emcp软件包的安装以及构建OrgDB

首先参照这个帖子获得out.emapper.annotations文件

生信小猪，公众号：生信小猪使用在线网站eggnog-mapper快速进行功能注释

        利用基因课张旭东老师开发的emcp软件包去构建OrgDB

一、emcp软件包的安装

        软件包地址：http://git.genek.cn:3333/zhxd2/emcp

具体安装过程

        这个软件包使用时需要argparser, tidyverse, formattable, AnnotationForge, seqinr, clusterProfiler这些依赖，上面安装过程只显示缺少argparser，把这个包安上。

        在使用这个软件时，会提示哪些包没安上，给安上就行。在安装的过程中，发现clusterProfiler这个包挺难装的，这个包也有很多依赖包，其中polyclip这个包就一直报下面的错误

然后我选择手动安装的方式，下载了最新版本的

但是在安装时也报同样的错误，之后我选择下载之前的版本，尝试安装

        下载polyclip_1.10-4.tar.gz这个版本再进行安装，发现安装成功。

        整体下来emcp软件依赖我感觉还是比较难装的，自动手动的方式都用了，花了一下午的时间，才把这个软件安装成功。

二、构建OrgDB

运行命令

Rscript ~/software/emcp/emapperx.R out.emapper.annotations proteins.fa

        org.My.eg.db_1.0.tar.gz文件用于后续分析。