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RSS订阅原创 老年COVID-19重症化风险预测机器学习在线工具技术解析
由翰佰尔生物开发的老年COVID-19重症化风险预测工具，以机器学习技术为核心，面向多中心临床数据开展风险建模与预测分析。工具将前沿科研成果转化为可操作的数字化应用，连接临床研究、算法开发与产品服务，持续构建“科研—算法—产品—生态”四位一体的技术落地闭环。
2026-09-21 15:32:25
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原创 单细胞分群、注释和通讯分析 | 零代码在线分析工具使用教程
HiOmics云平台提供从数据上传、质量控制、细胞分群、细胞类型注释，到细胞组成分析、基因表达可视化、细胞通讯及功能富集分析的一站式单细胞转录组分析流程。全程无需编程，适合没有生物信息学分析基础的用户快速完成单细胞数据分析和结果可视化。
2026-09-14 17:35:40
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原创 GEO芯片数据处理第一步：探针id转symbol在线工具转换实操
在基因表达芯片数据分析过程中，我们经常会遇到这样的情况：原始表达矩阵中的第一列并不是常见的基因名称，而是芯片平台对应的探针id，例如Affymetrix芯片中常见的`1007_s_at`、`1053_at`、`117_at`等。数据格式为“行代表探针，列代表样本”，第一列必须为探针id，后面的每一列为不同样本的表达量数据。HiOmics云分析平台提供了“探针id转symbol”在线工具，可以根据选择的芯片测序平台，自动将表达矩阵中的探针id转换为标准基因Symbol，无需自行下载芯片注释文件或编写R代码。
2026-09-04 16:36:22
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原创 代谢组数据统计分析ANOVA、PCA与OPLS-DA生成 | 在线工具零代码使用教程
其中第一列为代谢物名称，A1_1、A1_2和A1_3等为样本名称，单元格中的数值为对应代谢物在该样本中的测定值。PCA可用于观察整体趋势和样本聚类，ANOVA可用于评估组间差异，Pearson相关性可用于观察相关关系，OPLS-DA和VIP可用于筛选对分组区分贡献较大的代谢物。第一行通常填写样本名称，样本名称必须与分组文件中的sample名称完全一致。在正式报告或论文中使用结果时，建议同时保存原始数据、处理后数据、分组文件、统计结果表和图片文件，并记录数据预处理方法、筛选标准和分析日期。
2026-09-04 09:07:32
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原创 全基因组测序WGS和全外显子组测序WES遗传变异分析 | 在线工具零代码使用教程
常见字段包括#CHROM、POS、REF、ALT、QUAL、FILTER、INFO和FORMAT，其中#CHROM表示染色体，POS表示变异坐标，REF表示参考碱基，ALT表示突变碱基，QUAL表示变异质量值，FILTER为PASS通常表示该变异通过过滤。任务完成后，系统通常输出sample1.snp.pass.vcf.gz、sample1.indel.pass.vcf.gz、sample1.snp.pass.vcf.tsv和sample1.indel.pass.vcf.tsv共4类主要结果文件。
2026-08-28 16:21:07
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原创 甲基化位点差异分析 | 在线工具使用教程
图中不同颜色代表不同样本或不同分组，横坐标为Beta值，纵坐标为密度。P值用于衡量不同分组间该位点甲基化水平差异的统计显著性，P值越小，说明差异由随机波动造成的可能性越低。选择“添加”后，生成的热图通常会显示样本或分组相关标签，便于直观观察各组样本的聚类关系和甲基化模式差异。该图通常选取显著差异甲基化位点进行层次聚类展示，横坐标为样本，纵坐标为甲基化位点，颜色表示相对甲基化水平或标准化后的信号强度。如果同一分组的样本在MDS图中聚集，而不同分组之间存在一定分离趋势，说明分组可能具有较明显的甲基化差异。
2026-08-21 15:34:06
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原创 单细胞转录组RNA速率分析全流程｜在线工具使用教程
这套分步式RNA速率在线工具，把原本需要多步代码、多个软件协作的复杂流程网页化。研究者只需要准备好Cell Ranger输出结果与注释完成的Seurat对象，按照step1‑step5顺序执行，即可完成RNA速率计算、分化轨迹绘图、目标基因速率可视化
2026-08-21 08:42:10
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原创 单细胞注释与功能解读常用在线工具：ACT、CellMarker、Enrichr、CellxGene 与HCA实战指南
CellMarker 3.0是一个综合marker基因数据库，可以查询目标基因是否是某些细胞类型的marker，以及它在不同物种和组织中的相关信息。在单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析中，从聚类结果到下游的细胞注释、功能分析以及数据验证，常需要结合不同的工具进行全面分析。在实际分析中，合理将这些工具结合使用，可以更好地挖掘和验证数据，为研究提供有价值的结论支持。运行时间一般为3分钟，分析适合规模较大的数据集。需要注意的是，ACT的结果是初步预测，建议在正式注释前结合其他工具或文献进行进一步验证。
2026-08-14 18:00:38
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原创 基因虚拟敲除在线工具：零代码预测目标基因对单细胞转录组的影响
传统的基因敲除实验需要较长的实验周期和较高的成本，而基因虚拟敲除可以基于已有的单细胞转录组数据，预测目标基因被扰动后可能引起的表达变化，为后续实验设计提供参考。如果输入的基因在数据中不存在，或者该基因在目标细胞群中的表达量过低，可能会影响分析结果，甚至无法得到稳定的预测结果。在免疫学研究中，可以针对T细胞、B细胞、巨噬细胞等特定细胞群，分析候选基因对免疫功能相关基因的潜在影响。，工具会首先提取CD8T细胞的表达数据，然后模拟HES4受到扰动后的表达变化，并将受影响的基因整理为差异基因结果。
2026-08-14 17:39:21
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原创 机器学习之决策树模型在线工具教程
Precision表示被模型预测为阳性的样本中，真正属于阳性的比例。与传统统计模型相比，决策树具有结果直观、可解释性强和操作简单等特点，能够帮助研究者识别影响分类结果的重要特征，并评估模型的区分能力、预测性能和校准效果。在十折交叉验证中，数据会被划分为十个子集，模型依次使用其中九个子集进行训练，并使用剩余一个子集进行验证，重复多次后汇总模型性能。TN表示实际为0且预测为0的样本数量，FP表示实际为0但预测为1的样本数量，FN表示实际为1但预测为0的样本数量，TP表示实际为1且预测为1的样本数量。
2026-08-07 15:34:40
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原创 从遗传变异到风险预测：PRS原理、高分SCI思路与在线计算工具解读
PRS通过整合多个遗传变异的累积效应，为复杂疾病和性状的遗传风险评估提供了有效方法。在线PRS计算工具能够将SNP关联分析结果、目标基因型数据和表型数据整合起来，快速完成PRS计算并输出统计结果和可视化图表
2026-08-05 16:27:16
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原创 单细胞分析领域中的十大主流分析工具
单细胞数据分析技术与软件持续迭代更新，为科研人员搭建起从原始数据预处理到深层次生物学机制解析的完整分析体系。这一套流程贯穿从数据预处理到深入解析的全过程，既可以解决单细胞异质性问题，又对细胞功能研究有极大启发。在研究过程中，通过类似Scanpy和Seurat的可视化功能构建交互式图表，便于结果解读和展示。来生成单细胞的伪时间图，并利用轨迹分析捕捉和解释生物学过程的时间维度变化。，可以结合现有注释库对细胞亚型进行识别和注释。可以整合不同数据类型，辅助研究细胞功能与调控机制的关联性，扩展单细胞分析的范围。
2026-08-05 15:03:59
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原创 ChIP-Seq零代码分析在线工具使用教程
第二类是IP和Input样本分组信息文件，表格固定三列表头group_name、IP_sample、Input_sample，group_name为实验组名称，IP_sample列填写免疫沉淀处理的样本名，Input_sample列填写对应对照组Input样本名，两列样本名称必须和样本描述文件内SampleId完全匹配，IP样本为富集目标蛋白结合DNA的测序数据，Input为免疫沉淀前全基因组DNA对照数据，用于后续富集峰背景校正。同时所有测序fastq.gz原始文件需要统一存放至平台同一目录下。
2026-07-31 16:04:24
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原创 一个收录超过200种蛋白AI工具的平台：Tamarind Bio
通过简单的网页界面和API即可使用前沿的AI工具进行蛋白质设计、结构预测以及药物研发任务。利用RFdiffusion结合LigandMPNN设计酶，确保多步反应的效率和稳定性，新型活性酶模块已达晶体验证级别。支持AlphaFold、Boltz-2、ESMFold等工具，精准预测蛋白质、核酸及小分子的三维结构。Boltz ADME和DiffDock工具实现药物结合分析，优化候选药物分子的ADMET属性。使用RFdiffusion和ProteinMPNN实现全新的蛋白质设计和优化。
2026-07-30 11:09:40
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原创 单细胞加权基因共表达网络hdWGCNA分析 | 在线工具使用教程
在数据准备方面，需要上传经过细胞类型注释后得到的RDS文件，这个文件是Step3的输出结果，同时需要指定感兴趣的细胞群名称，该名称必须与Step3中注释的细胞类型名称完全一致，例如如果注释时使用的是CD4T，就必须输入CD4T，不能写成CD4+T、CD4Tcell或TCD4等其他形式，否则会导致分析失败。参数设置完成后点击运行提交任务。WGCNA树状图展示基因模块聚类情况，同一模块内的基因起到共表达作用，其中灰色模块包含未被归入任何共表达模块的基因，在下游分析和解释中应忽略灰色模块。
2026-07-24 15:34:18
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原创 16S扩增子从fastq数据到ASV表零代码跑通 | 在线工具使用教程
物种组成结果通常以门、纲、目、科、属或种等分类层级展示。工具可能提供堆叠柱状图、分类树、物种热图、优势物种图和分类组成表等结果。用户可以根据研究目的选择合适的分类层级，并结合统计检验分析不同组别之间的物种差异。
2026-07-23 15:30:16
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原创 单细胞虚拟敲除 scTenifoldKnk 【翰佰尔生物培训实战课程全总结】
翰佰尔生物近期围绕scTenifoldKnk虚拟敲除工具的专题课程，从原理、代码、实战案例多维度拆解方法应用
2026-06-12 08:51:30
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原创 告别R代码报错！10X单细胞数据（自测/公共数据）一键质控+分群实操教程
除标准10X三件套外，常规txt/tsv/csv表达矩阵（行=无重复基因名、列=细胞名、纯数值矩阵）也可兼容分析，适配绝大多数科研场景。，如果你手中有10X自测单细胞数据或公共数据库单细胞数据，不妨试试这套零代码、高效率，快速产出标准化分析结果。等数据库下载的公开单细胞数据集，只要是10X标准输出格式，无需复杂预处理，简单打包即可上传运行。
2026-06-04 17:05:27
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原创 项目文章丨跨物种单细胞图谱比对揭示树鼩胸腺 T 细胞发育的特异性免疫特征
该研究利用先进的单细胞转录组测序技术，首次对树鼩出生后的胸腺发育以及免疫系统的演变进行了精细的解码，成功构建了高分辨率的树鼩胸腺发育单细胞图谱。
2026-05-28 15:41:08
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原创 科研绘图 | 在线SNP密度图与结果解读
在全基因组范围内 SNP（单核苷酸多态性）密度的分布不均：在1Mb的窗口跨度下，染色体的前端或特定区段（红色区域）呈现出极高的变异频率（最高达46个以上），而中后段（绿色及白色区域）的变异密度则显著降低，甚至存在大量低密度区，反映了基因组中不同区域在遗传演化过程中的保守性差异。输入文件：列名务必与示例文件列名一致(注意大小写)，第一列为SNP名称，第二列为SNP所在的染色体编号，第三列为SNP在染色体上的物理位置（碱基对坐标），第四列开始为不同性状的p值,前三列为必需列。1 进入SNP密度图。
2026-04-30 17:53:46
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原创 单细胞m6A研究工具升级：Scm6A数据库网站解析
在此基础上，最新研究在完成多种单细胞m6A识别方法系统评估的同时，进一步推出了一个面向应用的在线平台——Scm6A数据库。另一个值得关注的创新点在于数据的标准化与可复用性。从整体来看，Scm6A并不仅仅是一个数据汇总平台，而是将方法评估、数据整合与分析工具结合在一起的综合资源。用户既可以直接使用已有数据，也可以借助其结果去理解不同m6A检测方法之间的差异，从而更合理地设计自己的研究方案。此次Scm6A的推出，进一步完善了其在单细胞表观转录组领域的工具体系，也为相关研究提供了一个更加高效、直观的入口。
2026-04-17 09:38:44
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原创 生物信息学数据库大全：28个常用生信数据库汇总（单细胞、转录组、蛋白质、通路分析必备）
本文整理的生物信息学数据库基本覆盖了生信研究最常见的数据资源。如果你经常进行单细胞分析、转录组分析、宏基因组分析或蛋白质组研究，建议收藏作为常用工具参考。
2026-03-19 10:22:39
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原创 构建专属多组学数据库案例：核心模块与数据构成
5. 在线工具模块：提供多种可视化及分析工具，包括：多组学关联分析，生存分析（Kaplan–Meier、Cox回归），单基因/多基因表达可视化差异表达、GO/KEGG富集分析，蛋白互作网络构建，代谢通路富集工具，微生物组差异分析及火山图绘制，工具均无需编程即可操作，适合科研用户快速探索数据。3. 转录组模块：整合了2430套鲤鱼转录组数据，来源于鳃、肝、脑、肌肉、肠道、生殖腺等不同组织，胚胎、稚鱼、幼鱼、成鱼不同发育阶段，提供标准化表达矩阵、差异表达结果和共表达网络。
2025-12-17 10:33:14
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原创 GEO数据库数据下载实战：从关键词搜索到原始数据获取
这里面包含了这个样本的基本信息，包括测序平台、文库类型、数据量等基本信息，然后点击页面右上方的Send to按钮，选择File，Format选择RunInfo，然后点击Creat file下载一个csv文件，打开文件，可以看到一个下载链接，点击链接就可以直接下载数据了。在页面的下方，如果我们想下载作者标准化后的数据，可以直接在这个页面中Supplementary file中进行下载，选择Series Matrix File(s)，这里会有三个部分信息，一是GSE的一些信息，二是临床信息，三是表达矩阵。
2025-12-08 15:12:43
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原创 单细胞转录组使用fgsea包进行GSEA富集分析
如下图，展示了其中KEGG_GRAFT_VERSUS_HOST_DISEASE通路结果，横坐标从大到小排序好的所有基因，靠近0的基因代表表达量与表型呈现正相关，远离0的为负相关基因。纵坐标纵坐标是富集打分ES，这个富集打分是一个动态的值，通常用偏离0最远的值作为富集打分。GSEA富集分析的基本原理是使用预定义的基因集 （例如：铁死亡通路，只要能获取到相关基因，就能定义成一个基因集），将基因按照在两类样本中的差异表达程度进行排序，然后检验这些预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。
2025-12-05 17:29:29
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原创 RNA-seq数据分析实战：基于DESeq2的差异表达基因鉴定与结果解读
转录组差异分析是一种生物信息学分析方法，旨在比较不同样本或条件下转录组数据的差异，以揭示基因表达的变化。从所有基因中找出不同样本中表达具有差异的基因，了解这些差异基因如何影响生物体的生理功能和疾病发生发展。简单来说，转录组是指一个活细胞在特定时间和环境下，所能转录出来的所有RNA的总和。基因表达的对数2倍变化值（以2为底），正值表示在疾病组中表达上调，负值表示下调。基因表达值矩阵：行是基因，列是样本，内容为基因表达值，表达矩阵的样本列；基因在所有样本中的平均表达量，反映基因的整体表达水平。
2025-12-01 09:18:24
1235
原创 TRIAGE R包：基于表观遗传学的靶点精准筛选工具
TRIAGE创新在于采用表观遗传学的引导机制，在后台利用H3K27me3数据，为RNA测序结果提供细胞类型特异性的上下文，从而能够识别出更广泛的调控区域和非TF调控元件。TRIAGE R软件包（表观遗传学指导的转录调控推断分析）提供一套科学、多维度、可信赖的优先排序框架，通过整合多种指标，生成综合得分，将候选分子清单缩小到高价值靶点核心集，为后续的实验验证工作奠定坚实基础。通过TRIAGE优先排序得到的分子列表，不仅具有更高的生物学可信度，而且其Triage Score提供了透明的证据链。
2025-11-28 11:54:15
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原创 Snippet：修复Ubuntu ToDesk远程连接卡死 (Disable Wayland)
ToDesk连接Ubuntu卡在100%或黑屏。修改完成后重启Ubuntu系统即可连接上了。ToDesk不支持Wayland协议。
2025-11-27 15:31:16
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原创 转录组分析实战：GO与KEGG富集分析原理及R语言实现
例如，在分析某种疾病状态下的转录组数据时，富集分析能够揭示哪些生物学通路或功能模块在差异表达基因中显著富集，从而提示其潜在生物学意义或与疾病相关的调控机制。BgRatio：在整个背景数据集（通常是整个基因组或某个参考数据集）中，与该通路相关的基因数量与背景数据集中所有基因数量的比值。BgRatio：在整个背景数据集（通常是整个基因组或某个参考数据集）中，与该通路相关的基因数量与背景数据集中所有基因数量的比值。GeneRatio：富集到该通路上的基因数量与所有输入到富集分析中的基因数量的比值。
2025-11-25 09:18:08
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原创 网页版RStudio跑Harmony总报错？可能是这个原因导致的
如果方案一无效，或者你怀疑是当前 R Session 的环境配置（如 options 设置、缓存变量冲突）导致的问题，可以尝试重置环境。project.dim = FALSE 告诉 Harmony 不要将 Harmony 修正后的结果投影回原始维度空间并存储为额外的 Slot，从而避开了导致命名非法的那个特定步骤。进行单细胞测序数据分析,Harmony是目前最常用的去批次工具之一，但在RStudio（特别是网页版/Server版）环境中配合Seurat使用时，经常会遇到关于对象命名的报错。
2025-11-24 09:40:40
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原创 CSS样式覆盖与优先级：外联、内联、选择器、!important
● 在下载过程中，如果遇到某一标签是嵌入文件，并且文件是具有语义解释性的（例如：JS脚本，CSS样式），那么此时IE的下载过程会启用单独连接进行下载。样式表文件比较特殊，在其下载完成后，将和以前下载的所有样式表一起进行解析，解析完成后，将对此前所有元素（含以前已经渲染的）重新进行样式渲染。当在连接外部样式后，再在其后面使用JavaScript 脚本插入内部样式时（即内部样式使用脚本创建），IE 浏览器就表现出它的另类了。而在IE 浏览器中，文字却是绿色的。D 继承的CSS 样式不如后来指定的CSS 样式；
2025-11-18 14:43:48
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原创 GEO单细胞数据建立Seurat对象全过程与错误修复示例
下载GEO或ArrayExpress中的单细胞数据时都会遇到类似困扰。错误信息中的“feature overlap”通常意味着输入数据结构与Seurat期望的矩阵格式不符
2025-11-11 10:38:04
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原创 R语言实现多组样本两两t检验的完整教程
比较 Homo sapiens (n=22) vs M. fascicularis (n=1)比较 Homo sapiens (n=22) vs M. assmensiss (n=4)比较 Homo sapiens (n=22) vs M. arctoides (n=2)比较 Homo sapiens (n=22) vs M. mulatta (n=15)比较 Homo sapiens (n=22) vs M.mulatta (n=1)错误: 'y'观察值数量不足。错误: 'y'观察值数量不足。
2025-11-07 18:14:03
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原创 开发笔记｜PHP+AJAX前后端交互调试的关键注意事项
调试语句保存（如①处所示），然后执行custom.php文件，看④处是否能正确输出信息，如果能则表明custom.php写法正确，接下来重点排查comentbyajax.php，怀疑是否在拼接sql字符串中出错，然后再添加echo json_encode(array('content'=>$sql));问题描述：执行custom.php文件时出现comentbyajax.php不能正确返回信息给custom.php。后端代码：（comentbyajax.php）前端代码：（custom.php）
2025-11-07 15:29:42
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原创 转录组基因表达差异分析全流程：以GSE65682为例
在火山图中，每个点代表一个基因，横坐标表示基因表达的变化倍数，纵坐标表示差异的显著性。转录组差异分析是一种生物信息学分析方法，旨在比较不同样本或条件下转录组数据的差异，以揭示基因表达的变化。》一文中的数据集（GSE65682）为例，今天就让我们一起来深入了解一下，同时认识与它紧密相关的几个关键指标与图形，以及怎么做差异分析。代表差异显著性标志，down表示下调基因，up表示上调基因，no表示无显著性差异基因。表达矩阵如下图所示，每一行是一个基因，每一列是一个样本，中间数字的是基因表达量。
2025-11-07 09:37:47
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原创 GEO转录组芯片数据分析全流程：无gene symbol的R处理技巧(以GSE69063为例)
以数据集GSE69063为例，为大家详细演示下如何使用R script窗口的脚本进行下载和分析
2025-11-03 15:42:09
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原创 R语言Plumber生成Swagger文档时，POST参数为何仍挂在URL上？
结果Swagger-UI收到的是“query 参数”的schema，它自然就把表单渲染成?id=xxx&cell=xxx并挂在URL后面，即使方法是POST。我是习惯于把参数放请求体里的，所以见到这种情况觉得很奇怪，于是去了解了一下，发现Plumer默认从三个地方取值：路径片段、query-string、请求体，所以当我把参数拼到URL后面时，Plumber依旧能解析到。Swagger-OpenAPI规范里，一个参数必须显式标注in: query、in: path或in: body。
2025-10-28 16:21:30
320
原创 RNA速率分析Docker环境构建指南
以mambaforge:24.1.2-0为基础镜像。通过mamba安装指定版本的Python环境及所需依赖。
2025-10-27 17:37:31
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原创 单细胞多样本数据无法merge合并？从Seurat v4报错到v5成功解决
细胞数15311 +12771 +16530 +13575 =58187 ，没问题了
2025-10-24 10:55:46
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