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忽然之间771

于 2021-11-23 00:17:27 发布

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分类专栏：生信入门文章标签：经验分享 perl 开发语言

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该Perl脚本从输入的基因注释文件和目标基因文件中，筛选出与目标基因匹配的行，并将结果写入新的GO注释文件。它用于生物信息学的数据处理，涉及基因ID的查找和过滤。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $annotation = shift;  #annotation文件
my $target_gene = shift; #目的基因
my $name = shift; #命名
open IN,$annotation;
open INID,$target_gene;
open(OUT, ">/data/00/user/user159/wm/OGgene/dataAnalysis/Go_anno/$name.GO.gene.") || die "$!";

my %keep_id=();
while(my$line=<INID>){
        chomp $line;
        $keep_id{$line}=1;
}
close(INID);

while(my$line=<IN>){
        chomp $line;
        my @tmp=split(/\s/, $line);
        if (exists ($keep_id{$tmp[0]})){
                print OUT$line."\n";
        }
}
close(IN);
close(OUT);