error: Error in getopt(spec = spec, opt = args) : long flag “args“ is invalid

在跑GATK流程分析CNV时，遇到了这样的错误

这个错误来自R语言中的getopt函数。报错信息表明在调用getopt函数时，提供了一个无效的长参数标志（long flag）"args"。这通常意味着在函数调用时，长参数的格式可能有误，比如没有以两个连字符（--）开头，或者参数名不正确。

但我反复检查了自己的命令，没有任何问题，格式也正确，GATK版本4.5，R版本4.3，我降低了GATK的版本，没有用，依然报错，降低R的版本（我降到了4.0），🆗了，问题解决，但是为什么我不太清楚，猜测可能是版本不兼容吧，因为R是需要从GATK传递的参数进行绘图操作。