聚类评价指标S_Dbw及其python实现

介绍

最近看了一篇文章,Yanchi Liu等人比较了各个聚类评价指标(例如??, ?, ??, ??以及S_Dbw等等),在一些有着不同挑战的数据集上(例如有噪声,密度不均,某几类挨得比较近等等问题),比较了几种评价指标选择不同聚类算法中超参的能力。

有问题的数据点示例

其中比较结果如下:

图片说明

列代表不同的聚类评价指标,行代表数据集中存在的不同扰动挑战,其中标志x代表该评价指标对这种扰动选择聚类的超参失效了,符号-代表没有对该种情况进行测试,观察可以发现评价指标S_Dbw对于各种噪声,不同密度的数据集等等干扰项来选择超参的鲁棒性最强,网上搜了下没有相关的实现,自己实现了下, python代码在这里

S_Dbw

S_Dbw是由两项组成,分别是簇间密度( ( 1.1 ) (1.1) (1.1))和簇内方差( ( 1.2 ) (1.2) (1.2)),使用它评价选取不同参数下的聚类算法结果时,取S_Dbw值最小的一组参数即可。

(1.1) D e n s _ b w ( c ) = 1 c ⋅ ( c − 1 ) ∑ i = 1 n ( ∑ j = 1 i ≠ j c d e n s i t y ( u i j ) max ⁡ ( d e n s i t y ( v i ) , d e n s i t y ( v j ) ) ) Dens\_bw(c) = \frac{1}{c\cdot(c-1)}\sum_{i=1}^{n}(\sum_{{{j=1}\atop{i\neq{j}}}}^{c}\frac{density(u_{ij})}{\max(density(v_i), density(v_j))}) \tag{1.1} Dens_bw(c)=c(c1)1i=1n(i̸=jj=1cmax(density(vi),density(vj))density(uij))(1.1)

(1.2) S c a t ( c ) = 1 c ∑ i = 1 c ∥ δ ( v i ) ∥ ∥ δ ( S ) ∥ Scat(c) = \frac{1}{c}\sum_{i=1}^{c}\frac{\left\|\delta(v_i)\right\|}{\left\|\delta(S)\right\|} \tag{1.2} Scat(c)=c1i=1cδ(S)δ(vi)(1.2)

参考文献

S_Dbw (Silhouette Coefficient with Dynamic Ball-Wall Distance) 是一种用于评估聚类质量的统计量,它结合了轮廓系数(Silhouette Coefficient)和球壁距离(Ball Wall Distance)。轮廓系数衡量的是样本点对当前聚类的亲近度与其到最近聚类的距离之间的差异,而动态球壁距离则考虑了每个簇内样本的分布密度,使得评价更为灵活。 S_Dbw 的计算涉及以下几个步骤: 1. 对每个样本计算其到同一簇内其他样本的平均距离,以及到最近的另一个簇中所有样本的平均距离。 2. 计算球壁距离,即两个距离之差除以较大值。 3. 对于每个样本,轮廓分数等于球壁距离除以其所在簇内的平均球壁距离。 4. 最终的 S_Dbw 指标是对所有样本的轮廓分数求平均,并减去一个惩罚项(通常取平均轮廓分数的一半),以便处理负值。 在 MATLAB 中,可以使用 `clusterdata` 函数来进行聚类分析,然后使用 `silhouette` 函数获取原始的轮廓系数。为了计算 S_Dbw,需要手动实现上述步骤,或者使用一些第三方库如 `Metrics` 或 `ML Toolbox` 中提供的自定义函数,或者编写一段自定义代码来整合这两个过程。 以下是简化的MATLAB实现思路: ```matlab % 假设X是输入数据,Y是聚类结果 [~, silhouette_values] = silhouette(X, Y); avg_silhouette = mean(silhouette_values); % 计算球壁距离并存储在一个矩阵中 ball_wall_distance = ...; % 根据簇内样本距离计算 % 手动计算惩罚项,这里假设惩罚项为 avg_silhouette / 2 penalty = avg_silhouette / 2; % 计算 S_Dbw s_dbw = avg_silhouette - penalty; ```
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