blast安装及简单使用

目录

一、安装blast

1.Ubuntu环境

2.conda环境

二、比对序列

1.创建数据库

2.进行序列比对 

三、总结

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BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的生物信息学工具，用于比对核酸或蛋白质序列，以寻找相似性并推断两个序列之间的进化关系。

BLAST 可以在数据库中搜索序列，查找与查询序列最相似的序列，从而确定两个序列的相似性和进化关系。它通过比对两个序列的碱基或氨基酸组成，寻找相同的区域，并计算匹配度和相似性得分。

一、安装blast

1.Ubuntu环境

# 下载blast

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz

# 解压blast压缩包

tar -xzvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz 

# 测试

./bin/blastp -h

这里就代表安装成功了，但是执行命令就有点麻烦需要用全路径的blastp运行，如果想直接用blastp还需要安装另一个插件：

apt install ncbi-blast+

这样安装成功之后才可以使用blastp命令

2.conda环境

如果你的环境是conda的，那安装blast就很简单了

conda install blast 

一行命令搞定！ 

二、比对序列

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）可以用于比对序列的数据库有很多，其中一些常用的数据库包括：

1. NCBI（National Center for Biotechnology Information）提供的数据库，如：

   • GenBank：包含已发布的核酸序列数据。
   • RefSeq：包含参考序列数据，包括基因组、mRNA 和蛋白质序列。
   • nr（Non-Redundant Protein Sequence Database）：非冗余蛋白质序列数据库。

2. UniProt：包含了各种生物学和生物化学信息的综合性蛋白质数据库。

3. Ensembl：包含了多种物种的基因组数据和注释信息。

4. PDB（Protein Data Bank）：包含了已知蛋白质的三维结构数据。

5. Swiss-Prot：是 UniProt 数据库中的一个子数据库，包含手工注释的高质量蛋白质序列数据。

除了上述数据库之外，还有许多其他公共和专业数据库可供 BLAST 使用，具体选择数据库取决于您的研究目的和需要比对的序列类型。在使用 BLAST 进行序列比对时，选择合适的数据库可以提高比对结果的准确性和可靠性。

1.创建数据库

# 运行这个命令创建数据库

makeblastdb -in 数据库.fa -dbtype prot

2.进行序列比对 

blastp -query 自己的序列文件 -db 数据库.fa -out 输出的序列比对文件名.blast.out 

三、总结

BLAST 常用于以下领域：

1. 生物学研究：BLAST 可以帮助生物学家比对 DNA 或蛋白质序列，以研究生物进化和系统发育等问题。

2. 基因组学研究：BLAST 可以帮助研究人员在基因组数据库中搜索和比对基因序列，以研究基因功能和基因组结构等问题。

3. 药物研究：BLAST 可以帮助药物研究人员比对蛋白质序列，以寻找靶标蛋白并设计药物分子。

总之，BLAST 是一个非常有用的生物信息学工具，可以帮助生物学家、基因组学研究人员和药物研究人员等快速比对序列并进行分析。