批量截取IGV图片

用python写igv命令
输入的excel表格式为

#IGV_snapshot.ipynb
import pandas as pd
import os
import subprocess
# 读取Excel表格
excel_file = 'python.gene.bed.xlsx'  # 替换为你的Excel文件名
df = pd.read_excel(excel_file)
# 打开一个txt文件以写入
with open('D:\IGV_Screenshots\output.txt', 'w') as file:
    for index, row in df.iterrows():
         # 格式化字符串
        formatted_string = f"goto {row['Chromosome']}:{row['Start']}-{row['End']}\n"
        # 写入txt文件
        file.write(formatted_string)
		snapshot_string = f"snapshot D:\IGV_Screenshots\{row['gene']}.png\n"
        file.write(snapshot_string)

生成结果如下，生成的是一个txt文件：
goto chr1:1-2
snapshot D:\IGV_Screenshots\a.png

再打开IGV-Tools-Run Batch Script运行txt文件。