自定义单因素方差分析

本文介绍了如何使用Python进行自定义单因素方差分析,通过总平方和的分解公式及F检验统计量进行详细阐述,并提供了实例测试及其结果。

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定义总平方和分解公式:
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
利用检验统计量F定义检验方法:

'''实现单因素方差分析'''
# 导入相关包
import pandas as pd
import numpy as np
import math
import scipy
from scipy import stats 
 
# 自定义函数
 
def SST(Y):
    sst = sum(np.power(Y - np.mean(Y), 2))
    return sst
 
def SSA(data, x_name, y_name):
    total_avg = np.mean(data[y_name])
    df = data.groupby([x_name]).agg(['mean', 'count'])
    df = df[y_name]
    ssa = sum(df["count"]*(np.power(df["mean"] - total_avg, 2)))
    return ssa
 
def SSE(data, x_name, y_name):
    df = data.groupby([x_name]).agg(['mean'])
    df = df[y_name]
    #dict_ = dict(df["mean"]) 用dict函数报错
    dict_=df["mean"].to_dict()
    data_ = data[[x_name, y_name]]
    data_["add_mean"] = data_[x_name].map(lambda x: dict_[x])
    sse = sum(np.power(data_[y_name] - data_["add_mean"], 2))
    return sse
 
def one_way_anova(data, x_name, y_name, alpha=0.05):
    n = len(data)                     # 总观测值数
    k = len(data[x_name].unique())    # 变量水平个数
    
    sst = SST(data[y_name])           # 总平方和
    ssa = SSA(data, x_name, y_name)   # 组间平方和
    sse = SSE(data, x_name, y_name)   # 组内平方和
    
    msa = ssa / (k-1)  # 组间均方 或 组间方差
    mse = sse / (n-k)  # 组内均方 或 组内方差
    F = msa / mse      # 检验统计量F
    pf = scipy.stats.f.sf(F, k-1, n-k)  
    Fa = scipy.stats.f.isf(alpha, dfn=k-1, dfd=n-k)   # F临界值
    
    r_square = ssa / sst  # 自变量与因变量的关系强度表示
    
    table = pd.DataFrame({'差异源':['组间', '组内', '总和'],
                          '平方和SS':[ssa, sse, sst],
                          '自由度df':[k-1, n-k, n-1],
                          '均方MS':[msa, mse, '_'],
                          'F值':[F, '_', '_'],
                          'P值':[pf, '_', '_'],
                          'F临界值':[Fa, '_', '_'],
                          'R^2':[r_square, '_', '_']})
    
    return table

实例测试结果:

d1=pd.read_excel(r'C:/Users/LHL/Desktop/方差分析.xlsx')
one_way_anova(d1, 'X', 'Y', alpha=0.05)

在这里插入图片描述

### 如何在 SPM12 中执行单因素方差分析 #### 准备工作 为了顺利进行单因素方差分析,在启动具体流程之前,需确认已安装并配置好MATLAB环境以及SPM12软件。确保数据集已经过预处理阶段,包括但不限于图像配准、空间标准化和平滑化等步骤。 #### 创建设计矩阵 创建适当的设计矩阵对于ANOVA测试至关重要。这涉及到定义组间差异的因素水平及其对应的条件权重。通过图形界面中的`Specify 1st-level`选项来设定实验模型参数[^1]。 #### 输入对比设置 进入`Results`模块后,选择先前保存的一级分析统计结果作为输入。接着指定感兴趣的效应对比向量,用于比较各组均值间的差别。此过程允许用户自定义线性和非线性组合形式以适应特定研究假设的要求。 #### 执行F检验 完成上述准备工作之后,点击工具栏上的`Estimate`按钮即可开始计算全局脑功能连接强度的变化趋势。随后切换到`Contrasts`标签页下应用所选的统计推断方法——即此处提到的单因素方差分析(F-test),从而得出最终的结果图谱与表格报告。 ```matlab % MATLAB脚本示例:加载spm12路径并初始化 addpath('C:\Program Files\SPM12'); cd spm_dir; spm_jobman('initcfg'); % 定义因子结构体变量factor factor.name = 'Group'; % 因子名称 factor.levels = {'Control', 'Patient'}; % 各水平标签 factor.values = [ones(1, n_control), ones(1, n_patient)*2]; % 对应样本编号 % 构建anova_design.mat文件供后续调用 save('anova_design.mat', 'factor') ```
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