bamtools安装遇到的问题

本文详细介绍了Bamtools的两种安装方法:源码安装和conda安装,重点讲解了源码安装的具体步骤,包括下载、编译、安装及环境变量配置,并提供了遇到问题时的解决方案。

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bamtools安装网址:https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki/Building-and-installing

 功能:个人暂时用到的,将*.bam文件按照某种要求划分为几个文件,某种要求是你想做的事。

  目的:安装完成bamtools,并进行简单使用,归纳一些安装遇到的问题。

 安装思路有两种方法:

   方法一、源码下载安装:

       下载和安装是不同的步骤,通过wget “网址“下载文件。

        步骤:1.在lunix命令行下,通过wget ”网址“下载软件,这是下载软件。

                    2.进行编译为二进制文件,要求cmakeban'版本在3.0以上,通过cmake --versioncha'查看版本信息,我就在这里遇到问题,始终安装的原因就是cmake的版本问题,大家可以多注意。要进行cmake的更新,###https://cmake.org/download/,这里就不拓展。 

                      3.建立新的文件夹  $ mkdir build&& $ cd build

                                                      $ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/build

   --prefix=    这里的文件路径目的是等会安装软件的的位置。

     曾经不知道如何在自己的家目录下安装软件,直到遇到了这个命令,豁然开朗。在服务器下载软件安装在自己的家目录下非常有用。 

                         3.make  ##进行编译

                         4.make DESTDIR=/build  install    ##安装

                          5.添加至环境变量

方法二、conda安装

   一行命令就搞定    conda install  bamtools

 总结一下:由bamtools延伸到源码的安装

      源码安装方法   1.下载软件

                                 2.在含有下载软件的文件夹内,./configure

                                3.make

                                4.make install 

参考:Linux源码安装步骤   https://www.cnblogs.com/benwu/articles/8436209.html

            

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