准备输入文件** 将待建库的序列保存为FASTA格式(如`input.fasta`),确保文件无格式错误。核酸序列文件扩展名建议为`.fasta`或`.fa`,蛋白质序列同理。 3. **运行`makeblastdb`命令** 根据序列类型选择参数: - **核酸数据库**:使用`-dbtype nucl` - **蛋白质数据库**:使用`-dbtype prot` ```bash makeblastdb -in input.fasta -dbtype nucl -out mydb -parse_seqids ``` - `-in`:输入文件名 - `-out`:输出数据库名称(默认生成多个扩展名文件,如`.nhr`、`.nin`) - `-parse_seqids`:保留序列ID信息[^1] 4. **验证数据库** 使用`blastdbcmd`检查数据库信息: ```bash blastdbcmd -db mydb -info ``` #### 注意事项 - 若文件路径包含空格或特殊字符,需用引号包裹路径,例如: ```bash makeblastdb -in "/path/with space/input.fasta" -dbtype prot -out "custom db" ``` - 构建大型数据库时,建议通过`-logfile`参数保存日志文件 - 更新数据库时,可使用`-blastdb_version`指定版本兼容性 #### 示例操作 ```bash # 构建核酸数据库 makeblastdb -in viral_genomes.fasta -dbtype nucl -out viral_db -parse_seqids # 查询数据库信息 blastdbcmd -db viral_db -info ```
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