Python脚本提取氨基酸序列的因子复杂度

最新推荐文章于 2022-09-19 12:15:00 发布

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最新推荐文章于 2022-09-19 12:15:00 发布 · 1.3k 阅读

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这篇博客介绍了一个Python脚本，该脚本用于从给定的氨基酸序列中提取特定模式，例如'INPVQQQNQIGYPQPYGQWGQWYGNAQQIGQYMPNGWQVPAYGMYGQAWNQQGFNQTQSSAPWMGPNYGVQPPQGQNGSMLPNQPSGYRVAGYETQ'。脚本实现了对序列的分析，揭示了其内部的结构和可能的复杂性。

定义函数如下：

def fac_cpx(w):
        keep_str = []
        for j in range(len(w)+1):
                for i in range(len(w)-j+1):
                        keep_str.append(w[i:i+j])
        keep_str = list(filter(None,keep_str))
        keep_str_set = set(keep_str)
        keep_str_sorted = sorted(keep_str_set,key = lambda i:len(i),reverse=False)
        keep_num = []
        for i in range(1,len(w)+1):
                temporary_list =[]
                for j in range(len(keep_str_sorted)):
                        if len(keep_str_sorted[j]) == i:
                                temporary_list.append(keep_str_sorted[j])
                keep_num.append(temporary_list)
        fac_num = []
        for i in range(len(keep_num)):
                fac_num.append(len(keep_num[i]))
        return fac_num

“INPVQQQNQIGYPQPYGQWGQWYGNAQQIGQYMPNGWQVPAYGMYGQAWNQQGFNQTQSSAPWMGPNYGVQPPQGQNGSMLPNQPSGYRVAGYETQ”为例，得到结果如下：